「pdbRhoFit」の版間の差分
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| − | === | + | ===入力ファイルの画像=== |
| + | ====pdbの画像==== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
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</table> | </table> | ||
| − | === | + | ====[[mrcImage]]の画像==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
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0.611902<br> | 0.611902<br> | ||
0.0111718<br></p> | 0.0111718<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -C=== | ||
| + | ====C=1で実行==== | ||
| + | =====pdbの画像===== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata(pdb)-C-pdbRhoFit.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.896501e+01 3.493830e+01 7.100000e+01<br> | ||
| + | 4.349937e+01 <br> | ||
| + | 24.59 25.15 41.25 <br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata(mrc)-C-pdbRhoFit.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 2252 (68, 19, 0)<br> | ||
| + | 470.236<br> | ||
| + | 755.287<br> | ||
| + | 4.83503<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
2013年11月11日 (月) 04:20時点における版
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -ipdb | 必須 | 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) | NULL |
| -imrc | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -omrc | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -otxt | 選択 | 出力ファイル: [テキスト] | NULL |
| -opar | 選択 | 出力ファイル: [パラメータ] | stdout |
| -opdb | 選択 | 出力ファイル: [pdb] | NULL |
| -xmin | 選択 | xの最小 | 0 |
| -xmax | 選択 | xの最大 | 0 |
| -xd | 選択 | xの間隔 | 1 |
| -ymin | 選択 | yの最小 | 0 |
| -ymax | 選択 | yの最大 | 0 |
| -yd | 選択 | yの間隔 | 1 |
| -zmin | 選択 | zの最小 | 0 |
| -zmax | 選択 | zの最大 | 82 |
| -zd | 選択 | zの間隔 | 1 |
| -EA | 選択 | Euler Angle for three-angle | ZOYS |
| -phimin | 選択 | phiの最小: [degree] | 0 |
| -phimax | 選択 | phiの最大: [degree] | 194 |
| -phid | 選択 | phiの間隔: [degree] | 2 |
| -psimin | 選択 | psiの最小: [degree] | 0 |
| -psimax | 選択 | psiの最大: [degree] | 0 |
| -psid | 選択 | psiの間隔: [degree] | 2 |
| -thetamin | 選択 | thetaの最小: [degree] | 0 |
| -thetamax | 選択 | thetaの最大: [degree] | 0 |
| -thetad | 選択 | thetaの間隔: [degree] | 2 |
| -nw | 選択 | weight for normalize | 100000000.0 |
| -nC | 選択 | weight for normalize | 0.0 |
| -I | 選択 | 黒を高密度とする | |
| -Zminus | 選択 | Shift to -z | |
| -Tlim | 選択 | The atom will be neglected | 60 |
| -Centre | 選択 | Filament-axis is x=0, y=0 | |
| -C | Variable | ContourLevel | 0.0 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ipdb : Filename of pdb file of atomic model
-imrc : Filename of mrc file of contour map
-omrc : Filename of mrc file of fitting results
-otxt : Filename of text file of fitting results
-opar : Filename of text file of fitting results
-opdb : Filename of pdb file with a max score after fitting results
-zmin : Initial value of z (should <= zmax)
-zmax : Final value of z
-zd : Delta z for fitting (should >0)
-phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
-phimax : Final value of phi (should >0)
-phid : Delta phi for fitting (should >0)
-C : Contour level (variable and MUST be last option)
-Inverse: Protein has high density on the image
-Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
-Tfactor: Consider temperature factor
-Tlim : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
-Centre : Filament-axis is x=0, y=0
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 輪郭内の原子をカウントする |
| 1 | 原子の密度を加える |
実行例
入力ファイルの画像
pdbの画像
-pdbRhoFit.png) |
重心 最大半径 |
2.500000e+01 3.750000e+01 5.000000e+01 4.349928e+01 |
mrcImageの画像
-pdbRhoFit.png) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (4, 4, 3) |
オプション -C
C=1で実行
pdbの画像
-C-pdbRhoFit.png) |
重心 最大半径 |
1.896501e+01 3.493830e+01 7.100000e+01 4.349937e+01 |
mrcImageの画像
-C-pdbRhoFit.png) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2252 (68, 19, 0) |
