「ctfDetermine」の版間の差分

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'''ctfDetermine'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''ctfDetermine'''とは、デフォーカスを決定するための[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
行20: 行19:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル設定(パラメータ): [テキスト]</td>  
+
<td>出力ファイル設定: [[ASCII]](パラメータ)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行31:
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Cs初期値: [mm]</td>  
+
<td>[[球面収差係数]]初期値: [mm]</td>  
 
<td>1.7</td>  
 
<td>1.7</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行37:
 
<td>-Cc</td>  
 
<td>-Cc</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Cc初期値: [mm]</td>  
+
<td>色収差係数初期値: [mm]</td>  
 
<td>1.2</td>  
 
<td>1.2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行50: 行49:
 
<td>-Ac</td>  
 
<td>-Ac</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Ac[kV]</td>  
+
<td>[[加速電圧]]: [kV]</td>  
 
<td>200</td>  
 
<td>200</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行74: 行73:
 
<td>-ratio</td>  
 
<td>-ratio</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>振幅比</td>  
+
<td>ratioOfAmpToPhase</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行80: 行79:
 
<td>-Ai</td>  
 
<td>-Ai</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>照射角度[mrad]</td>  
+
<td>[[照射半角]]: [mrad]</td>  
 
<td>0.03</td>  
 
<td>0.03</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行110: 行109:
 
<td>-Noise2</td>  
 
<td>-Noise2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>S/N比</td>  
+
<td>S/N比2</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行146: 行145:
 
<td>-d</td>  
 
<td>-d</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>agree of function</td>  
+
<td>degree of function</td>  
 
<td>6</td>  
 
<td>6</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行173: 行172:
 
<td>　</td>  
 
<td>　</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行221: 行220:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===入力ファイルの画像===
+
===[[:Media:Input-3D-Data.ctf | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行239: 行238:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
行262: 行262:
 
SN2:                        0
 
SN2:                        0
 
Inoise2:                    0
 
Inoise2:                    0
−
flagMolecEnvTable:    -1846890496
+
flagMolecEnvTable:    -1922289664
 
defocus2D0:                  0
 
defocus2D0:                  0
 
defocus2D1:                  0
 
defocus2D1:                  0
 
defocus0axis:                0
 
defocus0axis:                0
 
kV:                        200
 
kV:                        200
−
flagWin:          -1831135888  
+
flagWin:          -1906535056  
 
CutLow:                  0.05
 
CutLow:                  0.05
 
CutHigh:                  0.5
 
CutHigh:                  0.5
 
</pre>
 
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-D===
 +
====D=1で実行====
 +
<pre>
 +
defocus:                    1
 +
defocus2D0:                  1
 +
defocus2D1:                  1
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-Cs===
 +
====Cs=2で実行====
 +
<pre>
 +
Cs:                          2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-Cc===
 +
====Cc=1で実行====
 +
<pre>
 +
Cc:                          1
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-dE===
 +
====dE=0.5で実行====
 +
<pre>
 +
dE:                        0.5
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-Ac===
 +
====Ac=100で実行====
 +
<pre>
 +
kV:                        100
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-CutLow===
 +
====CutLow=0.1で実行====
 +
<pre>
 +
CutLow:                    0.1
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-CutHigh===
 +
====CutHigh=0.3で実行====
 +
<pre>
 +
CutHigh:                  0.3
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-I0===
 +
====I0=2で実行====
 +
<pre>
 +
I:                          2
 +
Isignal:                    2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-ratio===
 +
====ratio=0.2で実行====
 +
<pre>
 +
AoverP:                    0.2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-Ai===
 +
====Ai=0.01で実行====
 +
<pre>
 +
Ai:                      0.01
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-BofMTF===
 +
====BofMTF=20で実行====
 +
<pre>
 +
MTF:                        20
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-BofV===
 +
====BofV=5で実行====
 +
<pre>
 +
flagVibration:              1
 +
BofVibration:                5
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-Mag===
 +
====Mag=2で実行====
 +
<pre>
 +
Magnification:              2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-Noise===
 +
====Noise=0.1で実行====
 +
<pre>
 +
flagSN:                      1 
 +
SN:                        0.1
 +
Inoise:                    0.1
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-Noise2===
 +
====Noise2=0.2で実行====
 +
<pre>
 +
flagSN2:                    1 
 +
SN2:                      0.2
 +
Inoise2:                  0.2
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>
 +
 +
 +
===オプション　-MolcEnv2===
 +
====MolcEnv=(ファイル名)で実行====
 +
<pre>
 +
flagMolecEnvTable:              1
 +
MET-File:      (ファイル名)
 +
</pre>
 +
<div>その他の内容は変化なし</div>

