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'''mrcImage2pdb'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''mrcImage2pdb'''とは[[mrcImage]]ファイルから[[PDB]]ファイルに変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力する[[PDB]]ファイルは全てアルファ炭素で構成される。
  
  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル: pdb</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-lo</td>  
 
<td>-lo</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Value of low threshold. Default is the MIN.</td>  
+
<td>Value of low threshold. Default is the MIN.(m=0, 1で使用)</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-L</td>  
 
<td>-L</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>原子が格子点上にある</td>  
+
<td>原子が格子点上にある(m=2 - 4で使用)</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行57: 行57:
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>Delta to select atoms to avoid too much concentration.<br>
 
<td>Delta to select atoms to avoid too much concentration.<br>
−
(範囲: 0 - 0.5) (モード2 - 4で使用)</td>  
+
(範囲: 0 - 0.5) (m=2 - 4で使用)</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行111: 行111:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
+
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===入力ファイルの画像===
+
===[[Media:Input-ThickFilaments1.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-mrcImage2pdb.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Input-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行125: 行130:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
−
2 (35, 35, 5)<br>  
+
4.07334 (34, 9, 75)<br>  
−
0.384947<br>  
+
0.00164516<br>  
−
0.605556<br>  
+
0.0572113<br>  
−
0.00086508<br></p>  
+
8.29149e-05<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===オプション　-hi===
 
===オプション　-hi===
−
====hi=1.0で実行====  
+
====hi=1e-3で実行====  
−
<pre>
+
<table>  
−
Gravity Centre(CA)      :    1.749823e+02    1.737775e+02    1.243445e+02
+
<tr>
−
Atom far from Centre(CA) :   1.815248e+02
+
<td>[[画像:Outdata-hi-mrcImage2pdb.png]]</td>  
−
Atom far from Centre(CA, Axis) :    117.52    158.72    101.84
+
<td><p align="left">重心<br>
−
</pre>
+
最大半径<br>  
−
 
+
最大半径(座標)<br> </p>
−
===オプション　-lo===
+
</td>
−
====lo=0.5, hi=1.0で実行====  
+
<td><p align="left">2.708889e+02    2.744812e+02    3.518376e+02<br>
−
<pre>
+
3.279044e+02 <br>
−
Gravity Centre(CA)       :    1.749823e+02    1.737775e+02    1.243445e+02
+
205.11     206.48     252.16<br></p>
−
Atom far from Centre(CA) :    1.815248e+02  
+
</td>
−
Atom far from Centre(CA, Axis) :    117.52     158.72     101.84
+
</table>
−
</pre>
+
<br>
  
 
===オプション　-Skip===
 
===オプション　-Skip===
−
====Skip=2, hi=1.0で実行====  
+
====Skip=10, hi=1e-3で実行====  
−
<pre>
+
<table>  
−
Gravity Centre(CA)       :    1.749981e+02    1.742436e+02    1.716905e+02
+
<tr>
−
Atom far from Centre(CA) :    2.047065e+02  
+
<td>[[画像:Outdata-Skip-mrcImage2pdb.png]]</td>
−
Atom far from Centre(CA, Axis) :    122.50     163.26     149.19
+
<td><p align="left">重心<br>
−
</pre>
+
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.617321e+02    2.673613e+02    3.468850e+02<br>
 +
3.360901e+02 <br>
 +
214.27     208.64     253.12<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション　-R===
 
===オプション　-R===
−
====R=1, hi=1.0で実行====  
+
====R=10, hi=1e-3で実行====  
−
<pre>
+
<table>  
−
Gravity Centre(CA)       :    1.749804e+02    1.737764e+02    1.243504e+02
+
<tr>
−
Atom far from Centre(CA) :    1.823116e+02  
+
<td>[[画像:Outdata-R-mrcImage2pdb.png]]</td>
−
Atom far from Centre(CA, Axis) :    118.76     159.96     103.08
+
<td><p align="left">重心<br>
−
</pre>
+
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.707916e+02    2.743434e+02    3.520507e+02<br>
 +
3.468584e+02 <br>
 +
225.08     226.31     271.93<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション　-m===
 
===オプション　-m===
 
====m=0で実行====  
 
====m=0で実行====  
−
<pre>
+
<table>  
−
Gravity Centre(CA)       :    1.749908e+02    1.745666e+02    2.098081e+02
+
<tr>
−
Atom far from Centre(CA) :    1.852709e+02  
+
<td>[[画像:Outdata-m0-mrcImage2pdb.png]]</td>
−
Atom far from Centre(CA, Axis) :    115.01     150.43     174.81
+
<td><p align="left">重心<br>
−
</pre>
+
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.703961e+02    2.755795e+02    3.510611e+02<br>
 +
3.218664e+02 <br>
 +
201.60     203.58     248.94<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
====m=1で実行====  
 
====m=1で実行====  
−
<pre>
+
<table>  
−
Gravity Centre(CA)       :    1.749392e+02    1.724724e+02    8.514080e+01
+
<tr>
−
Atom far from Centre(CA) :    1.232507e+02  
+
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImage2pdb.png]]</td>
−
Atom far from Centre(CA, Axis) :      86.31     118.78      51.39
+
<td><p align="left">重心<br>
−
</pre>
+
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.703961e+02    2.755795e+02    3.510611e+02<br>
 +
3.251428e+02<br>
 +
203.60     205.58    250.94<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
  
