「mrc2Dto3D」の版間の差分

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'''mrc2Dto3D'''は[[電子顕微鏡画像]]である[[2D画像]]を[[3D画像]]にする[[Eos]]の[[コマンド]]である。
 
'''mrc2Dto3D'''は[[電子顕微鏡画像]]である[[2D画像]]を[[3D画像]]にする[[Eos]]の[[コマンド]]である。
 +
[[切り出し]]た[[粒子]]の[[角度]]情報から、[[逆投影]]法を用いて[[3次元構造]]を再構築する。
 +
出力は[[dsn6]]と[[3d]]ファイルとなっており、[[密度マップ]]を分子ビュアー([[VMD]]や[[chimera]]など)で表示することが可能である。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
  
−
<table border=1>  
+
===メインオプション===
−
<div align="left">  
+
 
 +
各パラメータ設定やモード指定を行う。
 +
 
 +
<table border=1>
 +
<tr>
 +
<th>オプション</th>
 +
<th>必須項目/選択項目</th>
 +
<th>説明</th>
 +
<th>デフォルト</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-i</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>入力ファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-I</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>入力ファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-each</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>一つ一つのファイルを必要なときに読み込む</td>
 +
<td></td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-o</td>
 +
<td>必須</td>
 +
<td>出力ファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-O</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>出力ファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-single</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>傾斜軸を一つに設定</td>
 +
<td>1</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-InterpolationMode</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>展開モード</td>
 +
<td>1</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-Double</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>傾斜軸を２つに設定</td>
 +
<td>　</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-DoubleCounter</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
 +
２つの傾斜軸を選択し、設定する</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-CounterThreshold</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
 +
波形の谷の閾値</td>
 +
<td>1e-6</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-CounterThresholdMode</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
 +
波形の谷の閾値のモード</td>
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-WeightMode</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
 +
重心のモード</td>
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-thicknessWeight</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
 +
重心の深さ</td>
 +
<td>　</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-Sub</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>
 +
下位サンプリング</td>
 +
<td>1</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-PlusXrot</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>rasmolのためにｘ軸を180°回転</td>
 +
<td>　</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-SIRT</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>同時反復再構成法</td>
 +
<td>　</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-max</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>-SIRTを宣言した上で使用<br>
 +
同時反復再構成法の最大値設定</td>
 +
<td>30</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-rms</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>-SIRTを宣言した上で使用<br>
 +
同時反復再構成法の平方２乗平均を設定</td>
 +
<td>1.0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-CTF</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>-SIRTを宣言した上で使用<br>
 +
CTFInfoファイルを設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-m</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>モード</td>
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-h</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>ヘルプを表示</td>
 +
<td>　</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
===-mの詳細===
 +
 
 +
投影像のモード指定を行う。
 +
 
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>単純な逆投影</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>フィルター逆投影</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>重み付き逆投影</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
===-singleの詳細===
 +
 
 +
傾斜軸を指定する。
 +
 
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>傾斜軸をｘ軸と平行にする</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>傾斜軸をｙ軸と平行にする</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
===-WeightModeの詳細===
 +
 
 +
計算時の重みを指定する。
 +
 
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>実空間：円（同じ密度）</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>実空間：円（加重密度）</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>3</td>
 +
<td>実空間：正方形（加重密度）</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>4</td>
 +
<td>フーリエ空間：平面（同じ密度）-CounterThreshold 0.5とする</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>5</td>
 +
<td>フーリエ空間：線形包配　-CounterThreshold 0.5とする</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>6</td>
 +
<td>フーリエ空間：cos包配　-CounterThreshold 0.5とする</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
===-InterpolationModeの詳細===
 +
 
 +
計算方法を指定する。
 +
 
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>最短距離法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>線形補間法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>３次補間法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>3</td>
 +
<td>多項式法</td>
 +
</tr> 
 +
</table>
 +
 
 +
===オプション-Iのファイルフォーマット===
 +
filename0 RotationOrder0 rot1 rot2 rot3
 +
filename1 RotationOrder1 rot1 rot2 rot3
 +
　　　　　　　・
 +
　　　　　　　・
 +
　　　　　　　・
 +
 
 +
===[[オイラー角|RotationOrder]]の詳細===
 +
一桁目： どの軸から回転を始めるか設定
 +
二桁目： 回転軸の順番を設定１
 +
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
 +
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
 +
三桁目： 回転軸の順番の設定２
 +
Y…順番を維持する
 +
N…順番を逆順にする
 +
四桁目： 回転方法を設定
 +
S…物体そのものをまわす
 +
R…座標を移動させる
 +
 
