「pdbTwoProteinFit」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
細 (Kinoshita がページ「PdbTwoProteinFit」を「pdbTwoProteinFit」に移動しました)
 
(同じ利用者による、間の6版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-ires</td>  
 
<td>-ires</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイル: [ResidueInformation]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[ASCII]](ResidueInformation)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-isel</td>  
 
<td>-isel</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output: Selected residue of in after fitting</td>  
+
<td>出力: Selected residue of in after fitting</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>参照ファイル</td>  
+
<td>参照ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-rres</td>  
 
<td>-rres</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>参照ファイル: [ResidueInformation]</td>  
+
<td>参照ファイル: [[ASCII]](ResidueInformation)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-rsel</td>  
 
<td>-rsel</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output: Selected residue of in after fitting</td>  
+
<td>出力: Selected residue of in after fitting</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行50: 行50:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行56: 行56:
 
<td>-oMatrix</td>  
 
<td>-oMatrix</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: Matrix</td>  
+
<td>出力: Matrix: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行62: 行62:
 
<td>-oParam</td>  
 
<td>-oParam</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: Param</td>  
+
<td>出力: Param: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行68: 行68:
 
<td>-oDis</td>  
 
<td>-oDis</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: PDB Distance as Temp</td>  
+
<td>出力: PDB Distance as Temp: [[PDB]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行74: 行74:
 
<td>-oDis2</td>  
 
<td>-oDis2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: Distance List for Ca</td>  
+
<td>出力: Distance List for Ca: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行115: 行115:
 
If |, all residules are sellected till the residue in the next line
 
If |, all residules are sellected till the residue in the next line
 
</pre>
 
</pre>
 +
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[:Media:Input-121P-T2.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P-PDB2.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|参照ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01  -1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01  <br>
 +
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-ires, -rres===
 +
<div>-ires, -rrseを以下のデータで実行</div>
 +
<div>-ires のデータ</div>
 +
<pre>
 +
1
 +
2
 +
3
 +
4
 +
5
 +
6
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>-rres のデータ</div>
 +
<pre>
 +
1
 +
2
 +
3
 +
4
 +
5
 +
6
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o のデータ(白は入力ファイル)</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-pdbTwoProteinFit.png]]<br>
 +
参照ファイルと同じ角度<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-pdbTwoProteinFit.png]]<br>
 +
別角度<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">5.097651e-01    1.932045e+01    1.188975e+01<br>
 +
3.286711e+01 <br>
 +
23.93      24.14      28.04<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oMatrix のデータ</div>
 +
<pre>
 +
      0.058145      -0.998308        0.000001
 +
      -0.998308      -0.058145      -0.000001
 +
      0.000001      -0.000001      -1.000000
 +
      25.311117      26.828215      -0.000868
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oParam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
RMSBefore: 26.607964
 +
RMSSelectedBefore: 9.794701
 +
RMSSelectedAfter: 1.277625
 +
RMSAfter: 17.793636
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oDis のデータ</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-pdbTwoProteinFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oDis2 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
00001        1.447996
 +
00002        1.329491
 +
00003        0.065775
 +
00004        0.242391
 +
00005        1.683475
 +
00006        1.741168
 +
00007        1.578526
 +
00008        6.625490
 +
00009        3.641384
 +
 +
-中略-
 +
 +
00157      12.396196
 +
00158        8.092867
 +
00159        3.598508
 +
00160        3.239969
 +
00161        1.259487
 +
00162        4.196125
 +
00163        7.037861
 +
00164        6.740162
 +
00165      11.073485
 +
00166      16.325453
 +
</pre>
 +
<br>

2014年8月18日 (月) 01:43時点における最新版

pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-ires 選択 入力ファイル: ASCII(ResidueInformation) NULL
-isel 選択 出力: Selected residue of in after fitting NULL
-r 必須 参照ファイル: PDB NULL
-rres 選択 参照ファイル: ASCII(ResidueInformation) NULL
-rsel 選択 出力: Selected residue of in after fitting NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-oMatrix 選択 出力: Matrix: ASCII stdout
-oParam 選択 出力: Param: ASCII stdout
-oDis 選択 出力: PDB Distance as Temp: PDB stdout
-oDis2 選択 出力: Distance List for Ca: ASCII stdout
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0

入力ファイルと参照ファイルのフォーマット

ResidueNumberToBeFitted
...
If |, all residules are sellected till the residue in the next line


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB2.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


参照ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション　-ires, -rres

-ires, -rrseを以下のデータで実行
-ires のデータ
1
2
3
4
5
6
-rres のデータ
1
2
3
4
5
6


-o のデータ(白は入力ファイル)

Outdata-pdbTwoProteinFit.png
参照ファイルと同じ角度

Outdata1-pdbTwoProteinFit.png
別角度

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01

3.286711e+01

23.93 24.14 28.04


-oMatrix のデータ
       0.058145       -0.998308        0.000001 
      -0.998308       -0.058145       -0.000001 
       0.000001       -0.000001       -1.000000 
      25.311117       26.828215       -0.000868


-oParam のデータ
RMSBefore: 26.607964
RMSSelectedBefore: 9.794701
RMSSelectedAfter: 1.277625
RMSAfter: 17.793636


-oDis のデータ
Outdata2-pdbTwoProteinFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


-oDis2 のデータ
00001        1.447996
00002        1.329491
00003        0.065775
00004        0.242391
00005        1.683475
00006        1.741168
00007        1.578526
00008        6.625490
00009        3.641384

-中略-

00157       12.396196
00158        8.092867
00159        3.598508
00160        3.239969
00161        1.259487
00162        4.196125
00163        7.037861
00164        6.740162
00165       11.073485
00166       16.325453



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=pdbTwoProteinFit&oldid=10610」から取得