「mrcImageCTFSN」の版間の差分
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| − | '''mrcImageCTFSN'''とは[[Eos]]の[[コマンド]] | + | '''mrcImageCTFSN'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。フーリエ空間のノイズレベルをThonRingの周波数領域をノイズレベルと仮定し、それ以外のレベルがどのくらい強度が高いかを示したものである。 |
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| + | CTFのThon Ringの０のところの値を使って、ノイズレベルを指数関数でフィットし、N(R) = An exp( Bn x R )を求めます。その際、負にならないように、Anを調整します。 | ||
| + | その後、各空間周波数毎に強度I(R)/N(R) - 1 として、出力したものである。現在、非点には対応できていない。 | ||
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル設定</td> | + | <td>入力ファイル設定: [[mrcImage]](FFT)</td> |
<td>stdin</td> | <td>stdin</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>出力ファイル設定</td> | + | <td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](FFT)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-kV</td> | <td>-kV</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>加速電圧: [kV]</td> | + | <td>[[加速電圧]]: [kV]</td> |
<td>200</td> | <td>200</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-Cs</td> | <td>-Cs</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>球面収差係数: [mm]</td> | + | <td>[[球面収差係数]]: [mm]</td> |
<td>1.7</td> | <td>1.7</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| − | === | + | ===[[Media:Input-B120-CTF.fft | 入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>[[画像:Input- | + | <td>[[画像:Input-B120-CTF.png]]<br> |
| − | <td><p align="left">最小<br> | + | <td><p align="left">サイズ<br> |
| + | モード<br> | ||
| + | 最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
平均値<br> | 平均値<br> | ||
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標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">( 80, 80, 1)<br> |
| − | + | mrcComplexFloatFT <br> | |
| − | + | 0.000514398 (78, 51, 0)<br> | |
| − | + | 1684.3 (0, 0, 0)<br> | |
| − | 0. | + | 9.67542<br> |
| + | 65.3969<br> | ||
| + | 0.817461<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
| − | + | ===df=27000で実行=== | |
| − | ===df= | + | |
====他のオプション設定なし==== | ====他のオプション設定なし==== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>[[画像:Outdata-mrcImageCTFSN.png]]</td> | <td>[[画像:Outdata-mrcImageCTFSN.png]]</td> | ||
| − | <td><p align="left">最小<br> | + | <td><p align="left">サイズ<br> |
| + | モード<br> | ||
| + | 最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
平均値<br> | 平均値<br> | ||
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標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">( 80, 80, 1)<br> |
| − | + | mrcComplexFloatFT <br> | |
| − | + | 0.00798281 (13, 0, 0)<br> | |
| − | + | 147968 (40, 40, 0)<br> | |
| − | + | 867.722<br> | |
| + | 4251.35<br> | ||
| + | 53.1419<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>以降はdf=27000で実行</div> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -kV=== | ||
| + | ====kV=100で実行==== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-kV-mrcImageCTFSN.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">サイズ<br> | ||
| + | モード<br> | ||
| + | 最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">( 80, 80, 1)<br> | ||
| + | mrcComplexFloatFT <br> | ||
| + | 0.073218 (12, 0, 0)<br> | ||
| + | 648.392 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 2.75844<br> | ||
| + | 21.3399<br> | ||
| + | 0.266748<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -Cs=== | ||
| + | ====Cs=2.7で実行==== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-Cs-mrcImageCTFSN.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">サイズ<br> | ||
| + | モード<br> | ||
| + | 最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">( 80, 80, 1)<br> | ||
| + | mrcComplexFloatFT <br> | ||
| + | 0.00664789 (13, 0, 0)<br> | ||
| + | 145982 (40, 40, 0)<br> | ||
| + | 857.727<br> | ||
| + | 4197.01<br> | ||
| + | 52.4626<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -n1, -n2=== | ||
| + | ====n1=1, n2=7で実行==== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-n1n2-mrcImageCTFSN.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">サイズ<br> | ||
| + | モード<br> | ||
| + | 最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">( 80, 80, 1)<br> | ||
| + | mrcComplexFloatFT <br> | ||
| + | 0.0463626 (18, 0, 0)<br> | ||
| + | 90.1676 (40, 40, 0)<br> | ||
| + | 3.89085<br> | ||
| + | 4.36334<br> | ||
| + | 0.0545418<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
2015年6月2日 (火) 03:28時点における最新版
mrcImageCTFSNとはEosのコマンドである。フーリエ空間のノイズレベルをThonRingの周波数領域をノイズレベルと仮定し、それ以外のレベルがどのくらい強度が高いかを示したものである。
CTFのThon Ringの０のところの値を使って、ノイズレベルを指数関数でフィットし、N(R) = An exp( Bn x R )を求めます。その際、負にならないように、Anを調整します。 その後、各空間周波数毎に強度I(R)/N(R) - 1 として、出力したものである。現在、非点には対応できていない。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定: mrcImage(FFT) | stdin |
| -o | 必須 | 出力ファイル設定: mrcImage(FFT) | stdout |
| -kV | 選択 | 加速電圧: [kV] | 200 |
| -Cs | 選択 | 球面収差係数: [mm] | 1.7 |
| -df | 必須 | デフォーカス量(+がアンダーフォーカス): [A] | 2.7 |
| -n1 | 選択 | Degree of zero point minimum | 2 |
| -n2 | 選択 | Degree of zero point maximum | 4 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
入力ファイルの画像
 | サイズ モード |
( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT |
df=27000で実行
他のオプション設定なし
 |
サイズ モード |
( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT |
オプション -kV
kV=100で実行
 |
サイズ モード |
( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT |
オプション -Cs
Cs=2.7で実行
 |
サイズ モード |
( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT |
オプション -n1, -n2
n1=1, n2=7で実行
 |
サイズ モード |
( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT |
