「mrcImageROI」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(ページの作成：「'''mrcImageROI'''とはmrcImage画像ファイルからROIを抽出するためのEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メイ...」)
 
(→‎オプション一覧)
 
(同じ利用者による、間の9版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル(mrcImage)</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](2D)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル(mrcImage)</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](2D ROI)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-r</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>Rectangle ROI (blx, bly, brx, bry, trx, try, tlx, tly)</td>
 +
<td>(0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-x</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>拡大前の幅</td>
 +
<td>1.0(-r で設定される)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-y</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>拡大前の高さ</td>
 +
<td>1.0(-r で設定される)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-a</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>This value [degree] is added to angle of current source image.</td>
 +
<td>0.0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-W</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>拡大後の幅[Pixel]</td>
 +
<td>1.0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-H</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>拡大後の高さ[Pixel]</td>
 +
<td>1.0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-Shift</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>ROI ARea Shift [Pixel](ShiftX, ShiftY)</td>
 +
<td>(0.0, 0.0)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-truePitch</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>truePitch [A]</td>
 +
<td>430.0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-dY</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>Number of turePitch</td>
 +
<td>0.0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-Ly</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>Header Length y [A/Pixel]</td>
 +
<td>5.0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-S</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>When inputfile is shrinked</td>
 +
<td>1</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-c</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>コンフィグファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-m</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>モードを設定</td>
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-h</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>ヘルプを表示</td>
 +
<td>　</td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</div>  
 
</div>  
行27: 行111:
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
 +
[[補間]]の仕方を指定する。
 
<table border="1">  
 
<table border="1">  
 
<div align="left">  
 
<div align="left">  
行32: 行117:
 
<th>モード</th>  
 
<th>モード</th>  
 
<th>説明</th>  
 
<th>説明</th>  
−
0: Nearest Neighbor Method
 
−
1: Bilinear method
 
−
2: Cubic Convolution method
 
−
3: Polynominal method
 
−
 
 
</tr>  
 
</tr>  
−
 
+
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>最近傍法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>線形補間法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>３次補間法</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>3</td>
 +
<td>２次曲面補間法</td>
 +
</tr>
 
</div>  
 
</div>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===------入力ファイルの画像------===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
82.357<br>
 +
119.241<br>
 +
1.49051<br></p>
 +
</td>
 +
<td>ノイズを加えたものを使用<br>
 +
　　－－－－－－＞</td>
 +
<td>[[画像:Input.noiseadd-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
96.8606<br>
 +
123.396<br>
 +
1.54245<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------オプション必須項目のみの場合の出力結果画像------===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
96.8606<br>
 +
123.396<br>
 +
1.54245<br></p>
 +
</td>
 +
<td>※特に変わりがない</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------オプション　-rを使用------===
 +
====-r 10 10 70 20 70 70 10 60で切り取る====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise1.m0r2-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
123.636<br>
 +
126.999<br>
 +
2.2585<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------オプション　-x,-yを使用------===
 +
<table>
 +
<tr><td>-x=100,-y=100の時</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.x100y100-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
82.5123<br>
 +
118.972<br>
 +
1.18972<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr><td>-x=50,-y=50の時</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.x50y50-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
125.118<br>
 +
127.03<br>
 +
2.5406<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------オプション　-aを使用------===
 +
<table>
 +
<tr><td>-a=30の時</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.a30-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
102.184<br>
 +
124.572<br>
 +
1.55715<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------オプション　-W,-Hを使用------===
 +
<table>
 +
<tr><td>-W=100,-H=100の時</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.w100h100-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
95.808<br>
 +
123.128<br>
 +
1.23128<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr><td>-W=50,-H=50の時</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.w50h50-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
95.5624<br>
 +
123.048<br>
 +
2.46095<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<br>
 +
<br>
 +
===------オプション　-Shiftを使用------===
 +
<table>
 +
<tr><td>-Shift=10の時</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.shift1010-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
96.8606<br>
 +
124.572<br>
 +
1.55715<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr><td>-Shift=30の時</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.Shift3030-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
96.8606<br>
 +
123.396<br>
 +
1.54245<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<br>
 +
<br>
 +
===------オプション　-Sを使用------===
 +
<table>
 +
<tr><td>-S=2の時</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.S2-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
97.5262<br>
 +
123.5572<br>
 +
0.777089<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr><td>-S=3の時</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise.S3-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
97.7599<br>
 +
123.612<br>
 +
0.519379<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------モード０～３での処理------===
 +
<div>入力ファイルは-rで処理した画像を使用（変化がわかりやすかった為）</div>
 +
<table>
 +
<tr><td>モード：０</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise1.m0r2-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
96.8606<br>
 +
123.396<br>
 +
1.54245<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr><td>モード：１</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise1.m1r2-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
123.29<br>
 +
103.921<br>
 +
1.84808<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr><td>モード：２</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise1.m2r2-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-89.3528<br>
 +
354.475<br>
 +
123.427<br>
 +
120.789<br>
 +
2.14806<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr><td>モード：３</td></tr>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Inputnoise1.m3r2-mrcImageROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-44414.5<br>
 +
632802<br>
 +
133351<br>
 +
142680<br>
 +
2537.36<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2014年7月30日 (水) 00:55時点における最新版

