「Display2」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(→‎Fileメニュー)
 
(2人の利用者による、間の44版が非表示)
行1: 行1:
−
'''Display2'''とは、[[Eos]]における画像表示のための[[コマンド]]です。画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、３Ｄのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。
+
'''Display2'''とは、[[Eos]]における画像表示のための[[コマンド]]です。[[mrcImage]]画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、３Ｄのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。<br>
 +
<pre>
 +
Display2 -i Input.mrc
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
行45: 行49:
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>倍率</td>  
 
<td>倍率</td>  
−
<td>1.0</td>  
+
<td>1　（整数倍か、整数分の１を選んで下さい。）</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行52: 行56:
 
<td>設定すると、白黒が反転する</td>  
 
<td>設定すると、白黒が反転する</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-def</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>Display2が使う色や大きさ、変数のデフォールト値などを変更する。引数で設定したものが優先される。</td>
 +
<td>~/.Eos/Display2</td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行110: 行120:
 
<div>サイズ、座標はどちらかでも可</div>
 
<div>サイズ、座標はどちらかでも可</div>
 
<br>
 
<br>
 +
 +
===フォント等のデフォールト設定の変更方法 ===
 +
[[$HOME/.Eos/Display2]]というファイルがあります。この中で、フォント等のデフォールト設定を変更できます。
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | 入力ファイル]](2D)の画像===
+
コマンド動画: [[:Media:Outdata-Display2.mov|(.mov)]] [[:Media:Outdata-Display2.mp4|(.mp4)]]
 +
<br>
 +
===[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行133: 行148:
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
−
<div>左上に入力ファイルの実空間での画像、右上にフーリエ空間での画像が表示される</div>
 
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行159: 行173:
 
<br>
 
<br>
  
−
===オプション　-L, -H===
+
===オプション -L, -H===
 
====L=0, H=30000で実行====
 
====L=0, H=30000で実行====
−
<div>-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示が出来る。</div>
+
<div>-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示ができる。-Lを画像値の最小値、-Hを最大値に設定すると、それらが極端な値でなければ、全体が見えるようになる。起動後は[[#Display2 Info]]でも設定できる。</div>
−
[[画像:Outdata-LH-Display2.png]]<br>
+
<table>
 +
<tr>
 +
<td>デフォルト</td>
 +
<td>設定後</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Outdata-LH-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
  
 
===オプション　-Zoom===
 
===オプション　-Zoom===
 
====Zoom=2で実行====
 
====Zoom=2で実行====
−
[[画像:Outdata-Zoom-Display2.png]]<br>
+
<table>
 +
<tr>
 +
<td>デフォルト</td>
 +
<td>設定後</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Outdata-Zoom-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
  