 +
== 実行例 ==
 +
 
 +
===-iの例===
 +
具体例として、オプション-iで使用したファイルをFig.1に示す。
 +
これらの画像の詳細は以下の通り。
 +
 
 +
最小      0
 +
最大      0.175
 +
平均値    0.00302838
 +
標準偏差  0.0129759
 +
標準誤差  8.75794e-06
 +
 
 +
続いて出力結果がFig.2である。詳細は以下の通り。
 +
 
 +
最小      0
 +
最大      0.0872652
 +
平均値    0.00352428
 +
標準偏差  0.00653417
 +
標準誤差  9.13179e-06
 +
 
 +
<gallery>
 +
画像:121p.no2.out-In1-input1.png|Fig.1-1:入力画像のXY平面
 +
画像:121p.no2.out-In1-input2.png|Fig.1-2:入力画像のZX平面
 +
画像:opution-i.png|Fig.2:出力結果
 +
</gallery>
 +
 
 +
===-Iの例===
 +
オプション-Iで使用したファイルの詳細について。入力ファイルは以下の通り。
 +
 
 +
a000-2a.orgmrc YOYS 0 60 0
 +
a004-2a.orgmrc YOYS 0 56 0
 +
a008-2a.orgmrc YOYS 0 52 0
 +
a012-2a.orgmrc YOYS 0 48 0
 +
a016-2a.orgmrc YOYS 0 44 0
 +
a020-2a.orgmrc YOYS 0 40 0
 +
a024-2a.orgmrc YOYS 0 36 0
 +
            ・
 +
            ・
 +
            ・
 +
 
 +
入力画像の一部をFig.3に示す。
 +
a000-2.orgmrcとa004-2.orgmrcは同じ物体で、傾斜角度が違う画像である。
 +
それぞれの詳細は以下の通り。
 +
 
 +
a000-2.orgmrc:
 +
最小      0
 +
最大      37.8872
 +
平均値    0.833407
 +
標準偏差  4.20486
 +
標準誤差  0.0420486
 +
 
 +
a004-2.orgmrc:
 +
最小      0
 +
最大      38.0379
 +
平均値    0.833354
 +
標準偏差  4.19112
 +
標準誤差  0.0419112
 +
 
 +
<gallery>
 +
画像:a000-2.png|Fig.3-1:a000-2.orgmrcの画像
 +
画像:a004-2.png|Fig.3-2:a004-2.orgmrcの画像
 +
</gallery>
 +
 
 +
===-singleについて===
 +
今回の傾斜軸は入力ファイルの詳細から、ｙ軸となる。
 +
 
 +
最小      0
 +
最大      33.7425
 +
平均値    0.92622
 +
標準偏差  2.73412
 +
標準誤差  0.00273412
 +
 
 +
<gallery>
 +
画像:single.png|Fig.4-1:入力ファイルXY平面
 +
画像:single-yx.png|Fig.4-2:YZ平面
 +
画像:single-zx.png|Fig.4-3:ZX平面
 +
</gallery>
 +
 
