「defocusDeterminationFromThonRing」の版間の差分
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<td>-oI</td> | <td>-oI</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>OutputInformationFile1</td> | + | <td>OutputInformationFile1(mrcImageMultiCTFCompensation and mrcImageCTFCompensation)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>- | + | <td>-oI2</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>OutputInformationFile2</td> | + | <td>OutputInformationFile2(llDataCTFCompensate -I2)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>- | + | <td>-oI3</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>OutputInformationFile3</td> | + | <td>OutputInformationFile3(llExtractWithLayerSeparation)<br> |
| + | Options: -truePitch, -PixelSize, -deltadY and -ctfMode</td> | ||
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行80: | 行81: | ||
<td>-truePitch</td> | <td>-truePitch</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td></td> | + | <td>True Pitch</td> |
| − | <td></td> | + | <td>430</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>-</td> | + | <td>-PixelSize</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td></td> | + | <td>Pixel Size [A]</td> |
| − | <td></td> | + | <td>5</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>-</td> | + | <td>-deltadY</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
<td></td> | <td></td> | ||
| 行96: | 行97: | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>-</td> | + | <td>-deltadY</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td></td> | + | <td>A range of deltadY to determine dY.</td> |
| − | <td></td> | + | <td>0.5</td> |
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-R</td> | ||
| + | <td>Variable</td> | ||
| + | <td>ThonRing[/A]</td> | ||
| + | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行134: | 行141: | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
<td></td> | <td></td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | ===CTFModeの詳細=== | ||
| + | <table border="1"> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <th>モード</th> | ||
| + | <th>説明</th> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>0</td> | ||
| + | <td>Phase CTF </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>1</td> | ||
| + | <td>PhaseCTF + ratio*AmpCTF </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
2013年10月18日 (金) 05:34時点における版
defocusDeterminationFromThonRingとはEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 選択 | 入力ファイル設定 | stdin |
| -iN | 選択 | InputNameInInformationFile | stdin |
| -iR | 選択 | InputReferenceForLength | stdin |
| -o | 選択 | 出力ファイル設定 | stdout |
| -oI | 選択 | OutputInformationFile1(mrcImageMultiCTFCompensation and mrcImageCTFCompensation) | stdout |
| -oI2 | 選択 | OutputInformationFile2(llDataCTFCompensate -I2) | stdout |
| -oI3 | 選択 | OutputInformationFile3(llExtractWithLayerSeparation) Options: -truePitch, -PixelSize, -deltadY and -ctfMode |
stdout |
| -kV | 選択 | kV | 200 |
| -Cs | 選択 | Cs[mm] | 2.1 |
| -AoveP | 選択 | The ratio of amplitude contrast to phase contrast | 0.05 |
| -ctfMode | 選択 | CTFMode | 0 |
| -truePitch | 選択 | True Pitch | 430 |
| -PixelSize | 選択 | Pixel Size [A] | 5 |
| -deltadY | 選択 | ||
| -deltadY | 選択 | A range of deltadY to determine dY. | 0.5 |
| -R | Variable | ThonRing[/A] | NULL |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | |
| 1 |
CTFModeの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Phase CTF |
| 1 | PhaseCTF + ratio*AmpCTF |
