「pdbWaterAdd」の版間の差分
| 行209: | 行209: | ||
</table> | </table> | ||
| − | ====m= | + | ====m=2, edge=11で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>[[画像:Outdata- | + | <td>[[画像:Outdata-m2edge-pdbWaterAdd.png]]</td> |
<td><p align="left">重心: [CA]<br> | <td><p align="left">重心: [CA]<br> | ||
最大半径: [CA]<br> | 最大半径: [CA]<br> | ||
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p> | 最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">2.275528e+01 3.777079e+01 5.054808e+01<br> |
| − | <br> | + | 8.021160e+01<br> |
| − | <br> </p> | + | 52.50 69.01 76.05<br> </p> |
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | ====m=3で実行==== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-m3-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心: [CA]<br> | ||
| + | 最大半径: [CA]<br> | ||
| + | 最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">2.657380e+01 3.896318e+01 4.788873e+01<br> | ||
| + | 8.453592e+01 <br> | ||
| + | 49.56 49.49 49.56<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | ====m=3, cube=(150, 50, 25)で実行==== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-m3cube-pdbWaterAdd.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心: [CA]<br> | ||
| + | 最大半径: [CA]<br> | ||
| + | 最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">2.680180e+01 3.562480e+01 4.810106e+01<br> | ||
| + | 7.877402e+01 <br> | ||
| + | 74.49 24.45 12.10<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
2013年11月11日 (月) 01:36時点における版
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: [pdb] | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: [pdb] | NULL |
| -d | 選択 | 水の密度: [M] | 55.55555 |
| -r | 選択 | 水の半径(m=0, 1で使用) | 100 |
| -height | 選択 | 水の高さ(m=1で使用) | 100 |
| -cube | 選択 | (X, Y, Z): [A](m=3で使用) | (100, 100, 100) |
| -edge | 選択 | layer number(m=2で使用) | 3 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 球 |
| 1 | 円筒 |
| 2 | エッジ |
| 3 | 立方体 |
実行例
入力ファイルの画像
 |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.500000e+01 3.750000e+01 5.000000e+01 4.349928e+01 |
オプション必須項目のみの場合
 |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.801699e+01 4.042596e+01 5.283918e+01 1.013542e+02 |
オプション -d
d=100で実行
 |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.816617e+01 4.092423e+01 5.106283e+01 1.007834e+02 |
オプション -r
r=50で実行
 |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.873605e+01 4.110250e+01 4.960092e+01 5.159114e+01 51.20 51.08 50.52 |
オプション -m
m=1で実行
 |
-pdbWaterAdd.png) |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.804255e+01 4.044974e+01 4.965178e+01 1.124507e+02 |
m=1, height=50で実行
 |
-pdbWaterAdd.png) |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.810252e+01 4.051072e+01 4.965763e+01 1.035522e+02 |
m=2で実行
 |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.351263e+01 3.752831e+01 4.991955e+01 5.244210e+01 |
m=2, edge=11で実行
 |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.275528e+01 3.777079e+01 5.054808e+01 8.021160e+01 |
m=3で実行
 |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.657380e+01 3.896318e+01 4.788873e+01 8.453592e+01 |
m=3, cube=(150, 50, 25)で実行
 |
重心: [CA] 最大半径: [CA] |
2.680180e+01 3.562480e+01 4.810106e+01 7.877402e+01 |
