「mrcImagepdbFileReduce」の版間の差分
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| 行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル</td> | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行20: | 行20: | ||
<td>-p</td> | <td>-p</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル: PDB</td> | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行26: | 行26: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>出力ファイル</td> | + | <td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行72: | 行72: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
| 行84: | 行85: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===入力ファイルの画像=== | ||
| + | <div>[[Media:Input-1B7T.mrc | -iのファイル]]の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Input-1B7T.png]]<br> | ||
| + | xy平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Input1-1B7T.png]]<br> | ||
| + | yz平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 21001.7 (30, 26, 27)<br> | ||
| + | 213.171<br> | ||
| + | 1416<br> | ||
| + | 2.67599<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |-pのファイル]]の詳細</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-1VOM-PDB.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01<br> | ||
| + | 5.314867e+01 <br> | ||
| + | 40.92 41.49 48.47<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| + | ====t=10000で実行==== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | ||
| + | xy平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | ||
| + | yz平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 21001.7 (30, 26, 27)<br> | ||
| + | 102.239<br> | ||
| + | 1187.54<br> | ||
| + | 2.24424<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>以降、t=10000</div> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -r=== | ||
| + | ====r=70で実行==== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-r-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | ||
| + | xy平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | ||
| + | yz平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 20982.9 (33, 29, 34)<br> | ||
| + | 72.6667<br> | ||
| + | 1003.8<br> | ||
| + | 1.897<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -v=== | ||
| + | ====v=10000で実行==== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-v-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | ||
| + | xy平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-v-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | ||
| + | yz平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">10000 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 21001.7 (30, 26, 27)<br> | ||
| + | 10026.6<br> | ||
| + | 362.839<br> | ||
| + | 0.685702<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
2014年3月17日 (月) 03:03時点における版
mrcImagepdbFileReduceとはPDBから期待される密度を減算するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -p | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -t | 必須 | 閾値 | 0 |
| -r | 選択 | 原子半径 | 1 |
| -v | 選択 | PDBファイルのピクセル値 | 0 |
| -IT | 選択 | Threshold for interface recognition | 0 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
入力ファイルの画像
-iのファイルの画像
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) |
-pのファイルの詳細
 |
重心 最大半径 |
6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01 5.314867e+01 |
オプション必須項目のみの場合
t=10000で実行
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) |
以降、t=10000
オプション -r
r=70で実行
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 20982.9 (33, 29, 34) |
オプション -v
v=10000で実行
|
|
最小 最大 |
10000 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) |
