「mrcRefImageCorrelation」の版間の差分

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行1:		行1:
−	'''mrcRefImageCorrelation'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。	+	'''mrcRefImageCorrelation'''とは単一もしくは複数の[[mrcImage]]ファイルと参照像(2Dセット)を比較し、<br>
		+	相関値の最大値と最小値を出力する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
行14:		行15:
	<td>-i</td>		<td>-i</td>
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
−	<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>	+	<td>入力ファイル: [[mrcImage]](2D)</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
行20:		行21:
	<td>-r</td>		<td>-r</td>
	<td>必須</td>		<td>必須</td>
−	<td>参照ファイル: [[mrcImage]]</td>	+	<td>参照ファイル: [[mrcImage]](2Dセット)</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
行26:		行27:
	<td>-I</td>		<td>-I</td>
	<td>選択</td>		<td>選択</td>
−	<td>InputDataFiles</td>	+	<td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td>
	<td>stdin</td>		<td>stdin</td>
	</tr>		</tr>
行47:		行48:
	<td>　</td>		<td>　</td>
	</tr>		</tr>
−	</table>	+	</table>
	===モードの詳細===		===モードの詳細===
行57:		行58:
	<tr>		<tr>
	<td>0</td>		<td>0</td>
−	<td>To find the images in the reference file of min and max correlation.<br>	+	<td>相関の最小と最大となる画像を参照ファイルから探す<br>
−	Correlation is calclated in the real space.</td>	+	実空間で計算する</td>
	</tr>		</tr>
	<tr>		<tr>
	<td>1</td>		<td>1</td>
−	<td>To calculate the correlation between one image of the reference file and input file.<br>	+	<td>参照ファイルと入力ファイルを単一画像間で相関を計算する<br>
−	The calculation is performed in the fourier space and the output is a mrc image file.<br>	+	フーリエ空間で計算し、出力ファイルは[[mrcImage]]となる<br>
−	option z is needed.</td>	+	オプション -z が必要</td>
	</tr>		</tr>
	</table>		</table>
		+
		+	===-I のフォーマット===
		+	<pre>
		+	mrcファイル1
		+	mrcファイル2
		+	.
		+	.
		+	.
		+
		+	</pre>
	== 実行例 ==		== 実行例 ==
−	===参照ファイルの画像===	+	===[[Media:Input-121P1-R.mrc | 参照ファイル]]の画像===
	<table>		<table>
	<tr>		<tr>
−	<td>[[画像:Refer-mrcRefImageCorrelation.png]]</td>	+	<td><p align="center">[[画像:Input-121P1-R163.png]]<br>
−	<td><p align="left">最小<br>	+	z=163<br></p>
		+	</td>
		+	<td><p align="left">サイズ<br>
		+	モード<br>
		+	最小<br>
	最大<br>		最大<br>
	平均値<br>		平均値<br>
行80:		行95:
	標準誤差<br></p>		標準誤差<br></p>
	</td>		</td>
−	<td><p align="left">-1.12463 (7, 0, 62)<br>	+	<td><p align="left">(        56,        27,        326)<br>
−	15 (11, 0, 0)<br>	+	mrcFloatImage <br>
−	4.18957<br>	+	-1503.16 (14, 25, 131)<br>
−	3.05256<br>	+	36873.4 (28, 20, 158)<br>
−	0.016127<br></p>	+	6082.23<br>
		+	6479.76<br>
		+	9.22942<br></p>
	</td>		</td>
	</tr>		</tr>
	</table>		</table>
		+
	===オプション　-i===		===オプション　-i===
−	====入力ファイルを指定して実行====	+	====[[Media:Input-121P1-R163-N.mrc | 入力ファイル]]を指定して実行====
	<div>-i で使用する画像</div>		<div>-i で使用する画像</div>
	<table>		<table>
	<tr>		<tr>
−	<td>[[画像:Input-mrcRefImageCorrelation.png]]</td>	+	<td>[[画像:Input-121P1-R163-N.png]]</td>
	<td><p align="left">最小<br>		<td><p align="left">最小<br>
	最大<br>		最大<br>
行101:		行119:
	標準誤差<br></p>		標準誤差<br></p>
	</td>		</td>
−	<td><p align="left">-1.00808 (6, 8, 69)<br>	+	<td><p align="left">-11845.8 (6, 13, 0)<br>
−	15 (8, 0, 0)<br>	+	35379.1 (26, 16, 0)<br>
−	0.485274<br>	+	5971.45<br>
−	0.601436<br>	+	7299.77<br>
−	0.00330719<br></p>	+	187.73<br></p>
	</td>		</td>
	</tr>		</tr>
行112:		行130:
	<div>出力結果 </div>		<div>出力結果 </div>
	<pre>		<pre>
−	0 0.0162739	+	0 0.74104
−	1 0.0184617	+	1 0.758584
−	2 0.0142153	+	2 0.773967
−	3 0.0110854	+	3 0.78247
−	4 0.0163822	+	4 0.779196
−	5 0.0217035	+
−	6 0.0224571	+
−	7 0.0193035	+
−	8 0.0175828	+
−	9 0.0174063	+
	-中略-		-中略-
−	97 0.0299795	+	160 0.819107
−	98 0.0211237	+	161 0.867341
−	99 0.0200098	+	162 0.937789
−	100 0.0215208	+	163 0.866901
−	101 0.0193045	+	164 0.803931
−	102 0.024879	+
−	103 0.0295699	+	-中略-
−	104 0.0285726	+
−	min 38 0.0100648	+	320 0.74582
−	max 62 0.0303784	+	321 0.756335
		+	322 0.768114
		+	323 0.782429
		+	324 0.785562
		+	min 205 0.729216
		+	max 162 0.937789
	</pre>		</pre>
		+
	===オプション　-I===		===オプション　-I===
行141:		行160:
	<div>-I で使用するデータ</div>		<div>-I で使用するデータ</div>
	<pre>		<pre>
−	/Eos/img/Input.mrc	+	/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc
−	/Eos/img/Input.mrc	+	/Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc
		+	/Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc
	</pre>		</pre>
−	<div>Inputの画像</div>	+	<div>[[Media:Input-121P1-R162.mrc | Input-121P1-R162.mrc]]の画像</div>
		+	<table>
		+	<tr>
		+	<td>[[画像:Input-121P1-R162.png]]</td>
		+	<td><p align="left">最小<br>
		+	最大<br>
		+	平均値<br>
		+	標準偏差<br>
		+	標準誤差<br></p>
		+	</td>
		+	<td><p align="left">-1191.36 (16, 25, 0)<br>
		+	28576.9 (15, 16, 0)<br>
		+	6076.13<br>
		+	6529.7<br>
		+	167.926<br></p>
		+	</td>
		+	</tr>
		+	</table>
		+
		+
		+	<div>Input-121P1-R163-N.mrcは-i の入力ファイルを使用する</div>
		+
		+
		+	<div>[[Media:Input-121P1-R164-N.mrc | Input-121P1-R164-N.mrc]]の画像</div>
	<table>		<table>
	<tr>		<tr>
−	<td>[[画像:Input-mrcRefImageCorrelation.png]]</td>	+	<td>[[画像:Input-121P1-R164-N.png]]</td>
	<td><p align="left">最小<br>		<td><p align="left">最小<br>
	最大<br>		最大<br>
行156:		行199:
	標準誤差<br></p>		標準誤差<br></p>
	</td>		</td>
−	<td><p align="left">-1.00808 (6, 8, 69)<br>	+	<td><p align="left">-20586.3 (8, 8, 0)<br>
−	15 (8, 0, 0)<br>	+	38227.9 (16, 18, 0)<br>
−	0.485274<br>	+	6292.81<br>
−	0.601436<br>	+	9386.21<br>
−	0.00330719<br></p>	+	241.387<br></p>
	</td>		</td>
	</tr>		</tr>
行167:		行210:
	<div>出力結果 </div>		<div>出力結果 </div>
	<pre>		<pre>
−	/Eos/img/Input.mrc min 38 0.0100648 max 62 0.0303784	+	/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc min 270 0.787533 max 161 1
−	/Eos/img/Input.mrc min 38 0.0100648 max 62 0.0303784	+	/Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc min 205 0.729216 max 162 0.937789
		+	/Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc min 5 0.62733 max 163 0.816337
	</pre>		</pre>

