mrcImagesSinogramCorrelation

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mrcImagesSinogramCorrelationとは複数のシノグラムに対して相関を行うEosのコマンドである。出力ファイルはWeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogramなどで使用することができる。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-I 必須 入力ファイルリスト: ASCII NULL
-oH 選択 リストファイル名のヘッダ test
-Rd 選択 出力ディレクトリ Result
-Nd 選択 正規相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される) Normal
-D1d 選択 1次元微分相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される) Derivation1D
-D2d 選択 2次元微分相関の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される) Derivation2D
-Ld 選択 相関長の出力ディレクトリ(-Rd 内に作成される) Length
-CE 選択 相関ファイルの拡張子 cor
-LE 選択 リストファイルの拡張子 list
-Nm 選択 正規相関の出力 0
-D1m 選択 1次元微分相関の出力 0
-D2m 選択 2次元微分相関の出力 0
-Lm 選択 相関長の出力 0
-LTM 選択 LengthThresholdMode 0
-LTR 選択 LengthThresholdRatio 0.25
-CM 選択 出力するファイルの設定 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


-Nm の詳細

モード 説明
0 正規相関を出力する(-Nd で出力ディレクトリ指定)
1 正規相関を出力しない


-D1m の詳細

モード 説明
0 1次元微分相関を出力する(-D1d で出力ディレクトリ指定)
1 1次元微分相関を出力しない


-D2m の詳細

モード 説明
0 2次元微分相関を出力する(-D2d で出力ディレクトリ指定)
1 2次元微分相関を出力しない


-Lm の詳細

モード 説明
0 相関長を出力する (-Ld で出力ディレクトリ指定, -LTM, -LTR)
1 相関長を出力しない


-CM の詳細

モード 説明
0 相関データとリストを出力する
1 リストのみ出力する


-I のフォーマット

ファイル1,  EA1  Rot1-1  Rot1-2  Rot1-3
ファイル2,  EA2  Rot2-1  Rot2-2  Rot2-3
ファイル3,  EA3  Rot3-1  Rot3-2  Rot3-3
      .       ,     .        .            .           .
      .       ,     .        .            .           .
      .       ,     .        .            .           .
ファイル名とEAの間には,(カンマ)を入れなければならない。
ファイル名の先頭を/にすると命名規則により相関ファイルを作成できないので注意。


作成されるディレクトリおよびファイル

ディレクトリ

Rd
Rd/Nd (D1d, D2d, Ld)
例: Result/Normal/
ディレクトリが既に存在している場合はデータを作成できないので注意。


リストファイル

Rd/Nd/oH-Nd.LE
例: Result/Normal/test-Normal.list


相関ファイル

Rd/Nd/infile1_infile2.Nd.CE
例: Result/Normal/test1_test2.Normal.cor


実行例

入力ファイルのデータ

Input-1VOM-2D-sin.mrc,	YOYS	0	0	0
Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc,	YOYS	90	0	0
Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc,	YOYS	0	90	0


Input-1VOM-2D-sin.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-3045.85 (79, 268, 0)

1.53325e+06 (27, 1, 0)
589315
378411

2229.81


Input-1VOM-Rot-2D-sin.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-16429.6 (78, 357, 0)

1.31372e+06 (44, 38, 0)
536988
293780

1731.11


Input-1VOM-Rot3-2D-sin.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1732.14 (3, 3, 0)

1.39371e+06 (51, 202, 0)
533594
366888

2161.91


オプション必須項目のみの場合

出力結果
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[0]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[1]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[2]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[3]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=58 RefLength[4]=80
LengthCorrelation=0.872180 InLength[0]=58 RefLength[5]=75
LengthCorrelation=0.872180 InLength[0]=58 RefLength[6]=75

-中略-

LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[355]=78
LengthCorrelation=0.852941 InLength[359]=58 RefLength[356]=78
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[357]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[358]=80
LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=58 RefLength[359]=80
LengthCorrelation=1.000000 InLength[0]=58 RefLength[0]=58
LengthCorrelation=0.945455 InLength[0]=58 RefLength[1]=52
LengthCorrelation=0.905660 InLength[0]=58 RefLength[2]=48
LengthCorrelation=0.862745 InLength[0]=58 RefLength[3]=44
LengthCorrelation=0.925926 InLength[0]=58 RefLength[4]=50

-中略-

LengthCorrelation=0.973451 InLength[359]=58 RefLength[355]=55
LengthCorrelation=0.973451 InLength[359]=58 RefLength[356]=55
LengthCorrelation=0.973451 InLength[359]=58 RefLength[357]=55
LengthCorrelation=0.973451 InLength[359]=58 RefLength[358]=55
LengthCorrelation=0.973451 InLength[359]=58 RefLength[359]=55
LengthCorrelation=0.840580 InLength[0]=80 RefLength[0]=58
LengthCorrelation=0.787879 InLength[0]=80 RefLength[1]=52
LengthCorrelation=0.750000 InLength[0]=80 RefLength[2]=48
LengthCorrelation=0.709677 InLength[0]=80 RefLength[3]=44
LengthCorrelation=0.769231 InLength[0]=80 RefLength[4]=50

