「llExtractCtrlFileCreate」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
行44: 行44:
 
<td>-Y1</td>  
 
<td>-Y1</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Y1 [pixel]: The Position of LayerLine which l = |t|<br>
+
<td>Y1 [pixel]: l = |t| となる層線の位置<br>
−
i.e., |n|=1&&m=0 for the first time</td>  
+
(初めて |n|=1&&m=0 となる位置)</td>  
 
<td>36</td>  
 
<td>36</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行51: 行51:
 
<td>-Y0</td>  
 
<td>-Y0</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Y0 [pixel]: The Position of LayerLine which n = 0 ,<br>
+
<td>Y0 [pixel]: n = 0 となる層線の位置<br>
−
l != 0 for the first time</td>  
+
(初めて l != 0 となる位置)</td>  
 
<td>78</td>  
 
<td>78</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行324: 行324:
 
<br>
 
<br>
  
−
<div>以降はt=-13, u=28で実行</div>
+
<div>以降、t=-13, u=28で実行</div>
 
===オプション　-N===
 
===オプション　-N===
 
====N=2で実行====
 
====N=2で実行====
行377: 行377:
 
<br>
 
<br>
  
 +
===オプション　-Y1, -Y0===
 +
====Y1=6, Y0=84で実行====
 +
<div>出力ファイル</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
490
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    28      0    924 0 255 0 255 1.0
 +
  -28      0  -924 0 255 0 255 1.0
 +
    56      0  1848 0 255 0 255 1.0
 +
  -56      0  -1848 0 255 0 255 1.0
 +
    84      0  2772 0 255 0 255 1.0
 +
  -84      0  -2772 0 255 0 255 1.0
 +
  112      0  3696 0 255 0 255 1.0
 +
  -112      0  -3696 0 255 0 255 1.0
 +
  140      0  4620 0 255 0 255 1.0
 +
  -140      0  -4620 0 255 0 255 1.0
 +
  -13      1  -426 0 255 0 255 1.0
 +
    15      1    498 0 255 0 255 1.0
 +
  -41      1  -1350 0 255 0 255 1.0
 +
    43      1  1422 0 255 0 255 1.0
 +
  -69      1  -2274 0 255 0 255 1.0
 +
    71      1  2346 0 255 0 255 1.0
 +
  -97      1  -3198 0 255 0 255 1.0
 +
    99      1  3270 0 255 0 255 1.0
 +
  -125      1  -4122 0 255 0 255 1.0
 +
  127      1  4194 0 255 0 255 1.0
 +
  -153      1  -5046 0 255 0 255 1.0
 +
  155      1  5118 0 255 0 255 1.0
 +
    2      2    72 0 255 0 255 1.0
 +
  -26      2  -852 0 255 0 255 1.0
 +
    30      2    996 0 255 0 255 1.0
 +
  -54      2  -1776 0 255 0 255 1.0
 +
    58      2  1920 0 255 0 255 1.0
 +
 +
-中略-
 +
 +
    42    42  1512 0 255 0 255 1.0
 +
  -42    42  -1260 0 255 0 255 1.0
 +
    70    42  2436 0 255 0 255 1.0
 +
  -70    42  -2184 0 255 0 255 1.0
 +
    98    42  3360 0 255 0 255 1.0
 +
  -98    42  -3108 0 255 0 255 1.0
 +
  126    42  4284 0 255 0 255 1.0
 +
  -126    42  -4032 0 255 0 255 1.0
 +
  154    42  5208 0 255 0 255 1.0
 +
  -154    42  -4956 0 255 0 255 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、Y1=6, Y0=84で実行</div>
 
