「pdb2mrc2d」の版間の差分
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| − | '''pdb2mrc2d''' | + | '''pdb2mrc2d'''は[[PDB]]ファイルを[[mrcImage]]ファイルに変換する[[Eos]]の[[コマンド]]。 |
==オプション一覧== | ==オプション一覧== | ||
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル設定</td> | + | <td>入力ファイル設定: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力ファイル設定(2D)</td> | + | <td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](2D)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行26: | 行26: | ||
<td>-O</td> | <td>-O</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力ファイル設定(3D)</td> | + | <td>出力ファイル設定: [[mrcImage]](3D)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行86: | 行86: | ||
<td>-w</td> | <td>-w</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>重みを設定</td> |
<td>1.0</td> | <td>1.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行92: | 行92: | ||
<td>-sig</td> | <td>-sig</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>原子の半径を指定</td> | + | <td>原子の半径を指定: w* exp (- x^2 / (2*sig^2) ) </td> |
| − | <td>0.0</td> | + | <td>0.0: 0の場合は、点として取り扱う</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行109: | 行109: | ||
</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
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<br> | <br> | ||
<div>※オプション-Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される<br> | <div>※オプション-Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される<br> | ||
| − | + | ※軸を中心にもってきたい場合は、[[pdbInfo]]で軸を調べ、[[pdbMove]]で軸の＋とーを逆にして実行する</div> | |
===RotModeの設定の詳細=== | ===RotModeの設定の詳細=== | ||
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==実行例== | ==実行例== | ||
| − | ===-- | + | ===[[:Media:Input-121P-Move.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== |
<div>[[画像:121p-move-pdb2mrc2d.png]]<br> | <div>[[画像:121p-move-pdb2mrc2d.png]]<br> | ||
| − | + | [[pdbInfo]]でみた入力ファイルの詳細<br> | |
[[画像:121p-move-info-pdb2mrc2d.png]]<br></div> | [[画像:121p-move-info-pdb2mrc2d.png]]<br></div> | ||
| − | + | <br> | |
| − | === | + | |
| + | ===出力ファイルの画像=== | ||
<div>オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する<br> | <div>オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する<br> | ||
今回の入力ファイルでは下記のようにオプションを設定すると、物体がほぼ中心に写る<br></div> | 今回の入力ファイルでは下記のようにオプションを設定すると、物体がほぼ中心に写る<br></div> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
====出力ファイル→2D==== | ====出力ファイル→2D==== | ||
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[[画像:121p.3d-pdb2mrc2d.png]]<br> | [[画像:121p.3d-pdb2mrc2d.png]]<br> | ||
<div>このオプションを使用した場合、二つの画像に相違点はない</div> | <div>このオプションを使用した場合、二つの画像に相違点はない</div> | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | ===オプション -Rot=== |
====-Rot 6 6に設定==== | ====-Rot 6 6に設定==== | ||
=====出力ファイル→2D===== | =====出力ファイル→2D===== | ||
| 行214: | 行217: | ||
=====出力ファイル→3D（2Dの結果を繋ぎ、3Dで出力している）===== | =====出力ファイル→3D（2Dの結果を繋ぎ、3Dで出力している）===== | ||
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<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | ===オプション -S=== |
====-Rot 6 6、-S 30 30 30に設定==== | ====-Rot 6 6、-S 30 30 30に設定==== | ||
=====出力ファイル→2D===== | =====出力ファイル→2D===== | ||
[[画像:121p.2d-S30-pdb2mrc2d.png]] | [[画像:121p.2d-S30-pdb2mrc2d.png]] | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | ===オプション -startEA=== |
====-Rot 6 6、-startEA XOYS 30 30 30に設定==== | ====-Rot 6 6、-startEA XOYS 30 30 30に設定==== | ||
=====出力ファイル→2D===== | =====出力ファイル→2D===== | ||
[[画像:121p.2d-startEA30-pdb2mrc2d.png]] | [[画像:121p.2d-startEA30-pdb2mrc2d.png]] | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | ===オプション -EAMode=== |
====-Rot 6 6、-EAMode XOYSに設定==== | ====-Rot 6 6、-EAMode XOYSに設定==== | ||
=====出力ファイル→2D===== | =====出力ファイル→2D===== | ||
[[画像:121p.2d-EAMove-pdb2mrc2d.png]] | [[画像:121p.2d-EAMove-pdb2mrc2d.png]] | ||
| + | <br> | ||
====-Rot 6 6、-EAMode YOYSに設定==== | ====-Rot 6 6、-EAMode YOYSに設定==== | ||