 
===オプション　-Inverse===
 
===オプション　-Inverse===
−
[[画像:Outdata-Inverse-Display2.png]]<br>
+
<table>
 +
<tr>
 +
<td>デフォルト</td>
 +
<td>設定後</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Outdata-Inverse-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
 +
 +
===オプション　-def===
 +
デフォールトで設定されているファイルがないときは自動的につくります。下記に設定ファイルの例を示します。
 +
設定されていないときは、~/.Eos/Display2が存在しなければ、~/.Eos/Display2の初期ファイルをつくります。その後、~/.Eos/Display2を読み込みます。
 +
 +
例：
 +
<pre>
 +
 +
#
 +
# Default
 +
#
 +
 +
# Precision
 +
#　計算の精度を示しています。１７桁を設定しています。
 +
set tcl_precision 17
 +
 +
# Canvas Area Create
 +
# 主たる画面（キャンパス）の大きさを指定しています。
 +
set Desktop(mainCanvasX) 1999
 +
set Desktop(mainCanvasY) 1999
 +
 +
# 画面の全体像をみるための画面の大きさを示しています。
 +
set Desktop(overviewCanvasX) 256
 +
set Desktop(overviewCanvasY) 256
 +
# 予約語です
 +
set Desktop(sizeX) 128
 +
set Desktop(sizeY) 128
 +
# カーソルの色と形を示しています。
 +
set Desktop(Cursor) "crosshair blue"
 +
 +
# Image
 +
# ポストスクリプトファイルを書き出す際の倍率を示しています。[mm/pixel]。これとRoi(Zoom)との積で最終的な倍率が決まります。
 +
set mainImage(PSScale)  0.2
 +
# 決められたHigh/Lowの間で画像を見たいときのものです。
 +
set mainImage(thresHigh) No
 +
set mainImage(thresLow)  No
 +
＃コントラストを反転したいときのものです。
 +
set mainImage(Inverse)  No
 +
#最大値・最小値が指定されていないときのコントラストの自動生成を示しています。平均値±2*標準偏差 をそれぞれ、最小値、最大値とします。
 +
set mainImage(Contrast)  2
 +
#コントラストをログで変換したものを使います。
 +
set mainImage(flagLog)    0
 +
#コントラストをパワーで変換したものを使います。
 +
set mainImage(flagPow)    0
 +
#ヒストグラムを見るための刻み数を示しています。
 +
set mainImage(HistNum)  256
 +
 +
# Roi
 +
# 確定したROI、及び、選択中のROIの色を指定しています。
 +
set Roi(OKColor)        #118866
 +
set Roi(SelectColor)    #0000ff
 +
# ROIの線の太さ、色を示しています。
 +
set Roi(LineWidth)      3
 +
set Roi(CurrentColor)  $Roi(OKColor)
 +
#デフォールトのROIの形状を表しています。
 +
set Roi(Shape)          Rectangle
 +
 +
 +
# 複数のROIを同時に選択する場合に利用します。
 +
set Roi(MultiShape)    Off
 +
set Roi(MultiNumber)    Off
 +
 +
# 同じ大きさのROIを切り出すときに利用します。
 +
set Roi(SizeLock)      Off
 +
 +
# 同じ角度のROIを切り出すときに利用します。
 +
set Roi(AngleLock)    Off
 +
 +
set Roi(Analysis)      Off
 +
set Roi(View)          off
 +
set Roi(Extract)        foreground
 +
set Roi(withScale)      Off
 +
set Roi(absTicks)      54.6
 +
set Roi(numFormat)      "-%04d.roi"
 +
 +
set Roi(Shrink)        1
 +
 +
 +
# Zooming
 +
# 画像のズームを表現しています
 +
set Roi(Zoom)        2
 +
set Roi(ZoomX)        1
 +
set Roi(ZoomY)        1
 +
 +
# Point
 +
set Point(x) 0
 +
set Point(y) 0
 +
set Point(dat) 0
 +
set Point(cx) 0
 +
set Point(cy) 0
 +
set Point(cdat) 0
 +
 +
# Roi Rectangle
 +
# 実際に切り出される大きさは１ピクセル大きくなるのでご注意下さい。
 +
set rectanglePoints(width)  32.0
 +
set rectanglePoints(height) 32.0
 +
set rectanglePoints(angle)    0.0
 +
 +
# spline
 +
set splinePoints(Width)      80
 +
 +
# LayerLine
 +
set LayerLine(flag) OFF
 +
set LayerLine(pointRadius) 3
 +
 +
# Projection Line
 +
set Projection(flag)  OFF
 +
set Projection(which) Y
 +
set Projection(scale) 1
 +
 +
# Unit Cell
 +
set UnitCell(n) 0
 +
set UnitCell(dimension) 2
 +
set UnitCell(axis1,n) 5
 +
set UnitCell(axis2,n) 5
 +
set UnitCell(axis3,n) 0
 +
set UnitCell(axis1,x) 1
 +
set UnitCell(axis1,y) 0
 +
set UnitCell(axis1,z) 0
 +
set UnitCell(axis2,x) 0
 +
set UnitCell(axis2,y) 1
 +
set UnitCell(axis2,z) 0
 +
set UnitCell(axis3,x) 0
 +
set UnitCell(axis3,y) 0
 +
set UnitCell(axis3,z) 1
 +
 +
set UnitCell(box,x) 5 
 +
set UnitCell(box,y) 5
 +
set UnitCell(box,z) 0
 +
 +
set UnitCell(alpha) 90
 +
set UnitCell(beta)  90
 +
set UnitCell(gamma) 90
 +
 +
# Section
 +
set Section(flag)      OFF
 +
set Section(which)        Y
 +
set Section(scale)        1
 +
set Section(scaleDelta) 0.1
 +
set Section(at)          0 
 +
set Section(atDelta)      1 
 +
set Section(mode)    normal
 +
 +
</pre>
  
 
===オプション　-geometry===
 
===オプション　-geometry===
 
====geometry=250x350+100+100で実行====
 
====geometry=250x350+100+100で実行====
−
<div>以下のウィンドウがデフォルトのときよりも画面の右下に表示される</div>
+
<table>
−
[[画像:Outdata-geometry-Display2.png]]<br>
+
<tr>
 +
<td>デフォルト</td>
 +
<td>設定後(デフォルトのときよりも画面の右下に表示される)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Outdata-geometry-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
  
行183: 行376:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-File-Display2.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Display2-File.png]]</td>  
 
