「mrcImageToNAMDConstantForces」の版間の差分
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| 行20: | 行20: | ||
<td>-ip</td> | <td>-ip</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル: PDB</td> | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行26: | 行26: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力: PDB with Constant Force</td> | + | <td>出力: [[PDB]] with Constant Force</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行90: | 行90: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | |||
<div>More Density is lower potential.</div> | <div>More Density is lower potential.</div> | ||
| + | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
| 行104: | 行104: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===入力ファイルの画像=== | ||
| + | <div>[[Media:Input-121P.mrc|-i のファイル]]の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Input-mrcImageTrans.png]]<br> | ||
| + | xy平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageTrans.png]]<br> | ||
| + | yz平面<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 3500.79 (49, 53, 30)<br> | ||
| + | 11.0585<br> | ||
| + | 118.123<br> | ||
| + | 0.118123<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>[[:Media:Input-121P.pdb.zip|-ipのファイル]]の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
| + | 3.286664e+01 <br> | ||
| + | 24.77 23.85 28.04<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-mrcImageToNAMDConstantForces.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">3.329278e+01 4.215719e+01 4.546610e+01<br> | ||
| + | 1.405992e+03<br> | ||
| + | 1199.81 1200.39 1195.50<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
2014年3月28日 (金) 06:16時点における最新版
mrcImageToNAMDConstantForcesとは３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施すEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -ip | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
| -o | 選択 | 出力: PDB with Constant Force | stdout |
| -w | 選択 | 入力: Weight for Constant Force | 1.0 |
| -s | 選択 | 入力: Scaling Factor for Constant Force | 1.0 |
| -C | 選択 | 入力: Contour[if density>Contour, force=0] | 0.0 |
| -R | 選択 | 入力: RotateMode | 0 |
| -RW | 選択 | 入力: RotateWeight | 0.1 |
| -S | 選択 | 入力: Seed | 0.0 |
| -nowat | 選択 | No force for WAT (water residue) | |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
More Density is lower potential.
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
入力ファイルの画像
-i のファイルの画像
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 3500.79 (49, 53, 30) |
-ipのファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
 |
重心 最大半径 |
3.329278e+01 4.215719e+01 4.546610e+01 1.405992e+03 |
