「mrcImagesSinogramCorrelation」の版間の差分

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'''mrcImagesSinogramCorrelation'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''mrcImagesSinogramCorrelation'''とは複数のシノグラムに対して相関を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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</pre>
 
</pre>
−
<div>ファイル名とEAの間には,(カンマ)を入れなければならない。</div>
+
<div>ファイル名とEAの間には,(カンマ)を入れなければならない。<br>
 +
出力ファイル名の関係上、ファイル名は相対パスを使用する。</div>
 
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<pre>
 
<pre>
 
Rd/Nd/oH-Nd.LE
 
Rd/Nd/oH-Nd.LE
−
(Result/Normal/test-Normal.list)
+
例: Result/Normal/test-Normal.list
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>
  
−
====correlation file====
+
====相関ファイル====
 
<pre>
 
<pre>
 
Rd/Nd/infile1_infile2.Nd.CE
 
Rd/Nd/infile1_infile2.Nd.CE
−
(Result/Normal/test1_test2.Normal.cor)
+
例: Result/Normal/test1_test2.Normal.cor
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルのデータ===
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-2D-sin.mrc, YOYS 0 0 0
 +
Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc, YOYS 90 0 0
 +
Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc, YOYS 180 0 0
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-2D-sin.mrc|Input-1VOM-2D-sin.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-2D-sin.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-3045.85 (79, 268, 0)<br>
 +
1.53325e+06 (27, 1, 0)<br>
 +
589315<br>
 +
378411<br>
 +
2229.81<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc|Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-Rot-2D-sin.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-16429.6 (78, 357, 0)<br>
 +
1.31372e+06 (44, 38, 0)<br>
 +
536988<br>
 +
293780<br>
 +
1731.11<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc|Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-Rot1-2D-sin.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1794.29 (78, 8, 0)<br>
 +
1.43582e+06 (52, 1, 0)<br>
 +
537888<br>
 +
381064<br>
 +
2245.44<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[0]=80
 +
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[1]=80
 +
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[2]=80
 +
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[3]=80
 +
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[4]=80
 +
 +
-中略-
 +
 +
LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[355]=78
 +
LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[356]=78
 +
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[357]=80
 +
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[358]=80
 +
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[359]=80
 +
LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[0]=59
 +
LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[1]=59
 +
LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[2]=59
 +
LengthCorrelation=0.983051 InLength[0]=58 RefLength[3]=60
 +
LengthCorrelation=0.974790 InLength[0]=58 RefLength[4]=61
 +
 +
-中略-
 +
 +
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[355]=59
 +
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[356]=59
 +
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[357]=59
 +
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[358]=59
 +
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[359]=59
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイル一覧<br>
 +
デフォルト設定の場合、以下のようなファイル構成となる。</div>
 +
 +
<pre>
 +
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/test-Derivation1D.list
 +
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/test-Derivation2D.list
 +
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Length/test-Length.list
 +
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor
 +
$EOS_HOME/Result/Normal/test-Normal.list
 +
</pre>
 +
<br>

2014年2月10日 (月) 01:49時点における版

mrcImagesSinogramCorrelationとは複数のシノグラムに対して相関を行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-I 必須 入力ファイルリスト: ASCII NULL
-oH 選択 出力ファイル設定(ヘッダ) test
-Rd 選択 output results directory name Result
-Nd 選択 directory name of output normalcorrelation in results directory Normal
-D1d 選択 directory name of output derivation1Dcorrelation in results directory Derivation1D
-D2d 選択 directory name of output derivation2Dcorrelation in results directory Derivation2D
-Ld 選択 directory name of output lengthcorrelation in results directory Length
-CE 選択 output correlation file extension cor
-LE 選択 output file list extension list
-Nm 選択 0
-D1m 選択 0
-D2m 選択 0
-Lm 選択 0
-LTM 選択 LengthThresholdMode 0
-LTR 選択 LengthThresholdRatio 0.25
-CM 選択 CreateMode 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


-Nm の詳細

モード 説明
0 creat normal correlation (-Nd)
1 not creat normal correlation


-D1m の詳細

モード 説明
0 creat derivation1D correlation (-D1d)
1 not creat derivation1D correlation


-D2m の詳細

モード 説明
0 creat derivation2D correlation (-D2d)
1 not creat derivation2D correlation


-Lm の詳細

モード 説明
0 creat length correlation (-Ld, -LTM, -LTR)
1 not creat length correlation


-CM の詳細

モード 説明
0 image of correlation and list
1 list only


-I のフォーマット

ファイル1,  EA1  Rot1-1  Rot1-2  Rot1-3
ファイル2,  EA2  Rot2-1  Rot2-2  Rot2-3
ファイル3,  EA3  Rot3-1  Rot3-2  Rot3-3
      .       ,     .        .            .           .
      .       ,     .        .            .           .
      .       ,     .        .            .           .
ファイル名とEAの間には,(カンマ)を入れなければならない。
出力ファイル名の関係上、ファイル名は相対パスを使用する。


作成されるディレクトリおよびファイル

ディレクトリ

Rd
Rd/Nd (D1d, D2d, Ld)


リストファイル

Rd/Nd/oH-Nd.LE
例: Result/Normal/test-Normal.list


相関ファイル

Rd/Nd/infile1_infile2.Nd.CE
例: Result/Normal/test1_test2.Normal.cor


実行例

入力ファイルのデータ

Input-1VOM-2D-sin.mrc,	YOYS	0	0	0
Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc,	YOYS	90	0	0
Input-1VOM-Rot1-2D-sin.mrc,	YOYS	180	0	0


Input-1VOM-2D-sin.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-3045.85 (79, 268, 0)

1.53325e+06 (27, 1, 0)
589315
378411

2229.81


Input-1VOM-Rot-2D-sin.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-16429.6 (78, 357, 0)

1.31372e+06 (44, 38, 0)
536988
293780

1731.11


Input-1VOM-Rot1-2D-sin.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1794.29 (78, 8, 0)

1.43582e+06 (52, 1, 0)
537888
381064

2245.44


オプション必須項目のみの場合

出力結果
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[0]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[1]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[2]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[3]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[4]=80

-中略-

LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[355]=78
LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[356]=78
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[357]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[358]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[359]=80
LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[0]=59
LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[1]=59
LengthCorrelation=0.991453 InLength[0]=58 RefLength[2]=59
LengthCorrelation=0.983051 InLength[0]=58 RefLength[3]=60
LengthCorrelation=0.974790 InLength[0]=58 RefLength[4]=61

-中略-

LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[355]=59
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[356]=59
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[357]=59
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[358]=59
LengthCorrelation=0.848921 InLength[359]=80 RefLength[359]=59


出力ファイル一覧
デフォルト設定の場合、以下のようなファイル構成となる。
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation1D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/test-Derivation1D.list
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Derivation2D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/test-Derivation2D.list
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Length.cor
$EOS_HOME/Result/Length/test-Length.list
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot1-2D-sin.Normal.cor
$EOS_HOME/Result/Normal/test-Normal.list



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