「mrcImageSolventFlattening」の版間の差分

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行38: 行38:
 
<td>-density</td>  
 
<td>-density</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>embed mean lower than density value</td>  
+
<td>溶液の平均密度(下回る値を補正する)</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-Floating</td>  
 
<td>-Floating</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>data minus mean of Solvent</td>  
+
<td>データから溶液の平均密度を引く</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行62: 行62:
 
<td>-m</td>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>モードを設定</td>  
+
<td>モードを設定(-densityの方が優先される)</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行73: 行73:
 
</table>  
 
</table>  
  
−
<div>-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range <br>
+
<div>-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range</div>
−
-density is stronger than -m</div>
+
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行102: 行101:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (41, 10, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
111.211<br>
 +
32.7239<br>
 +
0.409049<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">111 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
123.826<br>
 +
21.2012<br>
 +
0.265015<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 111.211
 +
SD: 32.7239
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-sd===
 +
====sd=1で実行====
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-sd-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">143 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
146.528<br>
 +
11.5143<br>
 +
0.143928<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 111.211
 +
SD: 32.7239
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-density===
 +
====density=64で実行====
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-density-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">64 (8, 0, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
111.86<br>
 +
31.5489<br>
 +
0.394361<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 64
 +
SD: 0
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-Floating===
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Floating-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
143 (42, 36, 0)<br>
 +
12.3614<br>
 +
20.8806<br>
 +
0.261008<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 111.211
 +
SD: 32.7239
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-m===
 +
====m=6で実行====
 +
<div>-o の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m6-mrcImageSolventFlattening.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">102 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (42, 36, 0)<br>
 +
119.567<br>
 +
24.0291<br>
 +
0.300364<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-oparam のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Mean: 102.875
 +
SD: 24.7022
 +
</pre>

2013年12月19日 (木) 03:18時点における版

mrcImageSolventFlatteningとは溶液と考えられる部分の平滑化を行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-rmax 選択 rmax [A] 190
-sd 選択 Assign voxels below MeanOfSolvent+Range*SDofSolvent as Solvent 0
-density 選択 溶液の平均密度(下回る値を補正する) 0
-Floating 選択 データから溶液の平均密度を引く
-oparam 選択 出力: パラメータ stdout
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定(-densityの方が優先される) 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range

モードの詳細

モード 説明
0 mean of all density
1 mean of sphere surface density at rmax
2 mean of cylinder surface density at rmax
6 mean of 2D Edge X=0 or N.x-1


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (41, 10, 0)

255 (42, 36, 0)
111.211
32.7239

0.409049


オプション必須項目のみの場合

-o の画像
Outdata-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

111 (0, 0, 0)

255 (42, 36, 0)
123.826
21.2012

0.265015
-oparam のデータ
Mean: 111.211
SD: 32.7239


オプション　-sd

sd=1で実行

-o の画像
Outdata-sd-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

143 (0, 0, 0)

255 (42, 36, 0)
146.528
11.5143

0.143928
-oparam のデータ
Mean: 111.211
SD: 32.7239


オプション　-density

density=64で実行

-o の画像
Outdata-density-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

64 (8, 0, 0)

255 (42, 36, 0)
111.86
31.5489

0.394361
-oparam のデータ
Mean: 64
SD: 0


オプション　-Floating

-o の画像
Outdata-Floating-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

143 (42, 36, 0)
12.3614
20.8806

0.261008
-oparam のデータ
Mean: 111.211
SD: 32.7239


オプション　-m

m=6で実行

-o の画像
Outdata-m6-mrcImageSolventFlattening.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

102 (0, 0, 0)

255 (42, 36, 0)
119.567
24.0291

0.300364
-oparam のデータ
Mean: 102.875
SD: 24.7022

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