「mrcImageROIs」の版間の差分

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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===------入力ファイルの画像------===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><img src="input.png"></td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
82.357<br>
 +
119.241<br>
 +
1.49051<br></p>
 +
</td>
 +
<td>ノイズを加えたものを使用<br>
 +
　　－－－－－－＞</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise.r1-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
95.3804<br>
 +
123.024<br>
 +
1.51882<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------Infomationファイルの内容------===
 +
====ファイル形式１: OutFileName Rect  blx bly brx bry trx try tlx tly====
 +
<div>※長方形の座標を指定</div><br>
 +
[[画像:infomation-mrcImageROIs.png"]]
 +
 +
====ファイル形式２: OutFileName Rect2  centerx centery width height====
 +
<div>※画像の中心の座標、幅・高さを指定</div><br>
 +
[[画像:Infomation2-mrcImageROIs.png]]
 +
 +
===------オプション必須項目のみの場合の出力結果画像------===
 +
====Infomationファイルタイプ：Rect====
 +
<div>Infomationファイルの数分、画像が出力される</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0000.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0001.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0002.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0003.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0004.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0005.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0006.roi-mrcImageROIs.png]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
</tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0010.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0011.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0012.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0013.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0014.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0015.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<div>Infomationファイルタイプ：Rect2<br>
 +
[[画像:inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png]]<br></div>
 +
 +
===------オプション　-oを使用------===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-168.927<br>
 +
160.828<br>
 +
-9.74867e-07<br>
 +
111.57<br>
 +
1.18799<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------オプション　-Sを使用------===
 +
====Infomationファイルの15番を表示====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<tr><td>-S=3の時</td></tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0015-S3.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
99.9307<br>
 +
124.111<br>
 +
2.03461<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<tr><td>-S=5の時</td></tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0015-S5.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
82.7682<br>
 +
119.056<br>
 +
1.17877<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------オプション　-width,-heightを使用------===
 +
====-width=10,-height=10に設定====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0015-w10h10.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
203.47<br>
 +
101.588<br>
 +
10.1588<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====-width=50,-height=50に設定====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise-0015-w50h50.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
84.2792<br>
 +
119.61<br>
 +
2.3922<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------モード１：０～２での処理------===
 +
====Infomationファイル：Rectで実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<tr><td>モード：０</td></tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise.r1.M0-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
165<br>
 +
99.2579<br>
 +
54.0903<br>
 +
0.575951<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<tr><td>モード：１</td></tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise-r1.M1-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
65445<br>
 +
25411.9<br>
 +
31831.5<br>
 +
338.94<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<tr><td>モード：２</td></tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-168.927<br>
 +
160.828<br>
 +
-9.74867e-07<br>
 +
111.57<br>
 +
1.18799<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===------モード２：０～２での処理------===
 +
<div>Infomationファイル：Rect2で実行</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<tr><td>モード：０</td></tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
合計<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
106.696<br>
 +
125.405<br>
 +
2.92352<br>
 +
196321<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<tr><td>モード：１</td></tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise1-0000-m1.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
合計<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0<br>
 +
255<br>
 +
106.881<br>
 +
105.188<br>
 +
2.4522<br>
 +
196661<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<tr><td>モード：２</td></tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise1-0000-m2.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
合計<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-65.1789<br>
 +
323.14<br>
 +
106.754<br>
 +
121.757<br>
 +
2.83848<br>
 +
196428<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<tr><td>モード：３</td></tr>
 +
<td>[[画像:inputnoise1-0000-m3.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
合計<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-13045.1<br>
 +
399922<br>
 +
81934.6<br>
 +
82047.6<br>
 +
1912.75<br>
 +
1.5076e+08<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
  
