「Display2による粒子抽出」の版間の差分

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== 画像から一つ一つROIを決定し、画像を抽出する方法 ==
 
== 画像から一つ一つROIを決定し、画像を抽出する方法 ==
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=== 長方形の切り出し方 ===
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=== 長方形の切り出し方(rectangle) ===
 
　長方形は自由な角度、自由な大きさで、自由な場所を切り出すことが出来ます。
 
　長方形は自由な角度、自由な大きさで、自由な場所を切り出すことが出来ます。
  
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=== 曲がった構造を直線に変換して切り出す方法 ===
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=== 曲がった構造を直線に変換して切り出す方法(spline) ===
 
　フィラメント構造などをらせん対称をつかって構造解析を行う場合には、この方法による切り出しが便利です。
 
　フィラメント構造などをらせん対称をつかって構造解析を行う場合には、この方法による切り出しが便利です。
  
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== 画像から複数のROI決定し、画像をとりだす方法 ==
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== 画像から複数のROI決定し、画像をとりだす方法(MultiShape) ==
 
=== 異なる大きさの複数枚の画像 ===
 
=== 異なる大きさの複数枚の画像 ===
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=== 決まった大きさの複数枚の画像 ===
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=== 決まった大きさの複数枚の画像(SizeLock) ===
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=== サイズが大きい画像からの粒子の抽出 ===
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　画像のサイズが大きい場合には、zoom outをして画像を抽出することもできますが、サンプリングを粗くして表示していますので画像が粗くみえる場合があります。その場合、次のようにして画質を上げることが出来ます。
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1. 画像を小さくする
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まず、画像を4x4 -> 1x1 へとビニングします。
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$ mrcImageShrink -i xxxx.mrc -o xxxx.shrink4 -S 4
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2. 粒子の決定
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次にこのビニングした画像をDisplay2を使って位置を決定します。
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$ Display2 -i xxxx.shrink4
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このとき、複数粒子の抽出のモードで、xxxx.roiinfo　のファイルを保存します。この段階では粒子の切り出しを行う必要がありません。
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3. 粒子の切り出し
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次に粒子の切り出しを実際に行います。元ファイルからroiinfoの情報をつかって切り出してきます。このとき-Sで指定するビニングのパラメータを合わせれば自動的に
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切り出すことが出来ます。-width -heightは、現状の大きさのままであれば必要ありません。下では64x64となるように切り出し直すことにしています。
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$ mrcImageROIs -i xxxx.mrc -I xxxx.roiinfo -S 4 -width 64 -height 64
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試してみて下さい。

2015年9月1日 (火) 03:15時点における最新版

Display2は、Eosにおける２次元画像の表示、操作のためのIntegration Tool（プラットフォーム）です。粒子の抽出にも用いられます。その特徴は、切り出し画像の位置(ROI: Region of Interest)を複数、かつ、回転させながら、決定していくことができることにあります。

概説

　ここでは、Display2による粒子の抽出方法の解説を随時書き込んでいきたいと思います。Display2でのROIの確定方法には、いくつかのモードがあります。

  • 画像から一つ一つROIを決定し、画像を抽出する方法
  • 画像から複数のROI決定し、画像をとりだす方法(mrcImageROIsに対応)
    • 異なる大きさの複数枚の画像
    • 決まった大きさの複数枚の画像

です。

　上記の手法のうち、前半は、.EosLogの中に保存されたmrcImageROI及びmrcImageUnbentROIのプログラムの実行結果をもう一度利用することにより、サイズや回転角を変えてもう一度切り出すことが出来ます。

　上記の手法のうち、後半は、RoiInfoと一般に呼んでいるファイルの中にそのROIの情報が書き込まれており、その後、mrcImageROIsを用いて同一の場所で大きさを変えたROIを抽出することが出来ます。


画像から一つ一つROIを決定し、画像を抽出する方法

長方形の切り出し方(rectangle)

　長方形は自由な角度、自由な大きさで、自由な場所を切り出すことが出来ます。

曲がった構造を直線に変換して切り出す方法(spline)

　フィラメント構造などをらせん対称をつかって構造解析を行う場合には、この方法による切り出しが便利です。

画像から複数のROI決定し、画像をとりだす方法(MultiShape)

異なる大きさの複数枚の画像

決まった大きさの複数枚の画像(SizeLock)

サイズが大きい画像からの粒子の抽出

　画像のサイズが大きい場合には、zoom outをして画像を抽出することもできますが、サンプリングを粗くして表示していますので画像が粗くみえる場合があります。その場合、次のようにして画質を上げることが出来ます。

1. 画像を小さくする まず、画像を4x4 -> 1x1 へとビニングします。 

$ mrcImageShrink -i xxxx.mrc -o xxxx.shrink4 -S 4

2. 粒子の決定 次にこのビニングした画像をDisplay2を使って位置を決定します。 

$ Display2 -i xxxx.shrink4

このとき、複数粒子の抽出のモードで、xxxx.roiinfo　のファイルを保存します。この段階では粒子の切り出しを行う必要がありません。

3. 粒子の切り出し 次に粒子の切り出しを実際に行います。元ファイルからroiinfoの情報をつかって切り出してきます。このとき-Sで指定するビニングのパラメータを合わせれば自動的に 切り出すことが出来ます。-width -heightは、現状の大きさのままであれば必要ありません。下では64x64となるように切り出し直すことにしています。 

$ mrcImageROIs -i xxxx.mrc -I xxxx.roiinfo -S 4 -width 64 -height 64

試してみて下さい。


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