「llExtractCtrlFileCreate」の版間の差分

2014年2月27日 (木) 04:17時点における版 (ソースを閲覧) Kinoshita (トーク | 投稿記録) ←古い編集		2014年2月27日 (木) 04:18時点における版 (ソースを閲覧) Kinoshita (トーク | 投稿記録) 新しい編集→
行143:		行143:
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
	<td>モードを設定</td>		<td>モードを設定</td>
−	<td>0</td>	+	<td>1</td>
	</tr>		</tr>
	<tr>		<tr>

---

2014年2月27日 (木) 04:18時点における版

llExtractCtrlFileCreateとはmrcImage(FFT)をLLに変換する際に必要なコンフィグファイルを作成するEosのコマンドである。出力ファイルはllExtract(-c)にて使用することが出来る。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage(FFT)	NULL
-o	必須	出力ファイル: ASCII	stdout
-t	選択	Turn	-6
-u	選択	Unit	13
-N	選択	N-strand	1
-Y1	選択	Y1 [pixel]: The Position of LayerLine which l = |t| i.e., |n|=1&&m=0 for the first time	36
-Y0	選択	Y0 [pixel]: The Position of LayerLine which n = 0 , l != 0 for the first time	78
-rmax	選択	rmax[A]	250
-Rmax	選択	Rmax[/A]	0.1
-lx	選択	ピクセルサイズ x	5.0
-ly	選択	ピクセルサイズ y	5.0
-nx	選択	Image Size x [Pixel]	1000.0
-ny	選択	Image Size y [Pixel]	1000.0
-center	選択	nxの中心(フィラメントの中心)[Pixel]	500.0
-layerline	選択	Number of Layer Line	21.0
-Ax	選択	nxの長さ(lx * nx): [A]	5000.0
-dY	選択	Range of Layer Line[pixel]	12.0
-truePitch	選択	True Pitch	430
-PixelSize	選択	ピクセルサイズ: [A]	5
-deltadY	選択	A range of deltadY to determine dY.[pixel]	0.5
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	1
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	ミオシン: t=1, u=9
1	それ以外

実行例

入力ファイルの画像

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

サイズ モード Length 最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

( 512, 1146, 1) mrcComplexFloatFT ( 2.000, 2.000, 0.000) 4.08519e-10 (257, 572, 0) 0.109661 (0, 0, 0) 0.00909953 0.00776913 1.01425e-05

オプション必須項目のみの場合

nlMax: 43 nnMax: 159

llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
1055
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    13      0      0 0 255 0 255 0.5
   -13      0      0 0 255 0 255 0.5
    26      0      0 0 255 0 255 0.5
   -26      0      0 0 255 0 255 0.5

-中略-

   156      0      0 0 255 0 255 0.5
  -156      0      0 0 255 0 255 0.5
     2      1      6 0 255 0 255 1.0
   -11      1      6 0 255 0 255 1.0
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
   -24      1      6 0 255 0 255 1.0
    28      1      6 0 255 0 255 1.0
   -37      1      6 0 255 0 255 1.0
    41      1      6 0 255 0 255 1.0
   -50      1      6 0 255 0 255 1.0

-中略-

    97     42    252 0 255 0 255 1.0
   -98     42    252 0 255 0 255 1.0
   110     42    252 0 255 0 255 1.0
  -111     42    252 0 255 0 255 1.0
   123     42    252 0 255 0 255 1.0
  -124     42    252 0 255 0 255 1.0
   136     42    252 0 255 0 255 1.0
  -137     42    252 0 255 0 255 1.0
   149     42    252 0 255 0 255 1.0
  -150     42    252 0 255 0 255 1.0

オプション　-t, -u

t=-13, u=28で実行

llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
490
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
   -28      0     -6 0 255 0 255 1.0
    56      0     12 0 255 0 255 1.0
   -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
    84      0     18 0 255 0 255 1.0
   -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
   112      0     24 0 255 0 255 1.0
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
   140      0     30 0 255 0 255 1.0
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
   -13      1      0 0 255 0 255 0.5
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
   -41      1     -6 0 255 0 255 1.0
    43      1     12 0 255 0 255 1.0
   -69      1    -12 0 255 0 255 1.0
    71      1     18 0 255 0 255 1.0
   -97      1    -18 0 255 0 255 1.0
    99      1     24 0 255 0 255 1.0
  -125      1    -24 0 255 0 255 1.0
   127      1     30 0 255 0 255 1.0
  -153      1    -30 0 255 0 255 1.0
   155      1     36 0 255 0 255 1.0
     2      2      6 0 255 0 255 1.0
   -26      2      0 0 255 0 255 0.5
    30      2     12 0 255 0 255 1.0
   -54      2     -6 0 255 0 255 1.0
    58      2     18 0 255 0 255 1.0

-中略-

    42     42    126 0 255 0 255 1.0
   -42     42    108 0 255 0 255 1.0
    70     42    132 0 255 0 255 1.0
   -70     42    102 0 255 0 255 1.0
    98     42    138 0 255 0 255 1.0
   -98     42     96 0 255 0 255 1.0
   126     42    144 0 255 0 255 1.0
  -126     42     90 0 255 0 255 1.0
   154     42    150 0 255 0 255 1.0
  -154     42     84 0 255 0 255 1.0

オプション　-N

N=2で実行

llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
488
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
   -28      0     -6 0 255 0 255 1.0
    56      0     12 0 255 0 255 1.0
   -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
    84      0     18 0 255 0 255 1.0
   -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
   112      0     24 0 255 0 255 1.0
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
   140      0     30 0 255 0 255 1.0
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
     2      1      6 0 255 0 255 1.0
   -26      1      0 0 255 0 255 0.5
    30      1     12 0 255 0 255 1.0
   -54      1     -6 0 255 0 255 1.0
    58      1     18 0 255 0 255 1.0

-中略-

    28     42    240 0 255 0 255 1.0
   -28     42    228 0 255 0 255 1.0
    56     42    246 0 255 0 255 1.0
   -56     42    222 0 255 0 255 1.0
    84     42    252 0 255 0 255 1.0
   -84     42    216 0 255 0 255 1.0
   112     42    258 0 255 0 255 1.0
  -112     42    210 0 255 0 255 1.0
   140     42    264 0 255 0 255 1.0
  -140     42    204 0 255 0 255 1.0

オプション　-

で実行

-中略-



-中略-