---

2014年8月6日 (水) 02:22時点における最新版

mrcRefImageCorrelationとは単一もしくは複数のmrcImageファイルと参照像(2Dセット)を比較し、
相関値の最大値と最小値を出力するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	選択	入力ファイル: mrcImage(2D)	NULL
-r	必須	参照ファイル: mrcImage(2Dセット)	NULL
-I	選択	入力ファイルリスト: ASCII	stdin
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	相関の最小と最大となる画像を参照ファイルから探す 実空間で計算する
1	参照ファイルと入力ファイルを単一画像間で相関を計算する フーリエ空間で計算し、出力ファイルはmrcImageとなる オプション -z が必要

-I のフォーマット

mrcファイル1
mrcファイル2
.
.
.

実行例

参照ファイルの画像

z=163

サイズ モード 最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

( 56, 27, 326) mrcFloatImage -1503.16 (14, 25, 131) 36873.4 (28, 20, 158) 6082.23 6479.76 9.22942

オプション　-i

入力ファイルを指定して実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-11845.8 (6, 13, 0) 35379.1 (26, 16, 0) 5971.45 7299.77 187.73

0 0.74104
1 0.758584
2 0.773967
3 0.78247
4 0.779196

-中略-

160 0.819107
161 0.867341
162 0.937789
163 0.866901
164 0.803931

-中略-

320 0.74582
321 0.756335
322 0.768114
323 0.782429
324 0.785562
min 205 0.729216
max 162 0.937789

オプション　-I

入力ファイルを指定して実行

/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc
/Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc
/Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1191.36 (16, 25, 0) 28576.9 (15, 16, 0) 6076.13 6529.7 167.926

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-20586.3 (8, 8, 0) 38227.9 (16, 18, 0) 6292.81 9386.21 241.387

/Eos/img/Input-121P1-R162.mrc min 270 0.787533 max 161 1
/Eos/img/Input-121P1-R163-N.mrc min 205 0.729216 max 162 0.937789
/Eos/img/Input-121P1-R164-N.mrc min 5 0.62733 max 163 0.816337