「llExtractCtrlFileCreate」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル: [テキスト]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行152: 行152:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行168: 行169:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[:Media:1ATOMFil.fft|入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT.png]]<br>
 +
[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
Length<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(      512,      1146,          1)<br>
 +
mrcComplexFloatFT <br>
 +
(    2.000,      2.000,      0.000)<br>
 +
4.08519e-10 (257, 572, 0)<br>
 +
0.109661 (0, 0, 0)<br>
 +
0.00909953<br>
 +
0.00776913<br>
 +
1.01425e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
nlMax: 43 nnMax: 159
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
1055
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    13      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
  -13      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    26      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
  -26      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
 +
-中略-
 +
 +
  156      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
  -156      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    2      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -11      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -24      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
    28      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -37      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
    41      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -50      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
 +
-中略-
 +
 +
    97    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -98    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  110    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -111    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  123    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -124    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  136    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -137    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  149    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
  -150    42    252 0 255 0 255 1.0
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-t, -u===
 +
====t=-13, u=28で実行====
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
490
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -28      0    -6 0 255 0 255 1.0
 +
    56      0    12 0 255 0 255 1.0
 +
  -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
 +
    84      0    18 0 255 0 255 1.0
 +
  -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
 +
  112      0    24 0 255 0 255 1.0
 +
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
 +
  140      0    30 0 255 0 255 1.0
 +
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
 +
  -13      1      0 0 255 0 255 0.5
 +
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
 +
  -41      1    -6 0 255 0 255 1.0
 +
    43      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
 +
-中略-
 +
 +
    42    42    126 0 255 0 255 1.0
 +
  -42    42    108 0 255 0 255 1.0
 +
    70    42    132 0 255 0 255 1.0
 +
  -70    42    102 0 255 0 255 1.0
 +
    98    42    138 0 255 0 255 1.0
 +
  -98    42    96 0 255 0 255 1.0
 +
  126    42    144 0 255 0 255 1.0
 +
  -126    42    90 0 255 0 255 1.0
 +
  154    42    150 0 255 0 255 1.0
 +
  -154    42    84 0 255 0 255 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-N===
 +
====N=2で実行====
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
1055
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    13      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
  -13      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    26      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
  -26      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
 +
-中略-
 +
 +
  156      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
  -156      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    4      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
    -9      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
    17      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
  -22      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
    30      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
  -35      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
    43      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
  -48      1    12 0 255 0 255 1.0
 +
 +
-中略-
 +
 +
  103    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
  -105    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
  116    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
  -118    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
  129    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
  -131    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
  142    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
  -144    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
  155    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
  -157    42    504 0 255 0 255 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-===
 +
====で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
 +
 +
-中略-
 +
 +
 +
 +
-中略-
 +
 +
 +
</pre>
 +
<br>

2014年2月27日 (木) 03:00時点における版

llExtractCtrlFileCreateとはmrcImage(FFT)をLLに変換する際に必要なコンフィグファイルを作成するEosのコマンドである。出力ファイルはllExtract(-c)にて使用することが出来る。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-o 必須 出力ファイル: ASCII stdout
-t 選択 Turn -6
-u 選択 Unit 13
-N 選択 N-strand 1
-Y1 選択 Y1 [pixel]: The Position of LayerLine which l = |t|
i.e., |n|=1&&m=0 for the first time		 36
-Y0 選択 Y0 [pixel]: The Position of LayerLine which n = 0 ,
l != 0 for the first time		 78
-rmax 選択 rmax[A] 250
-Rmax 選択 Rmax[/A] 0.1
-lx 選択 ピクセルサイズ x 5.0
-ly 選択 ピクセルサイズ y 5.0
-nx 選択 Image Size x [Pixel] 1000.0
-ny 選択 Image Size y [Pixel] 1000.0
-center 選択 nxの中心(フィラメントの中心)[Pixel] 500.0
-layerline 選択 Number of Layer Line 21.0
-Ax 選択 nxの長さ(lx * nx): [A] 5000.0
-dY 選択 Range of Layer Line[pixel] 12.0
-truePitch 選択 True Pitch 430
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ: [A] 5
-deltadY 選択 A range of deltadY to determine dY.[pixel] 0.5
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0 ミオシン: t=1, u=9
1 それ以外


