「mrc3Dto2D」の版間の差分

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== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
 
===メインオプション===
 
===メインオプション===
−
<table border="1">
+
<table border="1">
−
<div align="left">  
+
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<th>オプション</th>  
 
<th>オプション</th>  
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<td>-EulerMode</td>  
 
<td>-EulerMode</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>オイラー角の回転モード設定</td>  
+
<td>[[オイラー角]]の回転モード設定</td>  
 
<td>ZOYS</td>  
 
<td>ZOYS</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
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<table border="1">
+
<table border="1">
−
<div align="left">  
+
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<th>モード</th>  
 
<th>モード</th>  
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===-InterpolationModeの詳細===
 
===-InterpolationModeの詳細===
−
<table border="1">
+
<table border="1">
−
<div align="left">  
+
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<th>モード</th>  
 
<th>モード</th>  
行114: 行111:
 
<td>3</td>  
 
<td>3</td>  
 
<td>多項式法</td>  
 
<td>多項式法</td>  
−
</tr>  
+
</tr>
−
</div>
+
 
</table>
 
</table>
 +
 +
===オプション-EAのRotModeの設定の詳細===
 +
一桁目： どの軸から回転を始めるか設定
 +
二桁目： 回転軸の順番を設定１
 +
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
 +
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
 +
三桁目： 回転軸の順番の設定２
 +
Y…順番を維持する
 +
N…順番を逆順にする
 +
四桁目： 回転方法を設定
 +
S…物体そのものをまわす
 +
R…座標を移動させる
 +
 +
 +
== 実行例 ==
 +
===入力画像===
 +
[[画像:121p.png]]
 +
 +
 +
[[pdbInfo]]でみた入力ファイルの詳細
 +
 +
[[画像:121p-Info.png]]
 +
 +
 +
[[pdb2mrc]]で3Dの[[mrc]]ファイルに変更
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>XY平面</td>
 +
<td>YZ平面</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:121p.mrc.png]]</td>
 +
<td>[[画像:121p.mrc-2.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:121p.no2.out-m0.png]]</td>
 +
<td>最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
</td>
 +
<td>0<br>
 +
0.186008<br>
 +
0.00302756<br>
 +
0.0128325<br>
 +
7.12722e-07<br>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-Rot1 -Rot2 -Rot3===
 +
 +
<div>すべてRot 0 180 30で設定<br>
 +
</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>XY平面</td>
 +
<td>YZ平面</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:121p.no2.out-Rot-2.png]]</td>
 +
<td>[[画像:121p.no2.out-Rot-1.png]]</td>
 +
<td>最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
</td>
 +
<td>0<br>
 +
0.175<br>
 +
0.00302838<br>
 +
0.0129759<br>
 +
8.75794e-06<br>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-EulerMode===
 +
 +
<div>Rot1,Rot2,Rot3のすべて 0 180 30で、EulerModeをXOYSで設定<br>
 +
</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>XY平面</td>
 +
<td>YZ平面</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:121p.no2.out-Rot-EY2.png]]</td>
 +
<td>[[画像:121p.no2.out-Rot-EY.png]]</td>
 +
<td>最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
</td>
 +
<td>0<br>
 +
0.175<br>
 +
0.00303008<br>
 +
0.0129694<br>
 +
8.75351e-06<br>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降はすべてRot 0 180 30で設定</div>
 +
 +
===オプション　-InterpolationMode===
 +
====InterpolationMode：0====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:121p.no2.out-In0.png]]</td>
 +
<td>最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
</td>
 +
<td>0<br>
 +
0.2125<br>
 +
0.00301082<br>
 +
0.0137354<br>
 +
9.27052e-06<br>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====InterpolationMode：１====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:121p.no2.out-In1.mrc.png]]</td>
 +
<td>最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
</td>
 +
<td>0<br>
 +
0.175<br>
 +
0.00302838<br>
 +
0.0129759<br>
 +
8.75794e-06<br>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<div>デフォルトは1なので画像に変化はない。</div>
 +
<br>
 +
 +
====InterpolationMode：2====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:121p.no2.out-In2.png]]</td>
 +
<td>最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
</td>
 +
<td>-0.0325619<br>
 +
0.213961<br>
 +
0.00302793<br>
 +
0.0137247<br>
 +
9.26332e-06<br>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====InterpolationMode：3====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:121p.no2.out-In3.png]]</td>
 +
<td>最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
</td>
 +
<td>-5.4667<br>
 +
184.383<br>
 +
3.28548<br>
 +
13.7206<br>
 +
0.00926055<br>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2014年1月20日 (月) 00:32時点における最新版

mrc3Dto2Dとは3D画像から2D画像を生成するEosのコマンドである。ここでいう3D画像と2D画像とは、それぞれ主に参照像、投影像のことを指す。類似構造や結晶構造(PDBファイル)から様々な角度の投影像を取得できる。得られた投影像は、単粒子解析において粒子の角度決定に用いられる。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-Rot1 選択 最初の回転 0.0 360.0 10
-Rot2 選択 ２度目の回転 0.0 360.0 10
-Rot3 選択 最後の回転 0.0 360.0 10
-EulerMode 選択 オイラー角の回転モード設定 ZOYS
-InterpolationMode 選択 展開モード 1
-AreaMode 選択 エリアモード：投影をする全空間の形
0：立方体　1：球		 0
-m 選択 モード 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 投影像の数はそのまま
1 回転角を減少させる
nRot3=1とRot2の軸が2D画像平面に垂直であるなら、投影像の数を減少させることができる

-InterpolationModeの詳細

モード 説明
0 最短距離法
1 線形補間法
2 ３次補間法
3 多項式法

オプション-EAのRotModeの設定の詳細

一桁目：	どの軸から回転を始めるか設定
二桁目：	回転軸の順番を設定１
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目：	回転軸の順番の設定２
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目：	回転方法を設定
S…物体そのものをまわす
R…座標を移動させる


実行例

入力画像

121p.png


pdbInfoでみた入力ファイルの詳細

121p-Info.png


pdb2mrcで3Dのmrcファイルに変更

XY平面 YZ平面
121p.mrc.png 121p.mrc-2.png


オプション必須項目のみの場合

121p.no2.out-m0.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

 0

0.186008
0.00302756
0.0128325
7.12722e-07


オプション　-Rot1 -Rot2 -Rot3

すべてRot 0 180 30で設定
XY平面 YZ平面
121p.no2.out-Rot-2.png 121p.no2.out-Rot-1.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

 0

0.175
0.00302838
0.0129759
8.75794e-06


オプション　-EulerMode

Rot1,Rot2,Rot3のすべて 0 180 30で、EulerModeをXOYSで設定
XY平面 YZ平面
121p.no2.out-Rot-EY2.png 121p.no2.out-Rot-EY.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

 0

0.175
0.00303008
0.0129694
8.75351e-06


以降はすべてRot 0 180 30で設定

オプション　-InterpolationMode

InterpolationMode：0

121p.no2.out-In0.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

 0

0.2125
0.00301082
0.0137354
9.27052e-06


InterpolationMode：１

121p.no2.out-In1.mrc.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

 0

0.175
0.00302838
0.0129759
8.75794e-06
デフォルトは1なので画像に変化はない。


InterpolationMode：2

121p.no2.out-In2.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

 -0.0325619

0.213961
0.00302793
0.0137247
9.26332e-06


InterpolationMode：3

121p.no2.out-In3.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

 -5.4667

184.383
3.28548
13.7206
0.00926055

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