「mrc2Dto3D」の版間の差分

2010年11月9日 (火) 08:09時点における版

mrc2Dto3Dは電子顕微鏡画像である2D画像を3D画像にするEosのコマンドである。切り出した粒子の角度情報から、逆投影法を用いて3次元構造を再構築する。出力はdsn6と3dファイルとなっており、密度マップを分子ビュアー(VMDやchimeraなど)で表示することが可能である。

具体例として、オプション-iで使用したファイルは以下の通り。

XY平面

ZX平面

</TR>

各パラメータ設定やモード指定を行う。

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	選択	入力ファイル設定	NULL
-I	選択	入力ファイル設定	NULL
-o	必須	出力ファイル設定	NULL
-O	選択	出力ファイル設定	NULL
-single	選択	傾斜軸を一つに設定	1
-InterpolationMode	選択	展開モード	1
-Double	選択	傾斜軸を２つに設定
-DoubleCounter	選択	-Doubleを宣言した上で使用２つの傾斜軸を選択し、設定する	NULL
-CounterThreshold	選択	-Doubleを宣言した上で使用波形の谷の閾値	1e-6
-CounterThresholdMode	選択	-Doubleを宣言した上で使用波形の谷の閾値のモード	0
-WeightMode	選択	-Doubleを宣言した上で使用重心のモード	0
-thicknessWeight	選択	-Doubleを宣言した上で使用重心の深さ
-Sub	選択	-Doubleを宣言した上で使用下位サンプリング	1
-PlusXrot	選択	rasmolのためにｘ軸を180°回転
-SIRT	選択	同時反復再構成法
-max	選択	-SIRTを宣言した上で使用同時反復再構成法の最大値設定	30
-rms	選択	-SIRTを宣言した上で使用同時反復再構成法の平方２乗平均を設定	1.0
-CTF	選択	-SIRTを宣言した上で使用 CTFInfoファイルを設定	NULL
-m	選択	モード	0
-h	選択	ヘルプを表示

投影像のモード指定を行う。

モード	説明
0	単純な逆投影
1	フィルター逆投影

傾斜軸を指定する。

モード	説明
0	傾斜軸をｘ軸と平行にする
1	傾斜軸をｙ軸と平行にする

計算時の重みを指定する。

モード	説明
1	実空間：円（同じ密度）
2	実空間：円（加重密度）
3	実空間：正方形（加重密度）
4	フーリエ空間：平面（同じ密度）-CounterThreshold 0.5とする
5	フーリエ空間：線形包配　-CounterThreshold 0.5とする
6	フーリエ空間：cos包配　-CounterThreshold 0.5とする

計算方法を指定する。

filename0 RotationOrder0 rot1 rot2 rot3
filename1 RotationOrder1 rot1 rot2 rot3
　　　　　　　・
　　　　　　　・
　　　　　　　・

一桁目：	どの軸から回転を始めるか設定
二桁目：	回転軸の順番を設定１
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目：	回転軸の順番の設定２
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目：	回転方法を設定
Y…物体そのものをまわす
D…座標を移動させる

@@ 行3: / 行3: @@
 出力は[[dsn6]]と[[3d]]ファイルとなっており、[[密度マップ]]を分子ビュアー([[VMD]]や[[chimera]]など)で表示することが可能である。
+== 実行例 ==
+具体例として、オプション-iで使用したファイルは以下の通り。
+[[画像:121p.no2.out-In1-input1.png|200px|thumb|left|XY平面]]
+[[画像:121p.no2.out-In1-input2.png|200px|thumb|left|ZX平面]]
+<TABLE><TR>
+<TD></TD><TD></TD></TR>
+<TD></TD><TD></TD></TR>
+</TABLE>
 == オプション一覧 ==