実行例

入力ファイルの画像

1ATOMFil-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.000, 2.000, 0.000)
4.08519e-10 (257, 572, 0)
0.109661 (0, 0, 0)
0.00909953
0.00776913

1.01425e-05


オプション必須項目のみの場合

出力結果
nlMax: 43 nnMax: 159


出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
1055
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    13      0      0 0 255 0 255 0.5
   -13      0      0 0 255 0 255 0.5
    26      0      0 0 255 0 255 0.5
   -26      0      0 0 255 0 255 0.5

-中略-

   156      0      0 0 255 0 255 0.5
  -156      0      0 0 255 0 255 0.5
     2      1      6 0 255 0 255 1.0
   -11      1      6 0 255 0 255 1.0
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
   -24      1      6 0 255 0 255 1.0
    28      1      6 0 255 0 255 1.0
   -37      1      6 0 255 0 255 1.0
    41      1      6 0 255 0 255 1.0
   -50      1      6 0 255 0 255 1.0

-中略-

    97     42    252 0 255 0 255 1.0
   -98     42    252 0 255 0 255 1.0
   110     42    252 0 255 0 255 1.0
  -111     42    252 0 255 0 255 1.0
   123     42    252 0 255 0 255 1.0
  -124     42    252 0 255 0 255 1.0
   136     42    252 0 255 0 255 1.0
  -137     42    252 0 255 0 255 1.0
   149     42    252 0 255 0 255 1.0
  -150     42    252 0 255 0 255 1.0


オプション　-t, -u

t=-13, u=28で実行

出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
490
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
   -28      0     -6 0 255 0 255 1.0
    56      0     12 0 255 0 255 1.0
   -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
    84      0     18 0 255 0 255 1.0
   -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
   112      0     24 0 255 0 255 1.0
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
   140      0     30 0 255 0 255 1.0
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
   -13      1      0 0 255 0 255 0.5
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
   -41      1     -6 0 255 0 255 1.0
    43      1     12 0 255 0 255 1.0

-中略-

    42     42    126 0 255 0 255 1.0
   -42     42    108 0 255 0 255 1.0
    70     42    132 0 255 0 255 1.0
   -70     42    102 0 255 0 255 1.0
    98     42    138 0 255 0 255 1.0
   -98     42     96 0 255 0 255 1.0
   126     42    144 0 255 0 255 1.0
  -126     42     90 0 255 0 255 1.0
   154     42    150 0 255 0 255 1.0
  -154     42     84 0 255 0 255 1.0


オプション　-N

N=2で実行

出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
1055
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    13      0      0 0 255 0 255 0.5
   -13      0      0 0 255 0 255 0.5
    26      0      0 0 255 0 255 0.5
   -26      0      0 0 255 0 255 0.5

-中略-

   156      0      0 0 255 0 255 0.5
  -156      0      0 0 255 0 255 0.5
     4      1     12 0 255 0 255 1.0
    -9      1     12 0 255 0 255 1.0
    17      1     12 0 255 0 255 1.0
   -22      1     12 0 255 0 255 1.0
    30      1     12 0 255 0 255 1.0
   -35      1     12 0 255 0 255 1.0
    43      1     12 0 255 0 255 1.0
   -48      1     12 0 255 0 255 1.0

-中略-

   103     42    504 0 255 0 255 1.0
  -105     42    504 0 255 0 255 1.0
   116     42    504 0 255 0 255 1.0
  -118     42    504 0 255 0 255 1.0
   129     42    504 0 255 0 255 1.0
  -131     42    504 0 255 0 255 1.0
   142     42    504 0 255 0 255 1.0
  -144     42    504 0 255 0 255 1.0
   155     42    504 0 255 0 255 1.0
  -157     42    504 0 255 0 255 1.0


オプション　-

で実行

出力結果


出力ファイル


-中略-



-中略-



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