===オプション　-===
 
===オプション　-===
 
====で実行====
 
====で実行====

2014年2月27日 (木) 04:42時点における版

llExtractCtrlFileCreateとはmrcImage(FFT)をLLに変換する際に必要なコンフィグファイルを作成するEosのコマンドである。出力ファイルはllExtract(-c)にて使用することが出来る。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-o 必須 出力ファイル: ASCII stdout
-t 選択 Turn -6
-u 選択 Unit 13
-N 選択 N-strand 1
-Y1 選択 Y1 [pixel]: l = |t| となる層線の位置
(初めて |n|=1&&m=0 となる位置)		 36
-Y0 選択 Y0 [pixel]: n = 0 となる層線の位置
(初めて l != 0 となる位置)		 78
-rmax 選択 rmax[A] 250
-Rmax 選択 Rmax[/A] 0.1
-lx 選択 ピクセルサイズ x 5.0
-ly 選択 ピクセルサイズ y 5.0
-nx 選択 Image Size x [Pixel] 1000.0
-ny 選択 Image Size y [Pixel] 1000.0
-center 選択 nxの中心(フィラメントの中心)[Pixel] 500.0
-layerline 選択 Number of Layer Line 21.0
-Ax 選択 nxの長さ(lx * nx): [A] 5000.0
-dY 選択 Range of Layer Line[pixel] 12.0
-truePitch 選択 True Pitch 430
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ: [A] 5
-deltadY 選択 A range of deltadY to determine dY.[pixel] 0.5
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 1
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0 ミオシン: t=1, u=9
1 それ以外


実行例

入力ファイルの画像

1ATOMFil-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.000, 2.000, 0.000)
4.08519e-10 (257, 572, 0)
0.109661 (0, 0, 0)
0.00909953
0.00776913

1.01425e-05


オプション必須項目のみの場合

出力結果
nlMax: 43 nnMax: 159


出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
1055
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    13      0      0 0 255 0 255 0.5
   -13      0      0 0 255 0 255 0.5
    26      0      0 0 255 0 255 0.5
   -26      0      0 0 255 0 255 0.5

-中略-

   156      0      0 0 255 0 255 0.5
  -156      0      0 0 255 0 255 0.5
     2      1      6 0 255 0 255 1.0
   -11      1      6 0 255 0 255 1.0
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
   -24      1      6 0 255 0 255 1.0
    28      1      6 0 255 0 255 1.0
   -37      1      6 0 255 0 255 1.0
    41      1      6 0 255 0 255 1.0
   -50      1      6 0 255 0 255 1.0

-中略-

    97     42    252 0 255 0 255 1.0
   -98     42    252 0 255 0 255 1.0
   110     42    252 0 255 0 255 1.0
  -111     42    252 0 255 0 255 1.0
   123     42    252 0 255 0 255 1.0
  -124     42    252 0 255 0 255 1.0
   136     42    252 0 255 0 255 1.0
  -137     42    252 0 255 0 255 1.0
   149     42    252 0 255 0 255 1.0
  -150     42    252 0 255 0 255 1.0


オプション　-t, -u

t=-13, u=28で実行

出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
490
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
   -28      0     -6 0 255 0 255 1.0
    56      0     12 0 255 0 255 1.0
   -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
    84      0     18 0 255 0 255 1.0
   -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
   112      0     24 0 255 0 255 1.0
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
   140      0     30 0 255 0 255 1.0
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
   -13      1      0 0 255 0 255 0.5
    15      1      6 0 255 0 255 1.0
   -41      1     -6 0 255 0 255 1.0
    43      1     12 0 255 0 255 1.0
   -69      1    -12 0 255 0 255 1.0
    71      1     18 0 255 0 255 1.0
   -97      1    -18 0 255 0 255 1.0
    99      1     24 0 255 0 255 1.0
  -125      1    -24 0 255 0 255 1.0
   127      1     30 0 255 0 255 1.0
  -153      1    -30 0 255 0 255 1.0
   155      1     36 0 255 0 255 1.0
     2      2      6 0 255 0 255 1.0
   -26      2      0 0 255 0 255 0.5
    30      2     12 0 255 0 255 1.0
   -54      2     -6 0 255 0 255 1.0
    58      2     18 0 255 0 255 1.0