<td><p align="left">Open<br>  
 
<td><p align="left">Open<br>  
 
New<br>  
 
New<br>  
行195: 行388:
 
新規ウィンドウでファイルを開く<br>  
 
新規ウィンドウでファイルを開く<br>  
 
PSファイルで保存<br>  
 
PSファイルで保存<br>  
−
バイナリファイルで保存<br>
+
バイナリファイル<br>  
−
ROIファイルに展開<br>  
+
 
画像をPSファイルで保存<br>  
 
画像をPSファイルで保存<br>  
 
終了<br></p>  
 
終了<br></p>  
行205: 行397:
  
 
====Open====
 
====Open====
 +
操作動画: [[:Media:Display2-1-1.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-1-1.mp4|(.mp4)]]
 
<br>
 
<br>
  
 
====New====
 
====New====
 +
操作動画: [[:Media:Display2-1-2.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-1-2.mp4|(.mp4)]]
 
<br>
 
<br>
  
 
====Save Image(PS) As====
 
====Save Image(PS) As====
 +
イメージをＰＳファイルとして保存します。
 
<br>
 
<br>
  
  
 
====Save Image(BYTE) As====
 
====Save Image(BYTE) As====
 +
イメージをバイトファイルとして保存します。
 
<br>
 
<br>
  
−
 
−
====Extract ROI(REAL) As====
 
−
<br>
 
  
 
====Save Canvas(PS) As====
 
====Save Canvas(PS) As====
−
<div>保存したPSファイル(一部)</div>
+
操作動画: [[:Media:Display2-1-3.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-1-3.mp4|(.mp4)]]
 +
<div>保存したPSファイル</div>
 
[[画像:Outdata-File1-Display2.png]]<br>
 
[[画像:Outdata-File1-Display2.png]]<br>
 
<br>
 
<br>
行247: 行441:
  
 
===Editメニュー===
 
===Editメニュー===
 +
マウスの中ボタン、ALT+左ボタン、左ボタンダブルクリック（ただし、左クリックを一度したことになりますの使用上の注意が必要です）などで開くことが出来ます。
 +
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>[[画像:Outdata-Edit-Display2.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata-Edit-Display2.png]]</td>  
 
<td><p align="left">Cancel<br>  
 
<td><p align="left">Cancel<br>  
 +
OK<br>
 
Move<br>
 
Move<br>
 
Resize<br>
 
Resize<br>
 
Rotate<br>
 
Rotate<br>
 +
All Delete<br>
 +
Delete<br>
 
ZoomIn<br>
 
ZoomIn<br>
 
ZoomOut<br>
 
ZoomOut<br>
 
ROIInfo<br></p>  
 
ROIInfo<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">切り出し範囲の取り消し<br>  
−
<br>  
+
切り出し範囲の決定(MultiShape時のみ)<br>
−
<br>  
+
切り出し範囲の移動<br>  
−
<br>  
+
切り出し範囲のサイズ変更<br>
 +
切り出し範囲の回転<br>
 +
全ての切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)<br>
 +
切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)<br>  
 
ズームイン<br>  
 
ズームイン<br>  
 
ズームアウト<br>  
 
ズームアウト<br>  
−
<br></p>  
+
ROI Informationウィンドウを開く<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行271: 行473:
  
 
====Cancle====
 
====Cancle====
 +
<div>切り出し範囲を取り消す</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Outdata-Cancle-Display2.mov|(.mov)]] [[:Media:Outdata-Cancle-Display2.m4v|(.m4v)]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-Cancle-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====OK====
 +
<div>切り出し範囲を決定する(決定前: 青色, 決定後: 緑色)</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-1.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-1.mp4|(.mp4)]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-OK-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata1-OK-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
  
 
====Move====
 
====Move====
 +
<div>ドラッグにより移動ができる</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-2.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-2.mp4|(.mp4)]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-Move-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
  
 
====Resize====
 
====Resize====
 +
<div>ドラッグによりサイズ変更ができる</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-3.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-3.mp4|(.mp4)]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-Resize-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
  
 
====Rotate====
 
====Rotate====
 +
<div>ドラッグにより回転ができる</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-4.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-4.mp4|(.mp4)]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-Rotate-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====All Delete====
 +
<div>全ての切り出し範囲を削除する</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-5.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-5.mp4|(.mp4)]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-ROIInfo-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata1-AllDelete-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====Delete====
 +
<div>Currentの切り出し範囲を削除する</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-6.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-6.mp4|(.mp4)]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-Delete-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-ROIInfo-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata1-Delete-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
  
 
====ZoomIn====
 
====ZoomIn====
 +
<div>元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で拡大表示する</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-7.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-7.mp4|(.mp4)]]</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行293: 行576:
  