-中略-

LengthCorrelation=0.840580 InLength[359]=80 RefLength[350]=58
LengthCorrelation=0.881119 InLength[359]=80 RefLength[351]=63
LengthCorrelation=0.881119 InLength[359]=80 RefLength[352]=63
LengthCorrelation=0.873239 InLength[359]=80 RefLength[353]=62
LengthCorrelation=0.796992 InLength[359]=80 RefLength[354]=53
LengthCorrelation=0.814815 InLength[359]=80 RefLength[355]=55
LengthCorrelation=0.814815 InLength[359]=80 RefLength[356]=55
LengthCorrelation=0.814815 InLength[359]=80 RefLength[357]=55
LengthCorrelation=0.814815 InLength[359]=80 RefLength[358]=55
LengthCorrelation=0.814815 InLength[359]=80 RefLength[359]=55


出力ファイル一覧
デフォルト設定の場合、以下のようなファイル構成となる。
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation1D/test-Derivation1D.list
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor
$EOS_HOME/Result/Derivation2D/test-Derivation2D.list
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor
$EOS_HOME/Result/Length/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor
$EOS_HOME/Result/Length/test-Length.list
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor
$EOS_HOME/Result/Normal/Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor
$EOS_HOME/Result/Normal/test-Normal.list


オプション　-Nm

Nm=0(デフォルト)で実行

Normalディレクトリ以下のデータ


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor
Outdata-Nm-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.925733 (174, 223, 0)

0.986152 (271, 281, 0)
0.203463
0.411921

0.00114423


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor
Outdata-Nm1-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.969656 (10, 168, 0)

0.96977 (10, 357, 0)
0.199734
0.487223

0.0013534


Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor
Outdata-Nm2-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.79716 (206, 183, 0)

0.986575 (190, 120, 0)
0.251101
0.368028

0.0010223


test-Normal.list
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 1
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Normal.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 0.000000 4.712389 1


オプション　-D1d

D1d=0(デフォルト)で実行

Derivation1Dディレクトリ以下のデータ


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor
Outdata-D1d-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.999642 (131, 329, 0)

0.921779 (132, 73, 0)
0.0604004
0.241042

0.00066956


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor
Outdata-D1d1-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.995358 (132, 121, 0)

0.991247 (133, 4, 0)
0.0859721
0.247723

0.000688118


Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor
Outdata-D1d2-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.98175 (356, 217, 0)

0.97865 (0, 217, 0)
0.0731451
0.245175

0.000681042


test-Derivation1D.list
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 1
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation1D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 0.000000 4.712389 1


オプション　-D2d

D2d=0(デフォルト)で実行

Derivation2Dディレクトリ以下のデータ


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor
Outdata-D2d-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1 (285, 75, 0)

1 (285, 61, 0)
nan
nan

nan


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor
Outdata-D2d1-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1 (158, 33, 0)

1 (158, 30, 0)
0.0945901
0.227151

0.000630976


Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor
Outdata-D2d2-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.970911 (132, 30, 0)

1 (135, 30, 0)
0.104829
0.220026

0.000611183


test-Derivation2D.list
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 1
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Derivation2D.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 0.000000 4.712389 1


オプション　-Ld

Ld=0(デフォルト)で実行

Lengthディレクトリ以下のデータ


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor
Outdata-Ld-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.778626 (27, 38, 0)

1 (27, 0, 0)
0.946219
0.047809

0.000132803


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor
Outdata-Ld2-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.699187 (27, 191, 0)

1 (0, 0, 0)
0.93032
0.0611702

0.000169917


Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor
Outdata-Ld1-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.699187 (0, 191, 0)

1 (67, 0, 0)
0.93353
0.0580325

0.000161201


test-Length.list
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 1
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 0.000000 4.712389 1


オプション　-LTR

LTR=0.5で実行

Lengthディレクトリ以下のデータ


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor
Outdata-LTR-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0487805 (28, 303, 0)

1 (28, 0, 0)
0.864734
0.122153

0.000339315


Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor
Outdata-LTR1-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.16092 (28, 68, 0)

1 (1, 0, 0)
0.849408
0.121498

0.000337494


Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor
Outdata-LTR2-mrcImagesSinogramCorrelation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0487805 (303, 31, 0)

1 (31, 0, 0)
0.849326
0.135625

0.000376735


test-Length.list
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1
Input-1VOM-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 0.000000 0.000000 z-rotation
Input-1VOM-Rot-2D-sin_Input-1VOM-Rot3-2D-sin.Length.cor Input-1VOM-Rot-2D-sin.mrc Input-1VOM-Rot3-2D-sin.mrc 1.570796 1.570796 1



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