「pdbMolecularInterfaceFind」の版間の差分
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| 行60: | 行60: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
| 行72: | 行73: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===[[:Media:Input-121P-Two.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-121P-Two.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">3.281389e+00 2.225817e+01 -4.999687e-04<br> | ||
| + | 3.798185e+01<br> | ||
| + | 27.38 27.08 34.08<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| + | <pre> | ||
| + | 2A | ||
| + | 3A | ||
| + | 3A | ||
| + | 3A | ||
| + | 3A | ||
| + | 4A | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | 177A | ||
| + | 193A | ||
| + | 194A | ||
| + | 215A | ||
| + | 255A | ||
| + | 2B | ||
| + | 3B | ||
| + | 3B | ||
| + | 3B | ||
| + | 3B | ||
| + | 4B | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | 177B | ||
| + | 193B | ||
| + | 194B | ||
| + | 215B | ||
| + | 255B | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -id1, -id2=== | ||
| + | ====id1=B, id2=Aで実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | 2B | ||
| + | 3B | ||
| + | 3B | ||
| + | 3B | ||
| + | 3B | ||
| + | 4B | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | 177B | ||
| + | 193B | ||
| + | 194B | ||
| + | 215B | ||
| + | 255B | ||
| + | 2A | ||
| + | 3A | ||
| + | 3A | ||
| + | 3A | ||
| + | 3A | ||
| + | 4A | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | 177A | ||
| + | 193A | ||
| + | 194A | ||
| + | 215A | ||
| + | 255A | ||
| + | |||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -d=== | ||
| + | ====d=0.5で実行==== | ||
| + | <pre> | ||
| + | 5A | ||
| + | 47A | ||
| + | 47A | ||
| + | 52A | ||
| + | 109A | ||
| + | 109A | ||
| + | 157A | ||
| + | 161A | ||
| + | 162A | ||
| + | 162A | ||
| + | 177A | ||
| + | 255A | ||
| + | 5B | ||
| + | 47B | ||
| + | 47B | ||
| + | 52B | ||
| + | 109B | ||
| + | 109B | ||
| + | 157B | ||
| + | 161B | ||
| + | 162B | ||
| + | 162B | ||
| + | 177B | ||
| + | 255B | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
2014年2月14日 (金) 00:22時点における版
pdbMolecularInterfaceFindとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル | NULL |
| -id1 | 選択 | Chain ID1 | A |
| -id2 | 選択 | Chain ID2 | B |
| -d | 選択 | 距離の閾値 | 1 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
入力ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
3.281389e+00 2.225817e+01 -4.999687e-04 3.798185e+01 |
オプション必須項目のみの場合
2A 3A 3A 3A 3A 4A -中略- 177A 193A 194A 215A 255A 2B 3B 3B 3B 3B 4B -中略- 177B 193B 194B 215B 255B
オプション -id1, -id2
id1=B, id2=Aで実行
2B 3B 3B 3B 3B 4B -中略- 177B 193B 194B 215B 255B 2A 3A 3A 3A 3A 4A -中略- 177A 193A 194A 215A 255A
オプション -d
d=0.5で実行
5A 47A 47A 52A 109A 109A 157A 161A 162A 162A 177A 255A 5B 47B 47B 52B 109B 109B 157B 161B 162B 162B 177B 255B