 
====ZoomOut====
 
====ZoomOut====
 +
<div>元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で縮小表示する</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-8.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-8.mp4|(.mp4)]]</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行303: 行588:
  
 
====ROIInfo====
 
====ROIInfo====
 +
<div>[[ROI]]ファイル設定および出力ができる</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-9.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-9.mp4|(.mp4)]]</div>
 +
<div>Rectrangleの場合</div>
 
[[画像:Outdata-ROIInfo-Display2.png]]<br>
 
[[画像:Outdata-ROIInfo-Display2.png]]<br>
 
<br>
 
<br>
−
<div>MultiShapeを選択すると、MultiShapeの設定項目が表示される</div>
+
 
 +
<div>Lineの場合</div>
 +
[[画像:Outdata1-Line-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>Splineの場合</div>
 +
[[画像:Outdata1-Spline-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 
 +
=====Extract=====
 +
<div>設定した範囲やサイズで[[ROI]]ファイルを出力する</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-9-1.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-9-1.mp4|(.mp4)]]</div>
 +
<br>
 +
 
 +
=====AfterExtract=====
 +
<div>Viewにチェックを入れてExtractすると、出力した[[ROI]]ファイルを新しいウィンドウで開く(foregroundのみ対応)</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-2-9-2.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-9-2.mp4|(.mp4)]]</div>
 +
<br>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-AfterExtract-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata1-AfterExtract-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====Redraw=====
 +
<br>
 +
 
 +
=====MultiShape=====
 +
<div>複数の[[ROI]]ファイルが出力可能になり、MultiShapeの設定項目が表示される</div>
 
[[画像:Outdata1-ROIInfo-Display2.png]]<br>
 
[[画像:Outdata1-ROIInfo-Display2.png]]<br>
 
<br>
 
<br>
 +
 
<div>Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される</div>
 
<div>Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される</div>
 
[[画像:Outdata2-ROIInfo-Display2.png]]<br>
 
[[画像:Outdata2-ROIInfo-Display2.png]]<br>
行329: 行649:
  
 
===ROIメニュー===
 
===ROIメニュー===
 +
マウスの中ボタン、ALT+左ボタンでも開くことが出来ます。
 +
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行336: 行658:
 
Spline<br>
 
Spline<br>
 
Create<br>
 
Create<br>
 +
Select<br>
 
ZoomIn<br>
 
ZoomIn<br>
 
ZoomOut<br>
 
ZoomOut<br>
行342: 行665:
 
ROIInfo<br></p>  
 
ROIInfo<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">矩形サイズで切り出す<br>  
+
<td><p align="left">切り出し範囲を矩形サイズにする<br>  
−
直線で切り出す<br>  
+
切り出し範囲を直線にする<br>  
−
スプライン曲線で切り出す<br>
+
切り出し範囲をスプライン曲線にする<br>
−
<br>
+
切り出し範囲の新規作成<br>
 +
切り出し範囲の選択(MultiShape時のみ)<br>
 
ズームイン<br>
 
ズームイン<br>
 
ズームアウト<br>
 
ズームアウト<br>
 
ROIファイルの複数切り出し<br>
 
ROIファイルの複数切り出し<br>
−
<br>
+
複数ROIファイルを切り出す際に大きさを前回のものと同じ（固定）<br>
 
ROI情報を表示<br></p>  
 
ROI情報を表示<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
行357: 行681:
  
 
====Rectangle====
 
====Rectangle====
 +
<div>切り出し範囲を矩形サイズにする</div>
 +
[[画像:Outdata1-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 +
<div>切り出した画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Extract-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-10973.5 (23, 0, 0)<br>
 +
52942.7 (19, 34, 0)<br>
 +
12818.1<br>
 +
10974.8<br>
 +
304.857<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o のログ</div>
 +
<pre>
 +
mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0
 +
</pre>
 
<br>
 
<br>
  
 
====Line====
 
====Line====
 +
<div>切り出し範囲を直線にする</div>
 +
[[画像:Outdata-Line-Display2.png]]<br>
 
<br>
 
<br>
  
 
====Spline====
 
====Spline====
 +
<div>切り出し範囲をスプライン曲線にする</div>
 +
[[画像:Outdata-Spline-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 +
<div>切り出した画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-Spline-Display2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-18651.7 (51, 1, 0)<br>
 +
52942.7 (12, 7, 0)<br>
 +
8339.4<br>
 +
10634.9<br>
 +
73.3183br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o のログ</div>
 +
<pre>
 +
mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0  74.0 12.0  37.0 26.0  62.0 39.0  41.0 73.0  23.0 72.0  10.0 65.0  19.0 53.0  6.0 34.0  8.0 14.0
 +
</pre>
 