−
====m=2, hi=1.0で実行====  
+
====m=2, hi=1e-3で実行====  
−
<pre>
+
=====その他のオプション設定なし=====
−
Gravity Centre(CA)       :    1.750000e+02    1.750000e+02    2.500000e+02
+
<table>  
−
Atom far from Centre(CA) :    2.275000e+02  
+
<tr>
−
Atom far from Centre(CA, Axis) :    122.50     162.50     227.50
+
<td>[[画像:Outdata-m2-mrcImage2pdb.png]]</td>
−
</pre>
+
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.705893e+02    2.743574e+02    3.518459e+02<br>
 +
3.277470e+02<br>
 +
209.41     210.36     256.15<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
  
−
====m=3, hi=1.0で実行====  
+
=====-Lで実行=====
−
<pre>
+
<table>  
−
Gravity Centre(CA)       :    1.749981e+02    1.742436e+02    1.717032e+02
+
<tr>
−
Atom far from Centre(CA) :    2.046984e+02  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2L-mrcImage2pdb.png]]<br>
−
Atom far from Centre(CA, Axis) :    122.50     163.26     149.20
+
水色: -Lあり 茶色: -Lなし<br></p>
−
</pre>
+
</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.706073e+02    2.744103e+02    3.517186e+02<br>
 +
3.247068e+02<br>
 +
205.39     206.41     252.28<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
  
−
====m=4, hi=1.0で実行====  
+
=====d=1e-3で実行=====
−
<pre>
+
<table>
−
Gravity Centre(CA)       :    1.749823e+02    1.737776e+02    1.243959e+02
+
<tr>
−
Atom far from Centre(CA) :   1.815000e+02  
+
<td>[[画像:Outdata-m2d-mrcImage2pdb.png]]</td>
−
Atom far from Centre(CA, Axis) :    117.52     158.72     101.90
+
<td><p align="left">重心<br>
−
</pre>
+
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.704110e+02    2.745547e+02    3.517133e+02<br>
 +
3.278861e+02<br>
 +
209.59    210.55    256.28<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
====m=3, hi=1e-3で実行====  
 +
<table>  
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m3-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.706223e+02    2.741782e+02    3.517764e+02<br>
 +
3.322329e+02 <br>
 +
209.37    210.18    256.22<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
====m=4, hi=1e-3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m4-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.707323e+02   2.740721e+02   3.517465e+02<br>
 +
3.347665e+02 <br>
 +
209.26     210.07     256.25<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>

2014年3月3日 (月) 08:37時点における版

mrcImage2pdbとはmrcImageファイルからPDBファイルに変換するEosのコマンドである。出力するPDBファイルは全てアルファ炭素で構成される。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-hi 選択 Value of high threshold. Default is the MAX. 0
-lo 選択 Value of low threshold. Default is the MIN.(m=0, 1で使用) 0
-L 選択 原子が格子点上にある(m=2 - 4で使用)
-Skip 選択 Skip atoms. 1
-R 選択 Random 0
-d 選択 Delta to select atoms to avoid too much concentration.
(範囲: 0 - 0.5) (m=2 - 4で使用)		 0.1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 5
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 1ボクセルに1原子
1 1ボクセルに8原子
2 On the surface of high threshold. Atoms few.
3 On the surface of high threshold. Atoms medium.
4 On the surface of high threshold. Atoms many
5 (Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode.


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Input1-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00164516
0.0572113

8.29149e-05


オプション　-hi

hi=1e-3で実行

Outdata-hi-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.708889e+02 2.744812e+02 3.518376e+02

3.279044e+02

205.11 206.48 252.16


オプション　-Skip

Skip=10, hi=1e-3で実行

Outdata-Skip-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.617321e+02 2.673613e+02 3.468850e+02

3.360901e+02

214.27 208.64 253.12


オプション　-R

R=10, hi=1e-3で実行

Outdata-R-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.707916e+02 2.743434e+02 3.520507e+02

3.468584e+02

225.08 226.31 271.93


オプション　-m

m=0で実行

Outdata-m0-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02

3.218664e+02

201.60 203.58 248.94


m=1で実行

Outdata-m1-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02

3.251428e+02

203.60 205.58 250.94


m=2, hi=1e-3で実行

その他のオプション設定なし
Outdata-m2-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.705893e+02 2.743574e+02 3.518459e+02

3.277470e+02

209.41 210.36 256.15


-Lで実行

Outdata-m2L-mrcImage2pdb.png
水色: -Lあり 茶色: -Lなし

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.706073e+02 2.744103e+02 3.517186e+02

3.247068e+02

205.39 206.41 252.28


d=1e-3で実行
Outdata-m2d-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.704110e+02 2.745547e+02 3.517133e+02

3.278861e+02

209.59 210.55 256.28


m=3, hi=1e-3で実行

Outdata-m3-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.706223e+02 2.741782e+02 3.517764e+02

3.322329e+02

209.37 210.18 256.22


m=4, hi=1e-3で実行

Outdata-m4-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.707323e+02 2.740721e+02 3.517465e+02

3.347665e+02

209.26 210.07 256.25



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