mrcImageROIとはmrcImage画像ファイルからROIを抽出するためのEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(2D) NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage(2D ROI) NULL
-r 選択 Rectangle ROI (blx, bly, brx, bry, trx, try, tlx, tly) (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0)
-x 選択 拡大前の幅 1.0(-r で設定される)
-y 選択 拡大前の高さ 1.0(-r で設定される)
-a 選択 This value [degree] is added to angle of current source image. 0.0
-W 選択 拡大後の幅[Pixel] 1.0
-H 選択 拡大後の高さ[Pixel] 1.0
-Shift 選択 ROI ARea Shift [Pixel](ShiftX, ShiftY) (0.0, 0.0)
-truePitch 選択 truePitch [A] 430.0
-dY 選択 Number of turePitch 0.0
-Ly 選択 Header Length y [A/Pixel] 5.0
-S 選択 When inputfile is shrinked 1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

補間の仕方を指定する。

モード 説明
0 最近傍法
1 線形補間法
2 ３次補間法
3 ２次曲面補間法

実行例

------入力ファイルの画像------

Input-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.357
119.241

1.49051

 ノイズを加えたものを使用
　　－－－－－－＞		 Input.noiseadd-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
96.8606
123.396

1.54245

------オプション必須項目のみの場合の出力結果画像------

Outdata-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
96.8606
123.396

1.54245

 ※特に変わりがない

------オプション　-rを使用------

-r 10 10 70 20 70 70 10 60で切り取る

Inputnoise1.m0r2-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
123.636
126.999

2.2585

------オプション　-x,-yを使用------

-x=100,-y=100の時
Inputnoise.x100y100-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.5123
118.972

1.18972
-x=50,-y=50の時
Inputnoise.x50y50-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
125.118
127.03

2.5406

------オプション　-aを使用------

-a=30の時
Inputnoise.a30-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
102.184
124.572

1.55715

------オプション　-W,-Hを使用------

-W=100,-H=100の時
Inputnoise.w100h100-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
95.808
123.128

1.23128
-W=50,-H=50の時
Inputnoise.w50h50-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
95.5624
123.048

2.46095



------オプション　-Shiftを使用------

-Shift=10の時
Inputnoise.shift1010-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
96.8606
124.572

1.55715
-Shift=30の時
Inputnoise.Shift3030-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
96.8606
123.396

1.54245



------オプション　-Sを使用------

-S=2の時
Inputnoise.S2-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
97.5262
123.5572

0.777089
-S=3の時
Inputnoise.S3-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
97.7599
123.612

0.519379

------モード０～３での処理------

入力ファイルは-rで処理した画像を使用（変化がわかりやすかった為）
モード：０
Inputnoise1.m0r2-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
96.8606
123.396

1.54245
モード：１
Inputnoise1.m1r2-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
123.29
103.921

1.84808
モード：２
Inputnoise1.m2r2-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-89.3528

354.475
123.427
120.789

2.14806
モード：３
Inputnoise1.m3r2-mrcImageROI.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-44414.5

632802
133351
142680

2537.36

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageROI&oldid=10339」から取得