「mrc3Dto2D」の版間の差分
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| 行43: | 行43: | ||
<td>-EulerMode</td> | <td>-EulerMode</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>[[オイラー角]]の回転モード設定</td> |
<td>ZOYS</td> | <td>ZOYS</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行123: | 行123: | ||
N…順番を逆順にする | N…順番を逆順にする | ||
四桁目： 回転方法を設定 | 四桁目： 回転方法を設定 | ||
| − | + | S…物体そのものをまわす | |
| − | + | R…座標を移動させる | |
| 行148: | 行148: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| 行167: | 行168: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
| − | + | ||
| − | + | ===オプション -Rot1 -Rot2 -Rot3=== | |
| − | + | ||
<div>すべてRot 0 180 30で設定<br> | <div>すべてRot 0 180 30で設定<br> | ||
</div> | </div> | ||
| 行187: | 行188: | ||
標準誤差<br> | 標準誤差<br> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td | + | <td>0<br> |
0.175<br> | 0.175<br> | ||
0.00302838<br> | 0.00302838<br> | ||
| 行195: | 行196: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
| − | + | ===オプション -EulerMode=== | |
| + | |||
<div>Rot1,Rot2,Rot3のすべて 0 180 30で、EulerModeをXOYSで設定<br> | <div>Rot1,Rot2,Rot3のすべて 0 180 30で、EulerModeをXOYSで設定<br> | ||
</div> | </div> | ||
| 行221: | 行224: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
| − | + | ||
| − | + | <div>以降はすべてRot 0 180 30で設定</div> | |
| − | + | ||
| − | + | ===オプション -InterpolationMode=== | |
| + | ====InterpolationMode：0==== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行243: | 行247: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
| + | |||
| + | ====InterpolationMode：１==== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行261: | 行267: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <div>デフォルトは1なので画像に変化はない。</div> | |
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====InterpolationMode：2==== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行279: | 行288: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
| + | |||
| + | ====InterpolationMode：3==== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
2014年1月20日 (月) 00:32時点における最新版
mrc3Dto2Dとは3D画像から2D画像を生成するEosのコマンドである。ここでいう3D画像と2D画像とは、それぞれ主に参照像、投影像のことを指す。類似構造や結晶構造(PDBファイル)から様々な角度の投影像を取得できる。得られた投影像は、単粒子解析において粒子の角度決定に用いられる。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -Rot1 | 選択 | 最初の回転 | 0.0 360.0 10 |
| -Rot2 | 選択 | ２度目の回転 | 0.0 360.0 10 |
| -Rot3 | 選択 | 最後の回転 | 0.0 360.0 10 |
| -EulerMode | 選択 | オイラー角の回転モード設定 | ZOYS |
| -InterpolationMode | 選択 | 展開モード | 1 |
| -AreaMode | 選択 | エリアモード：投影をする全空間の形 0：立方体 1：球 |
0 |
| -m | 選択 | モード | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 投影像の数はそのまま |
| 1 | 回転角を減少させる nRot3=1とRot2の軸が2D画像平面に垂直であるなら、投影像の数を減少させることができる |
-InterpolationModeの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 最短距離法 |
| 1 | 線形補間法 |
| 2 | ３次補間法 |
| 3 | 多項式法 |
オプション-EAのRotModeの設定の詳細
一桁目： どの軸から回転を始めるか設定 二桁目： 回転軸の順番を設定１ O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する 三桁目： 回転軸の順番の設定２ Y…順番を維持する N…順番を逆順にする 四桁目： 回転方法を設定 S…物体そのものをまわす R…座標を移動させる
実行例
入力画像
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細
| XY平面 | YZ平面 |
 |
 |
オプション必須項目のみの場合
 |
最小 最大 |
0 0.186008 |
オプション -Rot1 -Rot2 -Rot3
| XY平面 | YZ平面 | ||
 |
 |
最小 最大 |
0 0.175 |
オプション -EulerMode
| XY平面 | YZ平面 | ||
 |
 |
最小 最大 |
0 0.175 |
オプション -InterpolationMode
InterpolationMode：0
 |
最小 最大 |
0 0.2125 |
InterpolationMode：１
 |
最小 最大 |
0 0.175 |
InterpolationMode：2
 |
最小 最大 |
-0.0325619 0.213961 |
InterpolationMode：3
 |
最小 最大 |
-5.4667 184.383 |