 +
===-Doubleについて===
 +
オプション-WeightMode,-CounterThreshholdを併用する。
 +
====-CounterThreshholdを2に設定====
 +
WeightMode：１
 +
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>オプション</th>  
+
<td>[[画像:double-CT2W1m1.png]]</td>  
−
<th>必須項目/選択項目</th>  
+
<td><p align="left">最小<br>
−
<th>説明</th>  
+
最大<br>
−
<th>デフォルト</th>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-24.3363<br>  
 +
115.7<br>  
 +
-1.58352e-10<br>
 +
6.11368<br>
 +
0.00611368<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>WeightMode：２</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-i</td>  
+
<td>[[画像:double-CT2W2m1.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>入力ファイル設定</td>  
+
最大<br>  
−
<td>NULL</td>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-23.6896<br>
 +
117.242<br>
 +
-8.14329e-09<br>
 +
6.12488<br>
 +
0.00612488<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>WeightMode：３</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-I</td>  
+
<td>[[画像:double-CT2W3m1.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>入力ファイル設定</td>  
+
最大<br>  
−
<td>NULL</td>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-23.6896<br>
 +
117.242<br>
 +
-8.14329e-09<br>
 +
6.12488<br>
 +
0.00612488<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>WeightMode：４</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-o</td>  
+
<td>[[画像:double-CT2W4m1.png]]</td>  
−
<td>必須</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>出力ファイル設定</td>  
+
最大<br>  
−
<td>NULL</td>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-40.5762<br>
 +
174.198<br>
 +
0.821701<br>
 +
8.99569<br>
 +
0.00899569<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>WeightMode：５</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-O</td>  
+
<td>[[画像:double-CT2W5m1.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>出力ファイル設定</td>  
+
最大<br>  
−
<td>NULL</td>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-41.7929<br>
 +
185.856<br>
 +
0.821701<br>
 +
8.94568<br>
 +
0.00894568<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>WeightMode：６</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-single</td>  
+
<td>[[画像:double-CT2W6m1.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>傾斜軸を一つに設定</td>  
+
最大<br>  
−
<td>1</td>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-43.5065<br>
 +
190.759<br>
 +
0.821701<br>
 +
9.38459<br>
 +
0.00938459<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<br>
 +
<div>※-CounterThreshholdがデフォルトのままだと、この画像の場合うまく計算処理されず、以下のような画像が処理される場合がある<br>
 +
[[画像:121p-input-DW5m1.png]]</div>
 +
 +
====オプション　-CounterThresholdModeを併用====
 +
オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2で実行した。
 +
<div>モード：０</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-InterpolationMode</td>  
+
<td>[[画像:double-CT2W1m1CTM0.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>展開モード</td>  
+
最大<br>  
−
<td>1</td>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-24.3363<br>
 +
115.7<br>
 +
-1.58352e-10<br>
 +
6.11368<br>
 +
0.00611368<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>モード：１</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-Double</td>  
+
<td>[[画像:double-CT2W1m1CTM1.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>傾斜軸を２つに設定</td>  
+
最大<br>  
−
<td>　</td>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-20.1632<br>
 +
113.527<br>
 +
-8.04145e-10<br>
 +
5.91589<br>
 +
0.00591589<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
 +
===-InterpolationModeについて===
 +
オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2での実行結果。
 +
<div>InterpolationMode：０</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-DoubleCounter</td>  
+
<td>[[画像:double-CT2W1m1IM0.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>  
+
最大<br>  
−
２つの傾斜軸を選択し、設定する</td>  
+
平均値<br>
−
<td>NULL</td>  
+
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>  
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-24.6593<br>
 +
117.022<br>
 +
-4.08489e-09<br>
 +
6.13305<br>
 +
0.00613305<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>InterpolationMode：１</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-CounterThreshold</td>  
+
<td>[[画像:Double-CT2W1m1IM1.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>  
+
最大<br>  
−
波形の谷の閾値</td>  
+
平均値<br>
−
<td>1e-6</td>  
+
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>  
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-24.3363<br>
 +
115.7<br>
 +
-1.58352e-10<br>
 +
6.11368<br>
 +
0.00611368<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>InterpolationMode：２</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-CounterThresholdMode</td>  
+
<td>[[画像:Double-CT2W1m1IM2.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>  
+
最大<br>  
−
波形の谷の閾値のモード</td>  
+
平均値<br>
−
<td>0</td>  
+
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>  
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-26.0299<br>
 +
118.253<br>
 +
2.86921e-09<br>
 +
6.1544<br>
 +
0.0061544<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>InterpolationMode：３</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-WeightMode</td>  
+
<td>[[画像:Double-CT2W1m1IM3.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>  
+
最大<br>  
−
重心のモード</td>  
+
平均値<br>
−
<td>0</td>  
+
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>  
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-40640.8<br>
 +
209412<br>
 +
3.35228e-06<br>
 +
10763.2<br>
 +
10.7632<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
===-SIRTについて===
 +
[[SIRT]]の実行結果。
 +
 +
オプション-max,-rmsをデフォルト値で、オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2とした。
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-thicknessWeight</td>  
+
<td>[[画像:double-m1SIRT.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>  
+
最大<br>  
−
重心の深さ</td>  
+
平均値<br>
−
<td>　</td>  
+
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>  
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-725.47<br>
 +
2563.64<br>
 +
6.83624e-07<br>
 +
130.514<br>
 +
0.130514<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>オプション　-max=5,-rms=1で実行</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-Sub</td>  
+
<td>[[画像:Double-m1SIRTm5r1.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>-Doubleを宣言した上で使用<br>  
+
最大<br>  
−
下位サンプリング</td>  
+
平均値<br>  
−
<td>1</td>  
+
標準偏差<br>  
−
</tr>  
+
標準誤差<br></p>  
−
<tr>  
+
</td>  
−
<td>-PlusXrot</td>  
+
<td><p align="left">-234.062<br>  
−
<td>選択</td>  
+
575.77<br>  
−
<td>rasmolのためにｘ軸を180°回転</td>
+
-7.42642e-08<br>  
−
<td>　</td>
+
35.0409<br>  
−
</tr>
+
0.0350409<br></p>  
−
<tr>
+
</td>  
−
<td>-SIRT</td>  
+
−
<td>選択</td>  
+
−
<td>同時反復再構成法</td>
+
−
<td>　</td>
+
−
</tr>
+
−
<tr>
+
−
<td>-max</td>
+
−
<td>選択</td>
+
−
<td>-SIRTを宣言した上で使用<br>  
+
−
同時反復再構成法の最大値設定</td>
+
−
<td>30</td>
+
−
</tr>
+
−
<tr>
+
−
<td>-rms</td>
+
−
<td>選択</td>
+
−
<td>-SIRTを宣言した上で使用<br>  
+
−
同時反復再構成法の平方２乗平均を設定</td>
+
−
<td>1.0</td>
+
−
</tr>
+
−
<tr>
+
−
<td>-CTF</td>
+
−
<td>選択</td>
+
−
<td>-SIRTを宣言した上で使用<br>  
+
−
CTFInfoファイルを設定</td>  
+
−
<td>NULL</td>  
+
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
 +
===-mについて===
 +
<div>モード：0 (Simple Back Projection)</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-m</td>  
+
<td>[[画像:double.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>モード</td>  
+
最大<br>  
−
<td>0</td>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
30.514<br>
 +
0.916102<br>
 +
2.14263<br>
 +
0.00214263<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<div>モード：1 (Filtered Back Projection)</div>
 +
<table>
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-h</td>  
+
<td>[[画像:double-m1.png]]</td>  
−
<td>選択</td>  
+
<td><p align="left">最小<br>  
−
<td>ヘルプを表示</td>  
+
最大<br>  
−
<td>　</td>  
+
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">-54.8893<br>
 +
125.857<br>
 +
7.73532e-09<br>
 +
6.50251<br>
 +
0.00650251<br></p>
 +
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2014年6月3日 (火) 23:39時点における最新版