<br>
 
<br>
  
 
====Create====
 
====Create====
 +
<div>切り出し範囲を新規作成する</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-Create-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
  
 
====ZoomIn====
 
====ZoomIn====
−
[[Display2#ZoomIn|Editメニューと同様]]<br>
+
<div>[[Display2#ZoomIn|Editメニュー]]と同様</div>
 
<br>
 
<br>
  
 
====ZoomOut====
 
====ZoomOut====
−
[[Display2#ZoomOut|Editメニューと同様]]<br>
+
<div>[[Display2#ZoomOut|Editメニュー]]と同様</div>
 
<br>
 
<br>
  
 
====MultiROI====
 
====MultiROI====
 +
<div>複数の[[ROI]]ファイルが出力可能になる</div>
 +
<div>操作動画: [[:Media:Display2-3-1.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-3-1.mp4|(.mp4)]]</div>
 
<br>
 
<br>
  
 
====SizeLock====
 
====SizeLock====
 +
連続的にROIを切り出すときに、決まった大きさで切り出すことが出来ます。
 +
<br>
 +
 +
====AngleLock====
 +
連続的にROIを切り出すときに、決まった角度で切り出すことが出来ます。SizeLockがかかっているときにのみ表示され、意味を持ちます。
 
<br>
 
<br>
  
 
====ROIInfo====
 
====ROIInfo====
−
[[Display2#ROIInfo|Editメニューと同様]]<br>
+
[[Display2#ROIInfo|Editメニュー]]と同様<br>
 
<br>
 
<br>
  
行402: 行799:
  
 
===Informationメニュー===
 
===Informationメニュー===
 +
<div>画像上にて右クリックすることでも同様のメニューを開くことができる</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行416: 行814:
 
Scale Info<br></p>  
 
Scale Info<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">密度と周波数のグラフを表示する<br>  
 
<br>
 
<br>
 
<br>
 
<br>
行433: 行831:
 
====Display2 Info====
 
====Display2 Info====
 
[[画像:Outdata1-Information-Display2.png]]<br>
 
[[画像:Outdata1-Information-Display2.png]]<br>
 +
<br>
 +
 +
<div>右上のボタン(line1)を押すと、グラフのピークが表示される</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2Info-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata1-Display2Info-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>グラフ上をドラッグすることでズームができる(連続操作可能)</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2Info-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata2-Display2Info-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>グラフ上を右クリックすると、ズームを1段階戻す</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-Display2Info-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2Info-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>High, Lowにより画像の表示範囲を再設定できる。<br>
 +
[[画像:Outdata3-Display2Info-Display2.png]]</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td>
 +
<td>-></td>
 +
<td>[[画像:Outdata-LH-Display2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>
  
 
====mrcImage Info====
 
====mrcImage Info====
 +
<div>[[mrcImage]]の画像情報が表示される</div>
 
[[画像:Outdata2-Information-Display2.png]]<br>
 
[[画像:Outdata2-Information-Display2.png]]<br>
 +
<div>[[Display2#Display2 Info|Display2 Info]]と同様にグラフのピークの表示やズームができる</div>
 
<br>
 
<br>
  
 
====Image Info====
 
====Image Info====
 +
<div>クリックした箇所のデータが得られる</div>
 +
[[画像:Outdata4-Information-Display2.png]]<br>
 
<br>
 
<br>
  
 
====Roi Info====
 
====Roi Info====
−
[[Display2#ROIInfo|Editメニューと同様]]<br>
+
[[Display2#ROIInfo|Editメニュー]]と同様<br>
 
<br>
 
<br>
  

2016年6月4日 (土) 22:26時点における最新版

Display2とは、Eosにおける画像表示のためのコマンドです。mrcImage画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、３Ｄのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。

Display2 -i Input.mrc


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定: mrcImage NULL
-t 選択 入力ファイルのテンプレート 85.roi
-o 選択 ログファイル .EosLog
-L 選択 LowThreshold 0.0(設定しないと使われない)
-H 選択 HighThreshold 0.0(設定しないと使われない)
-Zoom 選択 倍率 1　（整数倍か、整数分の１を選んで下さい。）
-Inverse 選択 設定すると、白黒が反転する
-def 選択 Display2が使う色や大きさ、変数のデフォールト値などを変更する。引数で設定したものが優先される。 ~/.Eos/Display2
-display 選択 :0.0
-geometry 選択 ウィンドウの初期サイズと位置を設定 1024x1024+0+0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-Lと-Hは設定されない場合には、中心の64x64の画像からコントラストの推定を行う


