「mrcImageRefCreate」の版間の差分

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行26: 行26:
 
<td>-p</td>  
 
<td>-p</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>中心座標:(Phi[degree], Omega[degree], Alpha[degree])</td>  
+
<td>中心軸の角度: [degree]: (Phi, Omega, Alpha)</td>  
 
<td>(0, 0, 0)</td>  
 
<td>(0, 0, 0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-w</td>  
 
<td>-w</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>幅:(Phi[±degree], Omega[±degree], Alpha[±degree]) </td>  
+
<td>範囲: [±degree]: (Phi, Omega, Alpha) </td>  
 
<td>(360, 10, 10)</td>  
 
<td>(360, 10, 10)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-d</td>  
 
<td>-d</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>間隔[degree]:(Phi[Z軸周り], Omega[Y軸], Alpha[X軸])</td>  
+
<td>間隔: [degree]: (Phi, Omega, Alpha)</td>  
 
<td>(5, 5, 5)</td>  
 
<td>(5, 5, 5)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-x</td>  
 
<td>-x</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイルのx長(デフォルト:入力ファイルのx長)</td>  
+
<td>出力ファイルのx長</td>  
−
<td>NULL</td>  
+
<td>入力ファイルのx長</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行66: 行66:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>Phi: Z軸周り, Omega: Y軸周り, Alpha: x軸周り</div>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行85: 行86:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===入力ファイルの画像===
+
===[[Media:Input-ThickFilaments1.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-mrcImageRefCreate.png]]</td>
+
<td><p align="Center">[[画像:Input-mrcImageRefCreate.png]]<br>
−
<td><p align="left">最小<br>
+
xy平面<br></p>  
−
最大<br>
+
−
平均値<br>
+
−
標準偏差<br>  
+
−
標準誤差<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageRefCreate.png]]<br>
−
2 (4, 4, 3)<br>
+
yz平面<br></p>  
−
0.390933<br>  
+
−
0.611902<br>
+
−
0.0111718<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
−
</tr>
 
−
</table>
 
−
 
−
===オプション必須項目のみの場合===
 
−
<table>
 
−
<tr>
 
−
<td>[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Outdata-mrcImageRefCreate.png]</td>
 
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行114: 行101:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-49.375 (4, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
−
246.875 (3, 0, 0)<br>  
+
4.07334 (34, 9, 75)<br>  
−
58.4295<br>  
+
0.00164516<br>  
−
39.1421<br>  
+
0.0572113<br>  
−
0.153212<br></p>  
+
8.29149e-05<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
  
 
===オプション　-w===
 
===オプション　-w===
行127: 行115:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-w-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-w-mrcImageRefCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-w-mrcImageRefCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行134: 行127:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 62)<br>  
+
<td><p align="left">-1.28686 (30, 27, 1)<br>  
 
15 (8, 0, 0)<br>  
 
15 (8, 0, 0)<br>  
−
4.00604<br>  
+
0.118695<br>  
−
3.45942<br>  
+
0.579571<br>  
−
0.0208384<br></p>  
+
0.000709225<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>
+
</table>  
  
−
===オプション　-p===
+
 
−
====p=(5, 10, 15), w=(10, 5, 15)で実行====  
+
===オプション　-d===
 +
====d=(10, 5, 15), w=(10, 5, 15)で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-p-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-d-mrcImageRefCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-d-mrcImageRefCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行154: 行153:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-0.820199 (18, 2, 28)<br>  
+
<td><p align="left"><br>  
−
15 (2, 0, 0)<br>  
+
<br>  
−
4.89738<br>  
+
<br>  
−
3.59733<br>  
+
<br>  
−
0.0390646<br></p>  
+
<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>
+
</table>  
  
−
===オプション　-d===
+
 
−
====d=(10, 5, 1.25), w=(10, 5, 15)で実行====  
+
===オプション　-p===
 +
====p=(5, 10, 15), d=(10, 5, 15), w=(10, 5, 15)で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-d-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-p-mrcImageRefCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-p-mrcImageRefCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行174: 行179:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.11021 (4, 0, 121)<br>  
+
<td><p align="left"><br>  
−
15 (8, 0, 0)<br>  
+
<br>  
−
4.02236<br>  
+
<br>  
−
3.45945<br>  
+
<br>  
−
0.0142714<br></p>  
+
<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>
+
</table>  
 +
 
 +
 
  
 
===オプション　-m===
 
===オプション　-m===
行187: 行194:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-m-mrcImageRefCreate.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m-mrcImageRefCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m-mrcImageRefCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行194: 行206:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 62)<br>  
+
<td><p align="left"><br>  
−
15 (8, 0, 0)<br>  
+
<br>  
−
4.03214<br>  
+
<br>  
−
3.45754<br>  
+
<br>  
−
0.020827<br></p>  
+
<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2013年12月20日 (金) 07:05時点における版

mrcImageRefCreateとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-p 選択 中心軸の角度: [degree]: (Phi, Omega, Alpha) (0, 0, 0)
-w 選択 範囲: [±degree]: (Phi, Omega, Alpha) (360, 10, 10)
-d 選択 間隔: [degree]: (Phi, Omega, Alpha) (5, 5, 5)
-x 選択 出力ファイルのx長 入力ファイルのx長
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
Phi: Z軸周り, Omega: Y軸周り, Alpha: x軸周り

モードの詳細

モード 説明
0 通常
1 分子間距離を変更せずに倍率を変更


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageRefCreate.png
xy平面

Input1-mrcImageRefCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00164516
0.0572113

8.29149e-05


オプション　-w

w=(10, 5, 15)で実行

Outdata-w-mrcImageRefCreate.png
xy平面

Outdata1-w-mrcImageRefCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.28686 (30, 27, 1)

15 (8, 0, 0)
0.118695
0.579571

0.000709225


オプション　-d

d=(10, 5, 15), w=(10, 5, 15)で実行

Outdata-d-mrcImageRefCreate.png
xy平面

Outdata1-d-mrcImageRefCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差







オプション　-p

p=(5, 10, 15), d=(10, 5, 15), w=(10, 5, 15)で実行

Outdata-p-mrcImageRefCreate.png
xy平面

Outdata1-p-mrcImageRefCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差







オプション　-m

m=1で実行

Outdata-m-mrcImageRefCreate.png
xy平面

Outdata1-m-mrcImageRefCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差







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