mrc2Dto3Dは電子顕微鏡画像である2D画像を3D画像にするEosのコマンドである。 切り出した粒子の角度情報から、逆投影法を用いて3次元構造を再構築する。 出力はdsn6と3dファイルとなっており、密度マップを分子ビュアー(VMDやchimeraなど)で表示することが可能である。

オプション一覧

メインオプション

各パラメータ設定やモード指定を行う。

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定 NULL
-I 選択 入力ファイル設定 NULL
-each 選択 一つ一つのファイルを必要なときに読み込む
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-O 選択 出力ファイル設定 NULL
-single 選択 傾斜軸を一つに設定 1
-InterpolationMode 選択 展開モード 1
-Double 選択 傾斜軸を２つに設定 　
-DoubleCounter 選択 -Doubleを宣言した上で使用
２つの傾斜軸を選択し、設定する		 NULL
-CounterThreshold 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値		 1e-6
-CounterThresholdMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値のモード		 0
-WeightMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心のモード		 0
-thicknessWeight 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心の深さ		 　
-Sub 選択 -Doubleを宣言した上で使用
下位サンプリング		 1
-PlusXrot 選択 rasmolのためにｘ軸を180°回転 　
-SIRT 選択 同時反復再構成法 　
-max 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の最大値設定		 30
-rms 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の平方２乗平均を設定		 1.0
-CTF 選択 -SIRTを宣言した上で使用
CTFInfoファイルを設定		 NULL
-m 選択 モード 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-mの詳細

投影像のモード指定を行う。

モード 説明
0 単純な逆投影
1 フィルター逆投影
2 重み付き逆投影

-singleの詳細

傾斜軸を指定する。

モード 説明
0 傾斜軸をｘ軸と平行にする
1 傾斜軸をｙ軸と平行にする

-WeightModeの詳細

計算時の重みを指定する。

モード 説明
1 実空間：円（同じ密度）
2 実空間：円（加重密度）
3 実空間：正方形（加重密度）
4 フーリエ空間：平面（同じ密度）-CounterThreshold 0.5とする
5 フーリエ空間：線形包配　-CounterThreshold 0.5とする
6 フーリエ空間：cos包配　-CounterThreshold 0.5とする

-InterpolationModeの詳細

計算方法を指定する。

モード 説明
0 最短距離法
1 線形補間法
2 ３次補間法
3 多項式法

オプション-Iのファイルフォーマット

filename0 RotationOrder0 rot1 rot2 rot3
filename1 RotationOrder1 rot1 rot2 rot3
　　　　　　　・
　　　　　　　・
　　　　　　　・

RotationOrderの詳細

一桁目：	どの軸から回転を始めるか設定
二桁目：	回転軸の順番を設定１
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目：	回転軸の順番の設定２
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目：	回転方法を設定
S…物体そのものをまわす
R…座標を移動させる