=====出力ファイル→2D===== | =====出力ファイル→2D===== | ||
[[画像:121p.2d-EAModeY-pdb2mrc2d.png]] | [[画像:121p.2d-EAModeY-pdb2mrc2d.png]] | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | ===オプション -EARot1,-EARot2=== |
====-EARot1 10 20 70,-EARot2 20 50 100に設定==== | ====-EARot1 10 20 70,-EARot2 20 50 100に設定==== | ||
=====出力ファイル→2D===== | =====出力ファイル→2D===== | ||
[[画像:121p.2d-EARot12-pdb2mrc2d.png]] | [[画像:121p.2d-EARot12-pdb2mrc2d.png]] | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | ===オプション -sig=== |
====-sig 1に設定、出力ファイルは-oとする==== | ====-sig 1に設定、出力ファイルは-oとする==== | ||
[[画像:121p.2d-sig-pdb2mrc2d.png]] | [[画像:121p.2d-sig-pdb2mrc2d.png]] | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | ===オプション -w=== |
====-w 10に設定、出力ファイルは-oとする==== | ====-w 10に設定、出力ファイルは-oとする==== | ||
====-wを指定しなかった場合の画像データ==== | ====-wを指定しなかった場合の画像データ==== | ||
[[画像:121p.2d-w1-pdb2mrc2d.png]] | [[画像:121p.2d-w1-pdb2mrc2d.png]] | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
====-w 10を指定した場合の画像データ==== | ====-w 10を指定した場合の画像データ==== | ||
[[画像:121p.2d-w2-pdb2mrc2d.png]] | [[画像:121p.2d-w2-pdb2mrc2d.png]] | ||
| − | + | <br> | |
| − | === | + | |
| + | ===オプション -m=== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td> | + | <td>m=0で実行</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行271: | 行283: | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td> | + | <td>m=1で実行</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行278: | 行290: | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td> | + | <td>m=2で実行</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行285: | 行297: | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td> | + | <td>m=3で実行</td> |
</tr> | </tr> | ||
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2017年7月14日 (金) 02:18時点における最新版
pdb2mrc2dはPDBファイルをmrcImageファイルに変換するEosのコマンド。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定: PDB | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル設定: mrcImage(2D) | NULL |
| -O | 選択 | 出力ファイル設定: mrcImage(3D) | NULL |
| -d | 必須 | 1ピクセルの幅を指定 | 5.0 5.0 |
| -s | 選択 | 画像の位置を指定 | 0.0 0.0 |
| -n | 必須 | 画像のサイズを指定 | 0 0 |
| -Rot | 選択 | 回転（ｘ軸、ｙ軸のみ） | 1 1 |
| -S | 選択 | Z軸→X軸→Y軸の順で回転 | 0.0 0.0 0.0 |
| -startEA | 選択 | オイラー角を設定 | YOYS 0.0 0.0 0.0 |
| -EAMode | 選択 | RotationModeを指定 | YOYS |
| -EARot1 | 選択 | 主となる回転 | 5.0 0.0 180.0 |
| -EARot2 | 選択 | -EARot1とは別の回転 | 5.0 0.0 180.0 |
| -w | 選択 | 重みを設定 | 1.0 |
| -sig | 選択 | 原子の半径を指定: w* exp (- x^2 / (2*sig^2) ) | 0.0: 0の場合は、点として取り扱う |
| -m | 選択 | モード設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | メルカトール図法・等角 |
| 1 | モルワイデ図法・等角 |
| 2 | メルカトール図法・等積 |
| 3 | モルワイデ図法・等積 |
※オプション-Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の＋とーを逆にして実行する
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の＋とーを逆にして実行する
RotModeの設定の詳細
| 一桁目： | どの軸から回転を始めるか設定 |
| 二桁目： | 回転軸の順番を設定１ |
| O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する |
|
| 三桁目： | 回転軸の順番の設定２ |
| Y…順番を維持する N…順番を逆順にする |
|
| 四桁目： | 回転方法を設定 |
| Y…物体そのものをまわす D…座標を移動させる |
実行例
入力ファイルの画像
出力ファイルの画像
オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルでは下記のようにオプションを設定すると、物体がほぼ中心に写る
今回の入力ファイルでは下記のようにオプションを設定すると、物体がほぼ中心に写る
| -d | 0.8 0.8 |
| -s | -40 -40 |
| -n | 100 100 |
出力ファイル→2D
出力ファイル→3D
このオプションを使用した場合、二つの画像に相違点はない
オプション -Rot
-Rot 6 6に設定
出力ファイル→2D
出力ファイル→3D（2Dの結果を繋ぎ、3Dで出力している）
| ｘｙ平面の図 | ｙｚ平面の図 |
 |
 |
オプション -S
-Rot 6 6、-S 30 30 30に設定
出力ファイル→2D
オプション -startEA
-Rot 6 6、-startEA XOYS 30 30 30に設定
出力ファイル→2D
オプション -EAMode
-Rot 6 6、-EAMode XOYSに設定
出力ファイル→2D
-Rot 6 6、-EAMode YOYSに設定
出力ファイル→2D
オプション -EARot1,-EARot2
-EARot1 10 20 70,-EARot2 20 50 100に設定
出力ファイル→2D
オプション -sig
-sig 1に設定、出力ファイルは-oとする
オプション -w
-w 10に設定、出力ファイルは-oとする
-wを指定しなかった場合の画像データ
-w 10を指定した場合の画像データ
オプション -m
| m=0で実行 | |
|
 |
| m=1で実行 | |
 |
ファイル:m1-pdb2mrc2d.png |
| m=2で実行 | |
 |
ファイル:m2-pdb2mrc2d.png |
| m=3で実行 | |
 |
ファイル:m3-pdb2mrc2d.png |
今回の画像では変化がわかりづらいが、画像データの詳細を見ると、変化があることが分かる
