「mrcRefImageCorrelation」の版間の差分

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(→‎メインオプション)
 
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'''mrcRefImageCorrelation'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcRefImageCorrelation'''とは単一もしくは複数の[[mrcImage]]ファイルと参照像(2Dセット)を比較し、<br>
 +
相関値の最大値と最小値を出力する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](2D)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>参照ファイル: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>参照ファイル: [[mrcImage]](2Dセット)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行27:
 
<td>-I</td>  
 
<td>-I</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>InputDataFiles</td>  
+
<td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行47: 行48:
 
<td>　</td>  
 
<td>　</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行57: 行58:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>To find the images in the reference file of min and max correlation.<br>
+
<td>相関の最小と最大となる画像を参照ファイルから探す<br>
−
Correlation is calclated in the real space.</td>  
+
実空間で計算する</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>To calculate the correlation between one image of the reference file and input file.<br>
+
<td>参照ファイルと入力ファイルを単一画像間で相関を計算する<br>
−
The calculation is performed in the fourier space and the output is a mrc image file.<br>
+
フーリエ空間で計算し、出力ファイルは[[mrcImage]]となる<br>
−
option z is needed.</td>  
+
オプション -z が必要</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
 +
===-I のフォーマット===
 +
<pre>
 +
mrcファイル1
 +
mrcファイル2
 +
.
 +
.
 +
.
 +
 +
</pre>
  
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[Media:Input-121P1-R.mrc | 参照ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="center">[[画像:Input-121P1-R163.png]]<br>
 +
z=163<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(        56,        27,        326)<br>
 +
mrcFloatImage <br>
 +
-1503.16 (14, 25, 131)<br>
 +
36873.4 (28, 20, 158)<br>
 +
6082.23<br>
 +
6479.76<br>
 +
9.22942<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-i===
 +
====[[Media:Input-121P1-R163-N.mrc | 入力ファイル]]を指定して実行====
 +
<div>-i で使用する画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P1-R163-N.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-11845.8 (6, 13, 0)<br>
 +
35379.1 (26, 16, 0)<br>
 +
5971.45<br>
 +
7299.77<br>
 +
187.73<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>出力結果 </div>
 +
<pre>
 +
0 0.74104
 +
1 0.758584
 +
2 0.773967
 +
3 0.78247
 +
4 0.779196
 +
 +
-中略-
 +
 +
160 0.819107
 +
161 0.867341
 +
162 0.937789
 +
163 0.866901
 +
164 0.803931
 +
 +
-中略-
 +
 +
320 0.74582
 +
321 0.756335
 +
322 0.768114
 +
323 0.782429
 +
324 0.785562
 +
min 205 0.729216
 +
max 162 0.937789
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-I===
 +
====入力ファイルを指定して実行====
 +
<div>-I で使用するデータ</div>
 +
<pre>
 +
/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc
 +
/Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc
 +
/Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[Media:Input-121P1-R162.mrc | Input-121P1-R162.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P1-R162.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1191.36 (16, 25, 0)<br>
 +
28576.9 (15, 16, 0)<br>
 +
6076.13<br>
 +
6529.7<br>
 +
167.926<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
<div>Input-121P1-R163-N.mrcは-i の入力ファイルを使用する</div>
 +
 +
 +
<div>[[Media:Input-121P1-R164-N.mrc | Input-121P1-R164-N.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P1-R164-N.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-20586.3 (8, 8, 0)<br>
 +
38227.9 (16, 18, 0)<br>
 +
6292.81<br>
 +
9386.21<br>
 +
241.387<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>出力結果 </div>
 +
<pre>
 +
/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc min 270 0.787533 max 161 1
 +
/Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc min 205 0.729216 max 162 0.937789
 +
/Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc min 5 0.62733 max 163 0.816337
 +
</pre>

2014年8月6日 (水) 02:22時点における最新版

mrcRefImageCorrelationとは単一もしくは複数のmrcImageファイルと参照像(2Dセット)を比較し、
相関値の最大値と最小値を出力するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル: mrcImage(2D) NULL
-r 必須 参照ファイル: mrcImage(2Dセット) NULL
-I 選択 入力ファイルリスト: ASCII stdin
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 相関の最小と最大となる画像を参照ファイルから探す
実空間で計算する
1 参照ファイルと入力ファイルを単一画像間で相関を計算する

フーリエ空間で計算し、出力ファイルはmrcImageとなる

オプション -z が必要

-I のフォーマット

mrcファイル1
mrcファイル2
.
.
.


実行例

参照ファイルの画像

Input-121P1-R163.png
z=163

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 56, 27, 326)

mrcFloatImage
-1503.16 (14, 25, 131)
36873.4 (28, 20, 158)
6082.23
6479.76

9.22942


オプション　-i

入力ファイルを指定して実行

-i で使用する画像
Input-121P1-R163-N.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11845.8 (6, 13, 0)

35379.1 (26, 16, 0)
5971.45
7299.77

187.73
出力結果 
0 0.74104
1 0.758584
2 0.773967
3 0.78247
4 0.779196

-中略-

160 0.819107
161 0.867341
162 0.937789
163 0.866901
164 0.803931

-中略-

320 0.74582
321 0.756335
322 0.768114
323 0.782429
324 0.785562
min 205 0.729216
max 162 0.937789


オプション　-I

入力ファイルを指定して実行

-I で使用するデータ
/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc
/Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc
/Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc
Input-121P1-R162.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1191.36 (16, 25, 0)

28576.9 (15, 16, 0)
6076.13
6529.7

167.926


Input-121P1-R163-N.mrcは-i の入力ファイルを使用する


Input-121P1-R164-N.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-20586.3 (8, 8, 0)

38227.9 (16, 18, 0)
6292.81
9386.21

241.387
出力結果 
/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc min 270 0.787533 max 161 1
/Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc min 205 0.729216 max 162 0.937789
/Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc min 5 0.62733 max 163 0.816337

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