2015年1月23日 (金) 09:59時点における最新版

ctfDetermineとは、デフォーカスを決定するためのEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル設定: ASCII(パラメータ) NULL
-D 選択 デフォーカス初期値: [A] 0.0
-Cs 選択 球面収差係数初期値: [mm] 1.7
-Cc 選択 色収差係数初期値: [mm] 1.2
-dE 選択 dE初期値: [mm] 0.2
-Ac 選択 加速電圧: [kV] 200
-CutLow 選択 CutOffLowFrequncy[/A] 0.05
-CutHigh 選択 CutOffHighFrequncy[/A] 0.5
-I0 選択 I0 1.0
-ratio 選択 ratioOfAmpToPhase 0.1
-Ai 選択 照射半角: [mrad] 0.03
-BofMTF 選択 B of MTF [A] 15.0
-BofV 選択 B of Vibration [A] 3.0
-Mag 選択 倍率 1.0
-Noise 選択 S/N比 0.0
-Noise2 選択 S/N比2 0.0
-MolcEnv 選択 Gaussian: Molcular Envelop [A] 0.0
-MolcEnv2 選択 Table: Molcular Envelop NULL
-min 選択 min of coefficient area -10
-max 選択 max of coefficient area 10
-s 選択 step of coefficient 0.01
-d 選択 degree of function 6
-S 選択 section number of fft 4
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination)
16 フィッティング法
32 差分法
64 共分散法
96 差分法+共分散法
128 最小二乗法
160 差分法+最小二乗法 (by Imamura)
161 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)
163 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2)


実行例

入力ファイルの画像

Input-ctfDetermine.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.54801 (35, 32, 8)

1.3162 (35, 0, 55)
-7.58399e-11
0.19545

0.000279214


オプション必須項目のみの場合

I:                           1
Isignal:                     1
Magnification:               1
defocus:                     0
AoverP:                    0.1
Cs:                        1.7
Cc:                        1.2
dE:                        0.2
Ai:                       0.03
MTFMode:                 32767
MTF:                        15
MTF2:              4.59163e-41
flagVibration:               0
BofVibration:                3
flagSN:                      0  
SN:                          0
Inoise:                      0
flagSN2:                     0  
SN2:                         0
Inoise2:                     0
flagMolecEnvTable:     -1922289664
defocus2D0:                  0
defocus2D1:                  0
defocus0axis:                0
kV:                        200
flagWin:           -1906535056  
CutLow:                   0.05
CutHigh:                   0.5


オプション　-D

D=1で実行

defocus:                     1
defocus2D0:                  1
defocus2D1:                  1
その他の内容は変化なし


オプション　-Cs

Cs=2で実行

Cs:                          2
その他の内容は変化なし


オプション　-Cc

Cc=1で実行

Cc:                          1
その他の内容は変化なし


オプション　-dE

dE=0.5で実行

dE:                        0.5
その他の内容は変化なし


オプション　-Ac

Ac=100で実行

kV:                        100
その他の内容は変化なし


オプション　-CutLow

CutLow=0.1で実行

CutLow:                    0.1
その他の内容は変化なし


オプション　-CutHigh

CutHigh=0.3で実行

CutHigh:                   0.3
その他の内容は変化なし


オプション　-I0

I0=2で実行

I:                           2
Isignal:                     2
その他の内容は変化なし


オプション　-ratio

ratio=0.2で実行

AoverP:                    0.2
その他の内容は変化なし


オプション　-Ai

Ai=0.01で実行

Ai:                       0.01
その他の内容は変化なし


オプション　-BofMTF

BofMTF=20で実行

MTF:                        20
その他の内容は変化なし


オプション　-BofV

BofV=5で実行

flagVibration:               1
BofVibration:                5
その他の内容は変化なし


オプション　-Mag

Mag=2で実行

Magnification:               2
その他の内容は変化なし


オプション　-Noise

Noise=0.1で実行

flagSN:                      1  
SN:                        0.1
Inoise:                    0.1
その他の内容は変化なし


オプション　-Noise2

Noise2=0.2で実行

flagSN2:                     1  
SN2:                       0.2
Inoise2:                   0.2
その他の内容は変化なし


オプション　-MolcEnv2

MolcEnv=(ファイル名)で実行

flagMolecEnvTable:               1
MET-File:      (ファイル名)
その他の内容は変化なし

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