モードの詳細

モード 説明
0


-geometry の引数のフォーマット

-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)
サイズ、座標はどちらかでも可


フォント等のデフォールト設定の変更方法

$HOME/.Eos/Display2というファイルがあります。この中で、フォント等のデフォールト設定を変更できます。

実行例

コマンド動画: (.mov) (.mp4)

入力ファイルの画像

Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845


オプション必須項目のみの場合

Outdata-Display2.png

File

File(Seq)
Edit
Window
ROI
Operation
Information

Help

ファイル操作

Seqファイル操作
編集
ウィンドウ処理
ROIファイルの作成
画像処理
情報の表示

ヘルプ


オプション -L, -H

L=0, H=30000で実行

-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示ができる。-Lを画像値の最小値、-Hを最大値に設定すると、それらが極端な値でなければ、全体が見えるようになる。起動後は#Display2 Infoでも設定できる。
デフォルト 設定後
Outdata-Display2.png Outdata-LH-Display2.png


オプション　-Zoom

Zoom=2で実行

デフォルト 設定後
Outdata-Display2.png Outdata-Zoom-Display2.png


オプション　-Inverse

デフォルト 設定後
Outdata-Display2.png Outdata-Inverse-Display2.png


オプション　-def

デフォールトで設定されているファイルがないときは自動的につくります。下記に設定ファイルの例を示します。 設定されていないときは、~/.Eos/Display2が存在しなければ、~/.Eos/Display2の初期ファイルをつくります。その後、~/.Eos/Display2を読み込みます。

例： 


#
# Default
#

# Precision
#　計算の精度を示しています。１７桁を設定しています。
set tcl_precision 17 

# Canvas Area Create
# 主たる画面（キャンパス）の大きさを指定しています。
set Desktop(mainCanvasX) 1999
set Desktop(mainCanvasY) 1999

# 画面の全体像をみるための画面の大きさを示しています。
set Desktop(overviewCanvasX) 256
set Desktop(overviewCanvasY) 256
# 予約語です
set Desktop(sizeX) 128
set Desktop(sizeY) 128
# カーソルの色と形を示しています。
set Desktop(Cursor) "crosshair blue"

# Image 
# ポストスクリプトファイルを書き出す際の倍率を示しています。[mm/pixel]。これとRoi(Zoom)との積で最終的な倍率が決まります。
set mainImage(PSScale)  0.2
# 決められたHigh/Lowの間で画像を見たいときのものです。
set mainImage(thresHigh) No
set mainImage(thresLow)  No
＃コントラストを反転したいときのものです。
set mainImage(Inverse)   No
#最大値・最小値が指定されていないときのコントラストの自動生成を示しています。平均値±2*標準偏差 をそれぞれ、最小値、最大値とします。
set mainImage(Contrast)   2
#コントラストをログで変換したものを使います。
set mainImage(flagLog)    0 
#コントラストをパワーで変換したものを使います。
set mainImage(flagPow)    0
#ヒストグラムを見るための刻み数を示しています。 
set mainImage(HistNum)  256 

# Roi
# 確定したROI、及び、選択中のROIの色を指定しています。
set Roi(OKColor)        #118866
set Roi(SelectColor)    #0000ff
# ROIの線の太さ、色を示しています。
set Roi(LineWidth)      3
set Roi(CurrentColor)   $Roi(OKColor) 
#デフォールトのROIの形状を表しています。
set Roi(Shape)          Rectangle


# 複数のROIを同時に選択する場合に利用します。
set Roi(MultiShape)     Off 
set Roi(MultiNumber)    Off 

# 同じ大きさのROIを切り出すときに利用します。
set Roi(SizeLock)       Off 

# 同じ角度のROIを切り出すときに利用します。
set Roi(AngleLock)    Off

set Roi(Analysis)       Off 
set Roi(View)           off 
set Roi(Extract)        foreground 
set Roi(withScale)      Off
set Roi(absTicks)       54.6
set Roi(numFormat)      "-%04d.roi"

set Roi(Shrink)         1


# Zooming
# 画像のズームを表現しています
set Roi(Zoom)         2 
set Roi(ZoomX)        1
set Roi(ZoomY)        1

# Point 
set Point(x) 0
set Point(y) 0 
set Point(dat) 0
set Point(cx) 0
set Point(cy) 0 
set Point(cdat) 0

# Roi Rectangle
# 実際に切り出される大きさは１ピクセル大きくなるのでご注意下さい。
set rectanglePoints(width)  32.0
set rectanglePoints(height) 32.0
set rectanglePoints(angle)    0.0 

