「mrcImageTiltAxisSearchHelp」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(ページの作成:「'''mrcImageTiltAxisSearchHelp'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> ...」)
 
行14: 行14:
 
<td>-I</td>  
 
<td>-I</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力画像ファイルリスト設定</td>  
+
<td>入力ファイルリスト: テキスト</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o1d</td>  
 
<td>-o1d</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output:1D</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](1D)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o1de</td>  
 
<td>-o1de</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output:1DEnlarged</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](1DEnlarged)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-o2d</td>  
 
<td>-o2d</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output:2D</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](2D)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-aP</td>  
 
<td>-aP</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Input: AxisPosition(OriginX, OriginY, OriginZ)</td>  
+
<td>入力: 軸の位置: (OriginX, OriginY, OriginZ)</td>  
 
<td>(0.0, 0.0, 0.0)</td>  
 
<td>(0.0, 0.0, 0.0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-a</td>  
 
<td>-a</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Input: AxisAngleYaw/Pitch[degree](AxisAngleYaw , AxisAnglePitch)</td>  
+
<td>入力: AxisAngleYaw/Pitch[degree](AxisAngleYaw , AxisAnglePitch)</td>  
 
<td>(0.0, 0.0)</td>  
 
<td>(0.0, 0.0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行50: 行50:
 
<td>-R</td>  
 
<td>-R</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Input: LowPathFiltering(Rmin, Rmax)</td>  
+
<td>入力: LowPathFiltering(Rmin, Rmax)</td>  
 
<td>(0.05, 0.1)</td>  
 
<td>(0.05, 0.1)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行56: 行56:
 
<td>-Interp</td>  
 
<td>-Interp</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Input: InterpolationMode</td>  
+
<td>入力: InterpolationMode</td>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行93: 行93:
 
===入力画像ファイルリストのフォーマット===
 
===入力画像ファイルリストのフォーマット===
 
<pre>
 
<pre>
−
filename tiltAngle[degree] relativeTiltAxisYaw[degree] relativeTiltAxisPitch[degree] relativePosX[pixel] relativePosY[pixel] relativePosZ[pixel]
+
filename tiltAngle[degree] relativeTiltAxisYaw[degree] relativeTiltAxisPitch[degree] relativePosX[pixel] relativePosY[pixel] relativePosZ[pixel]
 
</pre>
 
</pre>
 +
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルのデータ===
 +
<div>-i のデータ</div>
 +
<pre>
 +
/Eos/img/Input.mrc 45 45 0 35 35 0
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>Input.mrc の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-mrcImageTiltAxisSearch.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
65535 (49, 32, 0)<br>
 +
5410.81<br>
 +
12251.4<br>
 +
153.143<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
====-o1d の画像====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-57.1324 (60, 0, 0)<br>
 +
53955.1 (39, 0, 0)<br>
 +
15702.1<br>
 +
17807.4<br>
 +
1990.93<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====-o1de の画像====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-110.257 (63, 0, 0)<br>
 +
53729.6 (39, 0, 0)<br>
 +
18143.8<br>
 +
17959.2<br>
 +
2007.9<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====-o2d の画像====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-251.342 (75, 32, 0)<br>
 +
53881.2 (78, 0, 0)<br>
 +
19043.4<br>
 +
18687.1<br>
 +
233.589<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-aP===
 +
====aP=(0.2, 0.4, 0)で実行====
 +
=====-o1d の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-aP-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-106.416 (60, 0, 0)<br>
 +
51712.2 (39, 0, 0)<br>
 +
16012.3<br>
 +
17809.6<br>
 +
1991.18<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-o1de の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-aP-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-134.835 (63, 0, 0)<br>
 +
51598.4 (41, 0, 0)<br>
 +
18498<br>
 +
17904.5<br>
 +
2001.78<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-o2d の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-aP-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-266.286 (52, 55, 0)<br>
 +
51448.8 (74, 7, 0)<br>
 +
19320.6<br>
 +
18594.9<br>
 +
232.436<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-a===
 +
====a=(0.2, 0.8)で実行====
 +
=====-o1d の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-a-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-118.858 (8, 0, 0)<br>
 +
59400.1 (32, 0, 0)<br>
 +
17676.5<br>
 +
18991.8<br>
 +
2123.34<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-o1de の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-a-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-59.9404 (73, 0, 0)<br>
 +
59851.4 (27, 0, 0)<br>
 +
28866.2<br>
 +
17322.5<br>
 +
1936.71<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-o2d の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-a-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-183.744 (35, 0, 0)<br>
 +
60837.2 (68, 1, 0)<br>
 +
20601.8<br>
 +
19509.2<br>
 +
243.865<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-Interp===
 +
====Interp=3で実行====
 +
=====-o1d の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-Interp-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2669.23 (60, 0, 0)<br>
 +
3.71077e+07 (40, 0, 0)<br>
 +
1.16912e+07<br>
 +
1.3051e+07<br>
 +
1.45915e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-o1de の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-Interp-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-3385.51 (63, 0, 0)<br>
 +
3.7112e+07 (40, 0, 0)<br>
 +
1.34889e+07<br>
 +
1.31573e+07<br>
 +
1.47104e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====-o2d の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Interp-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2.52088e+06 (49, 60, 0)<br>
 +
1.06573e+10 (71, 10, 0)<br>
 +
3.75889e+09<br>
 +
4.07181e+09<br>
 +
5.08976e+07<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2013年11月27日 (水) 08:08時点における版

mrcImageTiltAxisSearchHelpとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-I 必須 入力ファイルリスト: テキスト NULL
-o1d 選択 出力ファイル: mrcImage(1D) NULL
-o1de 選択 出力ファイル: mrcImage(1DEnlarged) NULL
-o2d 選択 出力ファイル: mrcImage(2D) NULL
-aP 選択 入力: 軸の位置: (OriginX, OriginY, OriginZ) (0.0, 0.0, 0.0)
-a 選択 入力: AxisAngleYaw/Pitch[degree](AxisAngleYaw , AxisAnglePitch) (0.0, 0.0)
-R 選択 入力: LowPathFiltering(Rmin, Rmax) (0.05, 0.1)
-Interp 選択 入力: InterpolationMode 2
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0

入力画像ファイルリストのフォーマット

filename tiltAngle[degree] relativeTiltAxisYaw[degree] relativeTiltAxisPitch[degree] relativePosX[pixel] relativePosY[pixel]  relativePosZ[pixel]


実行例

入力ファイルのデータ

-i のデータ
/Eos/img/Input.mrc 45 45 0 35 35 0
Input.mrc の画像
Input-mrcImageTiltAxisSearch.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

65535 (49, 32, 0)
5410.81
12251.4

153.143

オプション必須項目のみの場合

-o1d の画像

Outdata2-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-57.1324 (60, 0, 0)

53955.1 (39, 0, 0)
15702.1
17807.4

1990.93

-o1de の画像

Outdata3-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-110.257 (63, 0, 0)

53729.6 (39, 0, 0)
18143.8
17959.2

2007.9

-o2d の画像

Outdata-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-251.342 (75, 32, 0)

53881.2 (78, 0, 0)
19043.4
18687.1

233.589

オプション　-aP

aP=(0.2, 0.4, 0)で実行

-o1d の画像
Outdata2-aP-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-106.416 (60, 0, 0)

51712.2 (39, 0, 0)
16012.3
17809.6

1991.18
-o1de の画像
Outdata3-aP-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-134.835 (63, 0, 0)

51598.4 (41, 0, 0)
18498
17904.5

2001.78
-o2d の画像
Outdata-aP-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-266.286 (52, 55, 0)

51448.8 (74, 7, 0)
19320.6
18594.9

232.436

オプション　-a

a=(0.2, 0.8)で実行

-o1d の画像
Outdata2-a-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-118.858 (8, 0, 0)

59400.1 (32, 0, 0)
17676.5
18991.8

2123.34
-o1de の画像
Outdata3-a-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-59.9404 (73, 0, 0)

59851.4 (27, 0, 0)
28866.2
17322.5

1936.71
-o2d の画像
Outdata-a-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-183.744 (35, 0, 0)

60837.2 (68, 1, 0)
20601.8
19509.2

243.865

オプション　-Interp

Interp=3で実行

-o1d の画像
Outdata2-Interp-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2669.23 (60, 0, 0)

3.71077e+07 (40, 0, 0)
1.16912e+07
1.3051e+07

1.45915e+06
-o1de の画像
Outdata3-Interp-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-3385.51 (63, 0, 0)

3.7112e+07 (40, 0, 0)
1.34889e+07
1.31573e+07

1.47104e+06
-o2d の画像
Outdata-Interp-mrcImageTiltAxisSearchHelp.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.52088e+06 (49, 60, 0)

1.06573e+10 (71, 10, 0)
3.75889e+09
4.07181e+09

5.08976e+07

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageTiltAxisSearchHelp&oldid=3238」から取得