「mrcImagepdbFileReduce」の版間の差分
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| 行160: | 行160: | ||
===オプション -r=== | ===オプション -r=== | ||
====r=70で実行==== | ====r=70で実行==== | ||
| + | =====その他のオプション設定なし===== | ||
| + | <div>出力結果</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | 3A | ||
| + | 4A | ||
| + | 5A | ||
| + | 6A | ||
| + | 7A | ||
| + | 8A | ||
| + | 9A | ||
| + | 10A | ||
| + | 11A | ||
| + | 12A | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | 1691A | ||
| + | 1693A | ||
| + | 1695A | ||
| + | 1696A | ||
| + | 1697A | ||
| + | 1698A | ||
| + | 1699A | ||
| + | 1700A | ||
| + | 1703A | ||
| + | 1704A | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-o の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行166: | 行196: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-r-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | ||
| + | yz平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 20982.9 (33, 29, 34)<br> | ||
| + | 72.6667<br> | ||
| + | 1003.8<br> | ||
| + | 1.897<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | =====ITh=20000で実行===== | ||
| + | <div>出力結果</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | 6A | ||
| + | 7A | ||
| + | 8A | ||
| + | 9A | ||
| + | 10A | ||
| + | 14A | ||
| + | 20A | ||
| + | 22A | ||
| + | 23A | ||
| + | 24A | ||
| + | 1231A | ||
| + | 1242A | ||
| + | 1344A | ||
| + | 1360A | ||
| + | 1361A | ||
| + | 1540A | ||
| + | 1553A | ||
| + | 1616A | ||
| + | 1663A | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-o の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-ITh-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | ||
| + | xy平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-ITh-mrcImagepdbFileReduce.png]]<br> | ||
yz平面<br></p> | yz平面<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
2014年3月17日 (月) 04:14時点における版
mrcImagepdbFileReduceとはPDBから期待される密度を減算するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -p | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -t | 必須 | 閾値 | 0 |
| -r | 選択 | 原子半径 | 1 |
| -v | 選択 | PDBファイルのピクセル値 | 0 |
| -IT | 選択 | Threshold for interface recognition | 0 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
入力ファイルの画像
-iのファイルの画像
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) |
-pのファイルの詳細
 |
重心 最大半径 |
6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01 5.314867e+01 |
オプション必須項目のみの場合
t=10000で実行
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) |
以降、t=10000
オプション -r
r=70で実行
その他のオプション設定なし
出力結果
3A 4A 5A 6A 7A 8A 9A 10A 11A 12A -中略- 1691A 1693A 1695A 1696A 1697A 1698A 1699A 1700A 1703A 1704A
-o の画像
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 20982.9 (33, 29, 34) |
ITh=20000で実行
出力結果
6A 7A 8A 9A 10A 14A 20A 22A 23A 24A 1231A 1242A 1344A 1360A 1361A 1540A 1553A 1616A 1663A
-o の画像
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 20982.9 (33, 29, 34) |
オプション -v
v=10000で実行
|
|
最小 最大 |
10000 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) |
