「pdbListRMSDCalc」の版間の差分
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td> | + | <td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
| − | <td> | + | <td>選択</td> |
| − | <td>参照ファイル</td> | + | <td>参照ファイル: [[PDB]](m=1でのみ使用)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>出力ファイル</td> | + | <td>出力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
| − | <td></td> | + | <td>平均座標に対するRMSDを出力</td> |
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>1</td> | ||
| + | <td>-r の座標に対するRMSDを出力</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
| − | === | + | ===入力ファイルリストのフォーマット=== |
<pre> | <pre> | ||
PDBファイル1 | PDBファイル1 | ||
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</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===入力ファイルのデータ=== | ||
| + | <pre> | ||
| + | Input-121P-T1.pdb | ||
| + | Input-121P-T2.pdb | ||
| + | Input-121P-T3.pdb | ||
| + | |||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>[[:Media:Input-121P-T1.pdb.zip|Input-121P-T1.pdb]]の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-121P-PDB1.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01<br> | ||
| + | 3.286665e+01<br> | ||
| + | 24.77 22.88 23.78<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>[[:Media:Input-121P-T2.pdb.zip|Input-121P-T2.pdb]]の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-121P-PDB2.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
| + | 3.286664e+01 <br> | ||
| + | 24.77 23.85 28.04 <br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>[[:Media:Input-121P-T3.pdb.zip|Input-121P-T3.pdb]]の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-121P-T3.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01<br> | ||
| + | 3.286711e+01 <br> | ||
| + | 23.93 24.14 28.04<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| + | <div></div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-pdbListRMSDCalc.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left"><br> | ||
| + | <br> | ||
| + | <br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -m=== | ||
| + | ====m=1で実行==== | ||
| + | <div>[[:Media:Input-121P.pdb.zip|参照ファイル]]の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
| + | 3.286664e+01 <br> | ||
| + | 24.77 23.85 28.04<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div></div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-m1-pdbListRMSDCalc.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left"><br> | ||
| + | <br> | ||
| + | <br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
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2014年8月8日 (金) 01:00時点における最新版
pdbListRMSDCalcとはPDBファイルリストのRMSD(平均二乗偏差)を出力するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイルリスト: ASCII | NULL |
| -r | 選択 | 参照ファイル: PDB(m=1でのみ使用) | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 平均座標に対するRMSDを出力 |
| 1 | -r の座標に対するRMSDを出力 |
入力ファイルリストのフォーマット
PDBファイル1
PDBファイル2
.
.
.
実行例
入力ファイルのデータ
Input-121P-T1.pdb Input-121P-T2.pdb Input-121P-T3.pdb
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01 3.286665e+01 |
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
 |
重心 最大半径 |
5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01 3.286711e+01 |
オプション必須項目のみの場合
| ファイル:Outdata-pdbListRMSDCalc.png | 重心 最大半径 |
|
オプション -m
m=1で実行
参照ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
| ファイル:Outdata-m1-pdbListRMSDCalc.png | 重心 最大半径 |
|
