「mrcImageSymmetryFind」の版間の差分
提供: Eospedia
(→実行例) |
|||
| 行203: | 行203: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===[[Media:FlagellaSection-0001.roi | 入力ファイル]]を使ったデータ == | ||
| + | |||
| + | $ mrcImageSymmetryFind -i FlagellaSection-0001.roi -O FlagellaSection.info1 -nRange 10 16 -A FlagellaSection)-0001.avg1 -centreMode 0 -m1 1 -m2 1 -t1 1.5 | ||
| + | |||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:FlagellaSection-0001.roi.png]]</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:FlagellaSection-0001.avg1.png]]</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[Media:FlagellaSection-0001.info1 | 対称性チェック]]</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | |||
| + | |||
| + | |||
| + | |||
| + | |||
===[[Media:Input-2D-Data1-s.mrc | 入力ファイル]]の画像=== | ===[[Media:Input-2D-Data1-s.mrc | 入力ファイル]]の画像=== | ||
<table> | <table> | ||
2015年11月10日 (火) 22:54時点における版
mrcImageSymmetryFindとは、対称性を見出すためのEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -O | 選択 | 出力: ASCII(Symmetry Infomation) | stdout |
| -A | 選択 | 出力: mrcImage(Average) | NULL |
| -centreMode | 選択 | centreMode | 1 |
| -t1 | 選択 | Threshold of CheckByAdd | 1.8 |
| -t2 | 選択 | Threshold in deciding the symmetry number | 0.9 |
| -m1 | 選択 | Mode of Check | 3 |
| -m2 | 選択 | Mode of Substruction | 2 |
| -dr | 選択 | Delta r of outputfile. | 1 |
| -dtheta | 選択 | Delta theta of outputfile. [degree] | 1 |
| -n | 選択 | Check to the number | 10 |
| -nRange | 選択 | Checkto the number: (nmin, nmax) | (2, 10) |
| -In | 選択 | 入力ファイル: (Image, Back) | (NULL, NULL) |
| -rangex | 選択 | 入力: (minx, maxx, delx) | (-3, 3, 1) |
| -rangey | 選択 | 入力: (miny, maxy, dely) | (-3, 3, 1) |
| -rangez | 選択 | 入力: (minz, maxz, delz) | (0, 0, 1) |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-centreMode の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Centre is GC (gravity of centre) |
| 1 | Centre is Rotational Symmetry |
-m1 の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 1 | Check by Add |
| 2 | Check by Correlation |
| 4 | Check by Fourier |
| 8 | Check by TTest |
| 16 | Check by SRP |
-m2 の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | No Subtraction |
| 1 | Mean Subtraction |
| 2 | Min Subtraction |
-In のフォーマット
Image, Backのフォーマット
mrcファイル1 mrcファイル2 . .
実行例
= 入力ファイルを使ったデータ
$ mrcImageSymmetryFind -i FlagellaSection-0001.roi -O FlagellaSection.info1 -nRange 10 16 -A FlagellaSection)-0001.avg1 -centreMode 0 -m1 1 -m2 1 -t1 1.5
 |
 |
| 対称性チェック |
入力ファイルの画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 65535 (14, 1, 0) |
オプション必須項目のみの場合
出力結果
2 -> value: 1.000000 point: 33.333332 3 -> value: 0.000000 point: 0.000000 4 -> value: 3.000000 point: 100.000000 5 -> value: 1.000000 point: 33.333332 6 -> value: 1.000000 point: 33.333332 7 -> value: 1.000000 point: 33.333332 8 -> value: 0.000000 point: 0.000000 9 -> value: 1.000000 point: 33.333332 10 -> value: 0.000000 point: 0.000000 Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction) 2 -> value: 0.754960 point: 25.118885 3 -> value: 0.747752 point: 5.859963 4 -> value: 0.782986 point: 100.000000 5 -> value: 0.754746 point: 24.546839 6 -> value: 0.757313 point: 31.407404 7 -> value: 0.745559 point: 0.000000 8 -> value: 0.776130 point: 81.683868 9 -> value: 0.751637 point: 16.241667 10 -> value: 0.744289 point: -3.392937 Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction)
-o をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 1 1 0 0.748045 2 0 0.757302 3 0 0.777038 4 0 0.751623 5 0 0.751097 6 0 0.751701 7 0 0.750209 8 0 0.744015 9 0 0.775344 -中略- 350 0 0.745883 351 0 0.775344 352 0 0.744015 353 0 0.750209 354 0 0.751701 355 0 0.751097 356 0 0.751623 357 0 0.777038 358 0 0.757302 359 0 0.748045
-A の画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 65535 (14, 1, 0) |
