「ctfDetermine」の版間の差分

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行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル設定(mrcImage)</td>  
+
<td>入力ファイル設定: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル設定(Parameters)</td>  
+
<td>出力ファイル設定(パラメータ): [テキスト]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-D</td>  
 
<td>-D</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>InitialDefocus[A]</td>  
+
<td>デフォーカス初期値: [A]</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>InitialCs[mm]</td>  
+
<td>Cs初期値: [mm]</td>  
 
<td>1.7</td>  
 
<td>1.7</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-Cc</td>  
 
<td>-Cc</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>InitialCs[mm]</td>  
+
<td>Cc初期値: [mm]</td>  
 
<td>1.2</td>  
 
<td>1.2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-dE</td>  
 
<td>-dE</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>InitialCs[mm]</td>  
+
<td>dE初期値: [mm]</td>  
 
<td>0.2</td>  
 
<td>0.2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行74: 行74:
 
<td>-ratio</td>  
 
<td>-ratio</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>ratioOfAmpToPhase</td>  
+
<td>振幅比</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行80: 行80:
 
<td>-Ai</td>  
 
<td>-Ai</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>IlluminationAngle[mrad]</td>  
+
<td>照射角度[mrad]</td>  
 
<td>0.03</td>  
 
<td>0.03</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行98: 行98:
 
<td>-Mag</td>  
 
<td>-Mag</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Magnification</td>  
+
<td>倍率</td>  
 
<td>1.0</td>  
 
<td>1.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行104: 行104:
 
<td>-Noise</td>  
 
<td>-Noise</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Signal/Noise Ratio</td>  
+
<td>S/N比</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行110: 行110:
 
<td>-Noise2</td>  
 
<td>-Noise2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Signal/Noise Ratio</td>  
+
<td>S/N比</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行183: 行183:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>MinMax Methods (Henderson-like CTF determination) </td>  
+
<td>ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination) </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>16</td>  
 
<td>16</td>  
−
<td>Fitting Methods </td>  
+
<td>フィッティング法</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>32</td>  
 
<td>32</td>  
−
<td>Differential Methods </td>  
+
<td>差分法 </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>64</td>  
 
<td>64</td>  
−
<td>Covariance Methods</td>  
+
<td>共分散法</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>96</td>  
 
<td>96</td>  
−
<td>Differential & covariance  Methods </td>  
+
<td>差分法+共分散法</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>128</td>  
 
<td>128</td>  
−
<td>MinSquare Methods</td>  
+
<td>最小二乗法</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>160</td>  
 
<td>160</td>  
−
<td>Differential+MinSquare Methods by Imamura </td>  
+
<td>差分法+最小二乗法 (by Imamura)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>161</td>  
 
<td>161</td>  
−
<td>Differential+MinSquare Methods+NoiseRemoval(+1) </td>  
+
<td>差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1) </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>163</td>  
 
<td>163</td>  
−
<td>Differential+MinSquare Methods+NoiseRemoval(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2) </td>  
+
<td>差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2) </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
行221: 行221:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-ctfDetermine.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.54801 (35, 32, 8)<br>
 +
1.3162 (35, 0, 55)<br>
 +
-7.58399e-11<br>
 +
0.19545<br>
 +
0.000279214<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<pre>
 +
I:                          1
 +
Isignal:                    1
 +
Magnification:              1
 +
defocus:                    0
 +
AoverP:                    0.1
 +
Cs:                        1.7
 +
Cc:                        1.2
 +
dE:                        0.2
 +
Ai:                      0.03
 +
MTFMode:                32767
 +
MTF:                        15
 +
MTF2:              4.59163e-41
 +
flagVibration:              0
 +
BofVibration:                3
 +
flagSN:                      0 
 +
SN:                          0
 +
Inoise:                      0
 +
flagSN2:                    0 
 +
SN2:                        0
 +
Inoise2:                    0
 +
flagMolecEnvTable:    -1846890496
 +
defocus2D0:                  0
 +
defocus2D1:                  0
 +
defocus0axis:                0
 +
kV:                        200
 +
flagWin:          -1831135888 
 +
CutLow:                  0.05
 +
CutHigh:                  0.5
 +
</pre>

2013年11月8日 (金) 04:42時点における版

ctfDetermineとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル設定(パラメータ): [テキスト] NULL
-D 選択 デフォーカス初期値: [A] 0.0
-Cs 選択 Cs初期値: [mm] 1.7
-Cc 選択 Cc初期値: [mm] 1.2
-dE 選択 dE初期値: [mm] 0.2
-Ac 選択 Ac[kV] 200
-CutLow 選択 CutOffLowFrequncy[/A] 0.05
-CutHigh 選択 CutOffHighFrequncy[/A] 0.5
-I0 選択 I0 1.0
-ratio 選択 振幅比 0.1
-Ai 選択 照射角度[mrad] 0.03
-BofMTF 選択 B of MTF [A] 15.0
-BofV 選択 B of Vibration [A] 3.0
-Mag 選択 倍率 1.0
-Noise 選択 S/N比 0.0
-Noise2 選択 S/N比 0.0
-MolcEnv 選択 Gaussian: Molcular Envelop [A] 0.0
-MolcEnv2 選択 Table: Molcular Envelop NULL
-min 選択 min of coefficient area -10
-max 選択 max of coefficient area 10
-s 選択 step of coefficient 0.01
-d 選択 agree of function 6
-S 選択 section number of fft 4
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination)
16 フィッティング法
32 差分法
64 共分散法
96 差分法+共分散法
128 最小二乗法
160 差分法+最小二乗法 (by Imamura)
161 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)
163 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2)


実行例

入力ファイルの画像

Input-ctfDetermine.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.54801 (35, 32, 8)

1.3162 (35, 0, 55)
-7.58399e-11
0.19545

0.000279214

オプション必須項目のみの場合

I:                           1
Isignal:                     1
Magnification:               1
defocus:                     0
AoverP:                    0.1
Cs:                        1.7
Cc:                        1.2
dE:                        0.2
Ai:                       0.03
MTFMode:                 32767
MTF:                        15
MTF2:              4.59163e-41
flagVibration:               0
BofVibration:                3
flagSN:                      0  
SN:                          0
Inoise:                      0
flagSN2:                     0  
SN2:                         0
Inoise2:                     0
flagMolecEnvTable:     -1846890496
defocus2D0:                  0
defocus2D1:                  0
defocus0axis:                0
kV:                        200
flagWin:           -1831135888  
CutLow:                   0.05
CutHigh:                   0.5

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