# spline
set splinePoints(Width)       80

# LayerLine
set LayerLine(flag) OFF
set LayerLine(pointRadius) 3 

# Projection Line
set Projection(flag)  OFF
set Projection(which) Y
set Projection(scale) 1 

# Unit Cell
set UnitCell(n) 0
set UnitCell(dimension) 2
set UnitCell(axis1,n) 5 
set UnitCell(axis2,n) 5 
set UnitCell(axis3,n) 0 
set UnitCell(axis1,x) 1 
set UnitCell(axis1,y) 0 
set UnitCell(axis1,z) 0 
set UnitCell(axis2,x) 0 
set UnitCell(axis2,y) 1 
set UnitCell(axis2,z) 0 
set UnitCell(axis3,x) 0 
set UnitCell(axis3,y) 0 
set UnitCell(axis3,z) 1 

set UnitCell(box,x) 5  
set UnitCell(box,y) 5 
set UnitCell(box,z) 0 

set UnitCell(alpha) 90 
set UnitCell(beta)  90 
set UnitCell(gamma) 90 

# Section
set Section(flag)       OFF 
set Section(which)        Y
set Section(scale)        1 
set Section(scaleDelta) 0.1 
set Section(at)           0   
set Section(atDelta)      1   
set Section(mode)    normal

オプション　-geometry

geometry=250x350+100+100で実行

デフォルト 設定後(デフォルトのときよりも画面の右下に表示される)
Outdata-Display2.png Outdata-geometry-Display2.png


Fileメニュー

Display2-File.png

Open

New
Save Image(PS) As
Save Image(BYTE) As
Extract ROI(REAL) As
Save Canvas(PS) As

Exit

同じウィンドウでファイルを開く

新規ウィンドウでファイルを開く
PSファイルで保存
バイナリファイル
画像をPSファイルで保存

終了


Open

操作動画: (.mov) (.mp4)

New

操作動画: (.mov) (.mp4)

Save Image(PS) As

イメージをＰＳファイルとして保存します。


Save Image(BYTE) As

イメージをバイトファイルとして保存します。


Save Canvas(PS) As

操作動画: (.mov) (.mp4)

保存したPSファイル

Outdata-File1-Display2.png

File(Seq)メニュー

Outdata-File(Seq)-Display2.png

Open
New

同じウィンドウでファイルを開く
新規ウィンドウでファイルを開く


Open


New


Editメニュー

マウスの中ボタン、ALT+左ボタン、左ボタンダブルクリック（ただし、左クリックを一度したことになりますの使用上の注意が必要です）などで開くことが出来ます。

Outdata-Edit-Display2.png

Cancel

OK
Move
Resize
Rotate
All Delete
Delete
ZoomIn
ZoomOut

ROIInfo

切り出し範囲の取り消し

切り出し範囲の決定(MultiShape時のみ)
切り出し範囲の移動
切り出し範囲のサイズ変更
切り出し範囲の回転
全ての切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)
切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)
ズームイン
ズームアウト

ROI Informationウィンドウを開く


Cancle

切り出し範囲を取り消す
操作動画: (.mov) (.m4v)
Outdata1-Display2.png -> Outdata-Cancle-Display2.png


OK

切り出し範囲を決定する(決定前: 青色, 決定後: 緑色)
操作動画: (.mov) (.mp4)
Outdata-OK-Display2.png -> Outdata1-OK-Display2.png


Move

ドラッグにより移動ができる
操作動画: (.mov) (.mp4)
Outdata1-Display2.png -> Outdata-Move-Display2.png


Resize

ドラッグによりサイズ変更ができる
操作動画: (.mov) (.mp4)
Outdata1-Display2.png -> Outdata-Resize-Display2.png


Rotate

ドラッグにより回転ができる
操作動画: (.mov) (.mp4)
Outdata1-Display2.png -> Outdata-Rotate-Display2.png


All Delete

全ての切り出し範囲を削除する
操作動画: (.mov) (.mp4)
Outdata3-ROIInfo-Display2.png -> Outdata1-AllDelete-Display2.png


Delete

Currentの切り出し範囲を削除する
操作動画: (.mov) (.mp4)
Outdata2-Display2.png -> Outdata-Delete-Display2.png
Outdata3-ROIInfo-Display2.png -> Outdata1-Delete-Display2.png


ZoomIn

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で拡大表示する
操作動画: (.mov) (.mp4)
Outdata-Display2.png -> Outdata-ZoomIn-Display2.png


ZoomOut

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で縮小表示する
操作動画: (.mov) (.mp4)
Outdata-Display2.png -> Outdata-ZoomOut-Display2.png


