「mrcImageSmoothing」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(ページの作成：「'''mrcImageSmoothing'''とはMRC形式の画像を非線形平滑化するためのEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メイン...」)
 
行79: 行79:
 
     0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
 
     0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
 
     1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r
 
     1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r
 +
 +
 +
===------入力ファイルの画像------===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:b120.center-mrcImageSmoothing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-65.0178<br>
 +
94.4699<br>
 +
4.85274<br>
 +
20.4635<br>
 +
0.255794<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------モード１の1～3での処理画像------===
 +
<table>
 +
<tr><td>モード１：1</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:smo.m1.center-mrcImageSmoothing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-41.8721<br>
 +
65.9659<br>
 +
4.7617<br>
 +
14.3083<br>
 +
0.178854<br></p>
 +
</td>
 +
<td>モード２：0を選択<br>
 +
-sx=9,-sy=9に変更<br>
 +
　　－－－－－－＞</td>
 +
<td>[[画像:smo.m1M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-54.6403<br>
 +
54.0815<br>
 +
4.773<br>
 +
13.5848<br>
 +
0.16981<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td></td>
 +
<td>モード２：1を選択<br>
 +
-r=5に変更<br>
 +
　　－－－－－－＞</td>
 +
<td>[[画像:smo.m1M1r5.center-mrcImageSmoothing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-54.6403<br>
 +
55.7056<br>
 +
4.73966<br>
 +
13.9823<br>
 +
0.174779<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
 +
<tr><td>モード１：2</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:smo.m2.center-mrcImageSmoothing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-41.8721<br>
 +
67.5276<br>
 +
4.82079<br>
 +
13.8056<br>
 +
0.17257<br></p>
 +
</td>
 +
<td>モード２：0を選択<br>
 +
-sx=9,-sy=9に変更<br>
 +
　　－－－－－－＞</td>
 +
<td>[[smo.m2M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-54.6403<br>
 +
54.0644<br>
 +
4.89358<br>
 +
13.5214<br>
 +
0.169018<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
 +
<tr><td>モード１：3</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[smo.m3.center-mrcImageSmoothing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-41.8721<br>
 +
83.4967<br>
 +
4.85411<br>
 +
17.5032<br>
 +
0.21879<br></p>
 +
</td>
 +
<td>モード２：0を選択<br>
 +
-sx=9,-sy=9に変更<br>
 +
　　－－－－－－＞</td>
 +
<td>[[smo.m3M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-54.6403<br>
 +
56.99<br>
 +
4.87303<br>
 +
14.4517<br>
 +
0.180646<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
<div>※モード１はデフォルト＝０になっているが、モード１の選択肢に<br>
 +
０は無いので、指定しなければエラーとなる。</div>

2013年10月16日 (水) 05:39時点における版

mrcImageSmoothingとはMRC形式の画像を非線形平滑化するためのEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル名[MRC] NULL
-o 選択 出力ファイル名[MRC] stdout(設定しなければ標準出力）

モードの詳細

モード 説明
1 Median filter
2 Mean filter
3 Surface Fit filter
4 Lee-Sigma filter


実行例

-h によるヘルプの例 

$ mrcImageSmoothing  -h
Usage: /home/people/tacyas/Eos/bin/X86LINUX64/mrcImageSmoothing
Options:
    [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
    [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
    [-sx                 sx                  (3         )] :Optional  :x of Kernel Size
    [-sy                 sy                  (3         )] :Optional  :y of Kernel Size
    [-sz                 sz                  (3         )] :Optional  :z of Kernel Size
    [-r                  r                   (1         )] :Optional  :Radius of Kernel Size
    [-sigma              sigma               (2.0       )] :Optional  :Sigma for Lee-Sigma
    [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
    [-M[ode2]            mode2               (0         )] :Optional  :Mode
    [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
>>> Mode <<<< 
    1: Median filter
    2: Mean filter 
    3: Surface Fit filter
    4: Lee-Sigma filter
>>> Mode2 <<<< 
    0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
    1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r


------入力ファイルの画像------

ファイル:b120.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-65.0178

94.4699
4.85274
20.4635

0.255794

------モード１の1～3での処理画像------

モード１：1
ファイル:smo.m1.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.8721

65.9659
4.7617
14.3083

0.178854

 モード２：0を選択

-sx=9,-sy=9に変更

　　－－－－－－＞		 ファイル:smo.m1M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

54.0815
4.773
13.5848

0.16981
モード２：1を選択

-r=5に変更

　　－－－－－－＞		 ファイル:smo.m1M1r5.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

55.7056
4.73966
13.9823

0.174779
モード１：2
ファイル:smo.m2.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.8721

67.5276
4.82079
13.8056

0.17257

 モード２：0を選択

-sx=9,-sy=9に変更

　　－－－－－－＞		 smo.m2M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

54.0644
4.89358
13.5214

0.169018
モード１：3
smo.m3.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.8721

83.4967
4.85411
17.5032

0.21879

 モード２：0を選択

-sx=9,-sy=9に変更

　　－－－－－－＞		 smo.m3M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

56.99
4.87303
14.4517

0.180646


※モード１はデフォルト＝０になっているが、モード１の選択肢に
０は無いので、指定しなければエラーとなる。

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageSmoothing&oldid=1851」から取得