実行例

-iの例

具体例として、オプション-iで使用したファイルをFig.1に示す。 これらの画像の詳細は以下の通り。 

最小      0
最大      0.175
平均値    0.00302838
標準偏差  0.0129759
標準誤差  8.75794e-06

続いて出力結果がFig.2である。詳細は以下の通り。 

最小      0
最大      0.0872652
平均値    0.00352428
標準偏差  0.00653417
標準誤差  9.13179e-06

  • Fig.1-1:入力画像のXY平面

  • Fig.1-2:入力画像のZX平面

  • Fig.2:出力結果

-Iの例

オプション-Iで使用したファイルの詳細について。入力ファイルは以下の通り。 

a000-2a.orgmrc YOYS 0 60 0
a004-2a.orgmrc YOYS 0 56 0
a008-2a.orgmrc YOYS 0 52 0
a012-2a.orgmrc YOYS 0 48 0
a016-2a.orgmrc YOYS 0 44 0
a020-2a.orgmrc YOYS 0 40 0
a024-2a.orgmrc YOYS 0 36 0
           ・
           ・
           ・

入力画像の一部をFig.3に示す。 a000-2.orgmrcとa004-2.orgmrcは同じ物体で、傾斜角度が違う画像である。 それぞれの詳細は以下の通り。 

a000-2.orgmrc:
最小      0
最大      37.8872
平均値    0.833407
標準偏差  4.20486
標準誤差  0.0420486

a004-2.orgmrc:
最小      0
最大      38.0379
平均値    0.833354
標準偏差  4.19112
標準誤差  0.0419112

  • Fig.3-1:a000-2.orgmrcの画像

  • Fig.3-2:a004-2.orgmrcの画像

-singleについて

今回の傾斜軸は入力ファイルの詳細から、ｙ軸となる。 

最小      0
最大      33.7425
平均値    0.92622
標準偏差  2.73412
標準誤差  0.00273412

  • Fig.4-1:入力ファイルXY平面

  • Fig.4-2:YZ平面

  • Fig.4-3:ZX平面

-Doubleについて

オプション-WeightMode,-CounterThreshholdを併用する。

-CounterThreshholdを2に設定

WeightMode：１

double-CT2W1m1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-24.3363

115.7
-1.58352e-10
6.11368

0.00611368
WeightMode：２
double-CT2W2m1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-23.6896

117.242
-8.14329e-09
6.12488

0.00612488
WeightMode：３
double-CT2W3m1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-23.6896

117.242
-8.14329e-09
6.12488

0.00612488
WeightMode：４
double-CT2W4m1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-40.5762

174.198
0.821701
8.99569

0.00899569
WeightMode：５
double-CT2W5m1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.7929

185.856
0.821701
8.94568

0.00894568
WeightMode：６
double-CT2W6m1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-43.5065

190.759
0.821701
9.38459

0.00938459


※-CounterThreshholdがデフォルトのままだと、この画像の場合うまく計算処理されず、以下のような画像が処理される場合がある
121p-input-DW5m1.png

オプション　-CounterThresholdModeを併用

オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2で実行した。

モード：０
double-CT2W1m1CTM0.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-24.3363

115.7
-1.58352e-10
6.11368

0.00611368
モード：１
double-CT2W1m1CTM1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-20.1632

113.527
-8.04145e-10
5.91589

0.00591589

-InterpolationModeについて

オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2での実行結果。

InterpolationMode：０
double-CT2W1m1IM0.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-24.6593

117.022
-4.08489e-09
6.13305

0.00613305
InterpolationMode：１
Double-CT2W1m1IM1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-24.3363

115.7
-1.58352e-10
6.11368

0.00611368
InterpolationMode：２
Double-CT2W1m1IM2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-26.0299

118.253
2.86921e-09
6.1544

0.0061544
InterpolationMode：３
Double-CT2W1m1IM3.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-40640.8

209412
3.35228e-06
10763.2

10.7632

-SIRTについて

SIRTの実行結果。

オプション-max,-rmsをデフォルト値で、オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2とした。

double-m1SIRT.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-725.47

2563.64
6.83624e-07
130.514

0.130514
オプション　-max=5,-rms=1で実行
Double-m1SIRTm5r1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-234.062

575.77
-7.42642e-08
35.0409

0.0350409

-mについて

モード：0 (Simple Back Projection)
double.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

30.514
0.916102
2.14263

0.00214263
モード：1 (Filtered Back Projection)
double-m1.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.8893

125.857
7.73532e-09
6.50251

0.00650251

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