ROIInfo

ROIファイル設定および出力ができる
操作動画: (.mov) (.mp4)
Rectrangleの場合

Outdata-ROIInfo-Display2.png

Lineの場合

Outdata1-Line-Display2.png

Splineの場合

Outdata1-Spline-Display2.png

Extract
設定した範囲やサイズでROIファイルを出力する
操作動画: (.mov) (.mp4)


AfterExtract
Viewにチェックを入れてExtractすると、出力したROIファイルを新しいウィンドウで開く(foregroundのみ対応)
操作動画: (.mov) (.mp4)


Outdata-AfterExtract-Display2.png -> Outdata1-AfterExtract-Display2.png


Redraw


MultiShape
複数のROIファイルが出力可能になり、MultiShapeの設定項目が表示される

Outdata1-ROIInfo-Display2.png

Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される

Outdata2-ROIInfo-Display2.png

Windowメニュー

Outdata-Window-Display2.png

New Wondow

新規のウィンドウを開く


New Window

Outdata1-Window-Display2.png

ROIメニュー

マウスの中ボタン、ALT+左ボタンでも開くことが出来ます。

Outdata-ROI-Display2.png

Rectangle

Line
Spline
Create
Select
ZoomIn
ZoomOut
MultiROI
SizeLock

ROIInfo

切り出し範囲を矩形サイズにする

切り出し範囲を直線にする
切り出し範囲をスプライン曲線にする
切り出し範囲の新規作成
切り出し範囲の選択(MultiShape時のみ)
ズームイン
ズームアウト
ROIファイルの複数切り出し
複数ROIファイルを切り出す際に大きさを前回のものと同じ（固定）

ROI情報を表示


Rectangle

切り出し範囲を矩形サイズにする

Outdata1-Display2.png

切り出した画像
Outdata-Extract-Display2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10973.5 (23, 0, 0)

52942.7 (19, 34, 0)
12818.1
10974.8

304.857


-o のログ
mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0


Line

切り出し範囲を直線にする

Outdata-Line-Display2.png

Spline

切り出し範囲をスプライン曲線にする

Outdata-Spline-Display2.png

切り出した画像
Outdata2-Spline-Display2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (51, 1, 0)

52942.7 (12, 7, 0)
8339.4
10634.9

73.3183br>


-o のログ
mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0  74.0 12.0  37.0 26.0  62.0 39.0  41.0 73.0  23.0 72.0  10.0 65.0  19.0 53.0  6.0 34.0  8.0 14.0


Create

切り出し範囲を新規作成する
Outdata1-Display2.png -> Outdata-Create-Display2.png


ZoomIn


ZoomOut


MultiROI

複数のROIファイルが出力可能になる
操作動画: (.mov) (.mp4)


SizeLock

連続的にROIを切り出すときに、決まった大きさで切り出すことが出来ます。

AngleLock

連続的にROIを切り出すときに、決まった角度で切り出すことが出来ます。SizeLockがかかっているときにのみ表示され、意味を持ちます。

ROIInfo

Editメニューと同様

Operationメニュー

Outdata-Operation-Display2.png

fft2d

FFT処理を行う


fft2d


Informationメニュー

画像上にて右クリックすることでも同様のメニューを開くことができる
Outdata-Information-Display2.png

Display2 Info

mrcImage Info
Image Info
Roi Info
LayerLine Info
Projection Info
Section Info
CTF Info
UnitCell Info

Scale Info

密度と周波数のグラフを表示する


Display2 Info

Outdata1-Information-Display2.png

右上のボタン(line1)を押すと、グラフのピークが表示される
Outdata-Display2Info-Display2.png -> Outdata1-Display2Info-Display2.png


グラフ上をドラッグすることでズームができる(連続操作可能)
Outdata-Display2Info-Display2.png -> Outdata2-Display2Info-Display2.png


グラフ上を右クリックすると、ズームを1段階戻す
Outdata2-Display2Info-Display2.png -> Outdata-Display2Info-Display2.png


High, Lowにより画像の表示範囲を再設定できる。
Outdata3-Display2Info-Display2.png
Outdata-Display2.png -> Outdata-LH-Display2.png


mrcImage Info

mrcImageの画像情報が表示される

Outdata2-Information-Display2.png

Display2 Infoと同様にグラフのピークの表示やズームができる


Image Info

クリックした箇所のデータが得られる

Outdata4-Information-Display2.png

Roi Info

Editメニューと同様

LayerLine Info


Projection Info


Scetion Info


CTF Info


UnitCell Info

Outdata3-Information-Display2.png

Scale Info


Helpメニュー

Outdata-Help-Display2.png

Help

ヘルプ



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=Display2&oldid=14904」から取得