-中略-

    42     42    126 0 255 0 255 1.0
   -42     42    108 0 255 0 255 1.0
    70     42    132 0 255 0 255 1.0
   -70     42    102 0 255 0 255 1.0
    98     42    138 0 255 0 255 1.0
   -98     42     96 0 255 0 255 1.0
   126     42    144 0 255 0 255 1.0
  -126     42     90 0 255 0 255 1.0
   154     42    150 0 255 0 255 1.0
  -154     42     84 0 255 0 255 1.0


以降、t=-13, u=28で実行

オプション　-N

N=2で実行

出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
488
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0      6 0 255 0 255 1.0
   -28      0     -6 0 255 0 255 1.0
    56      0     12 0 255 0 255 1.0
   -56      0    -12 0 255 0 255 1.0
    84      0     18 0 255 0 255 1.0
   -84      0    -18 0 255 0 255 1.0
   112      0     24 0 255 0 255 1.0
  -112      0    -24 0 255 0 255 1.0
   140      0     30 0 255 0 255 1.0
  -140      0    -30 0 255 0 255 1.0
     2      1      6 0 255 0 255 1.0
   -26      1      0 0 255 0 255 0.5
    30      1     12 0 255 0 255 1.0
   -54      1     -6 0 255 0 255 1.0
    58      1     18 0 255 0 255 1.0

-中略-

    28     42    240 0 255 0 255 1.0
   -28     42    228 0 255 0 255 1.0
    56     42    246 0 255 0 255 1.0
   -56     42    222 0 255 0 255 1.0
    84     42    252 0 255 0 255 1.0
   -84     42    216 0 255 0 255 1.0
   112     42    258 0 255 0 255 1.0
  -112     42    210 0 255 0 255 1.0
   140     42    264 0 255 0 255 1.0
  -140     42    204 0 255 0 255 1.0


オプション　-Y1, -Y0

Y1=6, Y0=84で実行

出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
490
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
    28      0    924 0 255 0 255 1.0
   -28      0   -924 0 255 0 255 1.0
    56      0   1848 0 255 0 255 1.0
   -56      0  -1848 0 255 0 255 1.0
    84      0   2772 0 255 0 255 1.0
   -84      0  -2772 0 255 0 255 1.0
   112      0   3696 0 255 0 255 1.0
  -112      0  -3696 0 255 0 255 1.0
   140      0   4620 0 255 0 255 1.0
  -140      0  -4620 0 255 0 255 1.0
   -13      1   -426 0 255 0 255 1.0
    15      1    498 0 255 0 255 1.0
   -41      1  -1350 0 255 0 255 1.0
    43      1   1422 0 255 0 255 1.0
   -69      1  -2274 0 255 0 255 1.0
    71      1   2346 0 255 0 255 1.0
   -97      1  -3198 0 255 0 255 1.0
    99      1   3270 0 255 0 255 1.0
  -125      1  -4122 0 255 0 255 1.0
   127      1   4194 0 255 0 255 1.0
  -153      1  -5046 0 255 0 255 1.0
   155      1   5118 0 255 0 255 1.0
     2      2     72 0 255 0 255 1.0
   -26      2   -852 0 255 0 255 1.0
    30      2    996 0 255 0 255 1.0
   -54      2  -1776 0 255 0 255 1.0
    58      2   1920 0 255 0 255 1.0

-中略-

    42     42   1512 0 255 0 255 1.0
   -42     42  -1260 0 255 0 255 1.0
    70     42   2436 0 255 0 255 1.0
   -70     42  -2184 0 255 0 255 1.0
    98     42   3360 0 255 0 255 1.0
   -98     42  -3108 0 255 0 255 1.0
   126     42   4284 0 255 0 255 1.0
  -126     42  -4032 0 255 0 255 1.0
   154     42   5208 0 255 0 255 1.0
  -154     42  -4956 0 255 0 255 1.0


以降、Y1=6, Y0=84で実行

オプション　-

で実行

出力結果


出力ファイル


-中略-



-中略-



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