「mrcSinogramFETcalcSDforNormalize」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の3版が非表示)
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<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>SDfile writeout from liblary file<br>
+
<td>SDlibraryFileから読み出して-o, -owへ出力する(必須オプション: -l)</td>  
−
Library(option -l) is Essential<br>
+
−
weightfile writeout from liblary file when mode 0</td>  
+
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>to overwrite data library<br>
+
<td>SDlibraryFileを上書きする(必須オプション: -s, -i, -l)</td>  
−
Essential options are: -sm, -i, -l<br>
+
−
if you want to make new data library,<br>
+
−
you have to make 2Dmrc-format pre-library file using tool "array2mrc"<br>
+
−
Array:  x=(number of feature + 1), y=6, z=0, data: all 0.0</td>  
+
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>SDlibraryFileは[[array2mrc]]にて作成できる(サイズ: x=(特徴量の数 + 1), y=6(-ow を使用する場合はy=8), z=0, データ: 全て0.0)</div>
 
<br>
 
<br>
  
行108: 行103:
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 
===入力ファイルのデータ===
 
===入力ファイルのデータ===
−
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Nor.mrc|-iファイル]]のデータ</div>
+
<div>-i で使用するファイル</div>
−
<div>[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
+
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot-2D-FET.radon|ファイル0]]</div>
−
<pre>
+
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-2D-FET.radon|ファイル1]]</div>
−
              0          65535              0
+
<div>[[:Media:Input-1VOM-2D-Sm1-FET.radon|ファイル2]]: ファイル1を平滑化したデータ</div>
−
              0              0              0
+
<div>[[:Media:Input-1VOM-2D-Sm3-FET.radon|ファイル3]]: ファイル1を平滑化したデータ</div>
−
              1              0              1
+
−
</pre>
+
 
<br>
 
<br>
  
−
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-SD.mrc|-lファイル]]のデータ</div>
+
<div>-l で使用するファイル</div>
−
<div>[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
+
<div>[[:Media:Input-0data.mrc|ファイル4]]: [[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
        28299.7         7382.14         20943.9
+
              0              0              0              0
−
         20706.4         10440.1        15260.5
+
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
</pre>
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-2D-SDlib.mrc|ファイル5]]: [[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
              1    6.10919e-05      0.0512343      0.0529243
 +
              1      0.0402937    -0.000261387         2.38748
 +
              1    5.77048e-05      0.0515095        0.053126
 +
              1      0.0401005    -0.000252081         2.39499
 +
              1    2.88663e+08    2.28348e+08    2.43567e+08
 +
              1         37006.6         23393.5        24685.6
 +
              1     4.11992e-05      0.0337029      0.0439789
 +
              1      0.0440661    -0.00141426         2.35982
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>-l: ファイル5を使用して実行</div>
 
<div>-o のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 
<div>-o のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
        7382.14        20943.9
+
    2.06095e+08    1.49409e+08      2.0163e+08
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>
行134: 行145:
 
<div>-ow のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 
<div>-ow のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
               0        9.09091
+
               0     2.24369e-10    2.17289e-10
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
===オプション　-m===
 +
====m=1で実行====
 +
<div>-l: ファイル4を使用して実行</div>
 +
=====s=0で実行=====
 +
<div>-i: ファイル0を使用して実行</div>
 +
<div>-l のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              1    4.11992e-05      0.0337029      0.0439789
 +
              1      0.0440661    -0.00141426        2.35982
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
=====s=1で実行=====
 +
<div>-i: ファイル1を使用して実行</div>
 +
<div>-l のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              1    2.88663e+08    2.28348e+08    2.43567e+08
 +
              1        37006.6        23393.5        24685.6
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
=====s=2で実行=====
 +
<div>-i: ファイル2を使用して実行</div>
 +
<div>-l のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              1    5.77048e-05      0.0515095        0.053126
 +
              1      0.0401005    -0.000252081        2.39499
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 
 +
=====s=3で実行=====
 +
<div>-i: ファイル3を使用して実行</div>
 +
<div>-l のデータを[[mrcImageMakeDump]](m=8)で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
              1    6.10919e-05      0.0512343      0.0529243
 +
              1      0.0402937    -0.000261387         2.38748
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 +
              0              0              0              0
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>

2014年3月26日 (水) 03:18時点における最新版

mrcSinogramFETcalcSDforNormalizeとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル: mrcImage(FET) NULL
-s 選択 selectFETfile 1
-l 必須 SDlibraryFile: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage(SD) NULL
-ow 選択 出力ファイル: mrcImage(Weight)
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0 SDlibraryFileから読み出して-o, -owへ出力する(必須オプション: -l)
1 SDlibraryFileを上書きする(必須オプション: -s, -i, -l)
SDlibraryFileはarray2mrcにて作成できる(サイズ: x=(特徴量の数 + 1), y=6(-ow を使用する場合はy=8), z=0, データ: 全て0.0)


-s の詳細

モード 説明
0 noise-free refarence FETdata
1 no-smoothing FET data
それ以外 smoothed FET data


実行例

入力ファイルのデータ

-i で使用するファイル
ファイル2: ファイル1を平滑化したデータ
ファイル3: ファイル1を平滑化したデータ


-l で使用するファイル
ファイル4: mrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0
ファイル5: mrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
              1     6.10919e-05       0.0512343       0.0529243 
              1       0.0402937    -0.000261387         2.38748 
              1     5.77048e-05       0.0515095        0.053126 
              1       0.0401005    -0.000252081         2.39499 
              1     2.88663e+08     2.28348e+08     2.43567e+08 
              1         37006.6         23393.5         24685.6 
              1     4.11992e-05       0.0337029       0.0439789 
              1       0.0440661     -0.00141426         2.35982


オプション必須項目のみの場合

-l: ファイル5を使用して実行
-o のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
    2.06095e+08     1.49409e+08      2.0163e+08


-ow のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
              0     2.24369e-10     2.17289e-10


オプション　-m

m=1で実行

-l: ファイル4を使用して実行
s=0で実行
-i: ファイル0を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              1     4.11992e-05       0.0337029       0.0439789 
              1       0.0440661     -0.00141426         2.35982


s=1で実行
-i: ファイル1を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              1     2.88663e+08     2.28348e+08     2.43567e+08 
              1         37006.6         23393.5         24685.6 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0


s=2で実行
-i: ファイル2を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              1     5.77048e-05       0.0515095        0.053126 
              1       0.0401005    -0.000252081         2.39499 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0


s=3で実行
-i: ファイル3を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
              1     6.10919e-05       0.0512343       0.0529243 
              1       0.0402937    -0.000261387         2.38748 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0 
              0               0               0               0



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