 
== 参考文献 ==
 
== 参考文献 ==

2013年10月16日 (水) 05:30時点における版

mrcImageROIsとはmrcImageファイルから、複数の気になる領域を切り出すためのEosのコマンドである。

アルゴリズム

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル:　画像 NULL
-I 必須 入力ファイル：ROI情報の設定 NULL
-o 選択 出力ファイル：モンタージュファイルの指定 stdout(設定しなければ標準出力）
-S 選択 入力：入力ファイルとROI情報を設定した画像の間で縮小率が異なっていた場合 NULL（縮小が掛かっていないとする）
-w 選択 入力：全てのROIの幅を指定した一定幅にする 0.0（ROI情報ファイルのまま）
-h 選択 入力：全てのROIの高さを指定した一定高さにする 0.0（ROI情報ファイルのまま）
-m 選択 補間方法の指定 0
-M 選択 出力ファイルフォーマットの指定 2

モードの詳細

補間の仕方を指定する。

ROI情報ファイルのフォーマット

出力ファイル名　形　パラメータ

長方形（４隅を指定） 

OutFileName Rect   blx bly brx bry trx try tlx tly

長方形（中心と大きさの指定） 

OutFileName Rect2  centerx centery width height

中心と半径の指定 

OutFileName Circle centerx centery radius

出力ファイルフォーマットの指定

0: Char
1: Short
2: Float


実行例

------入力ファイルの画像------

<img src="input.png">

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.357
119.241

1.49051

 ノイズを加えたものを使用
　　－－－－－－＞		 ファイル:inputnoise.r1-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
95.3804
123.024

1.51882

------Infomationファイルの内容------

ファイル形式１: OutFileName Rect blx bly brx bry trx try tlx tly

※長方形の座標を指定

ファイル:infomation-mrcImageROIs.png"

ファイル形式２: OutFileName Rect2 centerx centery width height

※画像の中心の座標、幅・高さを指定

Infomation2-mrcImageROIs.png

------オプション必須項目のみの場合の出力結果画像------

Infomationファイルタイプ：Rect

Infomationファイルの数分、画像が出力される

</tr>

ファイル:inputnoise-0000.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0001.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0002.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0003.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0004.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0005.roi-mrcImageROIs.png [[画像:inputnoise-0006.roi-mrcImageROIs.png] ファイル:inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png
ファイル:inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0010.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0011.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0012.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0013.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0014.roi-mrcImageROIs.png ファイル:inputnoise-0015.roi-mrcImageROIs.png
Infomationファイルタイプ：Rect2
ファイル:inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png

------オプション　-oを使用------

ファイル:inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-168.927

160.828
-9.74867e-07
111.57

1.18799

------オプション　-Sを使用------

Infomationファイルの15番を表示

</tr> </tr>
-S=3の時
ファイル:inputnoise-0015-S3.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
99.9307
124.111

2.03461

-S=5の時
ファイル:inputnoise-0015-S5.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.7682
119.056

1.17877

------オプション　-width,-heightを使用------

-width=10,-height=10に設定

ファイル:inputnoise-0015-w10h10.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
203.47
101.588

10.1588

-width=50,-height=50に設定

ファイル:inputnoise-0015-w50h50.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
84.2792
119.61

2.3922

------モード１：０～２での処理------

Infomationファイル：Rectで実行

</tr> </tr> </tr>
モード：０
ファイル:inputnoise.r1.M0-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

165
99.2579
54.0903

0.575951

モード：１
ファイル:inputnoise-r1.M1-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

65445
25411.9
31831.5

338.94

モード：２
ファイル:inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-168.927

160.828
-9.74867e-07
111.57

1.18799

------モード２：０～２での処理------

Infomationファイル：Rect2で実行
</tr> </tr> </tr> </tr>
モード：０
ファイル:inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

255
106.696
125.405
2.92352

196321

モード：１
ファイル:inputnoise1-0000-m1.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

255
106.881
105.188
2.4522

196661

モード：２
ファイル:inputnoise1-0000-m2.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

-65.1789

323.14
106.754
121.757
2.83848

196428

モード：３
ファイル:inputnoise1-0000-m3.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

-13045.1

399922
81934.6
82047.6
1912.75

1.5076e+08


参考文献


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