「mrcImageCTFCompensation」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
行15: 行15:
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>入力ファイル名: [[mrcImage]](FFT)</td>  
 
<td>入力ファイル名: [[mrcImage]](FFT)</td>  
−
<td>stdion</td>  
+
<td>stdin</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル名: [[mrcImage]]([[CTF]])</td>  
+
<td>出力ファイル名: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行62: 行62:
 
<td>-SinWin</td>  
 
<td>-SinWin</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window.<br>
+
<td>サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax)</td>  
−
(SinWinRmin, SinWinRmax)</td>  
+
<td>補正なし</td>  
−
<td>(0.1, 1.0)</td>  
+
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行75: 行74:
 
<td>-Astig</td>  
 
<td>-Astig</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis))</td>  
+
<td>非点収差補正 (difMin, dfMax, asAxis))</td>  
 
<td>(0, 0 , 0)</td>  
 
<td>(0, 0 , 0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行81: 行80:
 
<td>-NoAstig</td>  
 
<td>-NoAstig</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Without Astigmatism</td>  
+
<td>非点収差補正なし</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行120: 行119:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>x ctf/|ctf|, phase flipping</td>  
+
<td>逆位相: x ctf/|ctf|</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
−
<td>x ctf,      phase flipping and ctf-multiplying</td>  
+
<td>逆位相とCTF補正を掛ける: x ctf</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>3</td>  
 
<td>3</td>  
−
<td>x 1/ctf    (0.1<|ctf|       phase flipping and ctf-divided</td>  
+
<td>逆位相でCTF補正を割る: x 1/ctf    (0.1<|ctf| ) </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  

2014年1月23日 (木) 06:36時点における版

mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル名: mrcImage(FFT) stdin
-o 必須 出力ファイル名: mrcImage stdout
-info 選択 CTF情報 NULL
-info2 選択 CTF情報2 NULL
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス量(+がアンダーフォーカス): [A] 27000
-white 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 0.1
-SinWin 選択 サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax) 補正なし
-A 選択 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) 0.1
-Astig 選択 非点収差補正 (difMin, dfMax, asAxis)) (0, 0 , 0)
-NoAstig 選択 非点収差補正なし
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。

モードの詳細

モード 説明
0 No Correction
1 逆位相: x ctf/|ctf|
2 逆位相とCTF補正を掛ける: x ctf
3 逆位相でCTF補正を割る: x 1/ctf (0.1<|ctf| )
4 x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering
5 x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted
6 x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided
7 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering
8 x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
9 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising

-info のファイルのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast

-info2 のファイルのフォーマット

ctfDisplay(-o), Display2で作成される。


実行例

入力ファイルの画像

Input-B120-CTF.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000514398 (78, 51, 0)

1684.3 (0, 0, 0)
9.67542
65.3969

0.817461


-info のデータ

CTF情報
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-298.592 (37, 36, 0)

46.4642 (56, 19, 0)
-21.0538
52.1224

0.65153


オプション　-m

m=1, kV=200で実行

その他のオプションなし
Outdata-m1kV-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

0 (0, 0, 0)
0
0

0


info=CTF情報で実行
Outdata-m1info-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-38.9125 (41, 61, 0)

268.151 (39, 35, 0)
21.0538
52.1224

0.65153


Cs=2.1で実行
Outdata-m1Cs-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-277.543 (37, 36, 0)

67.5181 (56, 19, 0)
-1.29646e-08
52.1224

0.65153


df=27000で実行
Outdata-m1df-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-59.6211 (51, 54, 0)

244.573 (39, 35, 0)
1.41363e-08
52.1224

0.65153


A=0.1で実行
Outdata-m1A-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-46.4642 (56, 19, 0)

298.592 (37, 36, 0)
21.0538
52.1224

0.65153


Astig=(2000, 3000, 30)で実行
Outdata-m1Astig-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-63.7102 (56, 19, 0)

278.233 (37, 35, 0)
-2.56419e-07
52.1224

0.65153


m=2, info=CTF情報で実行

Outdata-m2-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-62.4959 (28, 30, 0)

115.688 (39, 34, 0)
2.10538
20.8081

0.260101


m=3, info=CTF情報で実行

Outdata-m3-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.5112 (2, 15, 0)

1120.94 (39, 39, 0)
210.538
256.745

3.20931


m=4, info=CTF情報で実行

その他のオプションなし
Outdata-m4-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-76.6069 (1, 16, 0)

835.557 (40, 39, 0)
105.269
192.376

2.4047


white=0.5で実行
Outdata-m4white-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-59.6252 (50, 54, 0)

195.105 (39, 35, 0)
8.0976
38.5767

0.482208


m=5, info=CTF情報で実行

Outdata-m5-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-63.7521 (29, 30, 0)

81.6286 (39, 34, 0)
0.210538
16.0662

0.200828


m=6, info=CTF情報で実行

Outdata-m6-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1338.09 (37, 36, 0)

212.611 (2, 70, 0)
-210.538
272.238

3.40297


m=7, info=CTF情報で実行

その他のオプションなし
Outdata-m7-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-885.311 (37, 36, 0)

43.1237 (2, 0, 0)
-105.269
192.376

2.4047


white=0.5
Outdata-m7white-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-221.279 (37, 36, 0)

60.2085 (29, 27, 0)
-8.0976
38.5767

0.482208

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageCTFCompensation&oldid=5770」から取得