「mrc2Dto3D」の版間の差分
提供: Eospedia
| 行7: | 行7: | ||
各パラメータ設定やモード指定を行う。 | 各パラメータ設定やモード指定を行う。 | ||
| − | + | <table border=1 align="left"> | |
<tr> | <tr> | ||
<th>オプション</th> | <th>オプション</th> | ||
| 行149: | 行149: | ||
投影像のモード指定を行う。 | 投影像のモード指定を行う。 | ||
| − | + | <table border="1" align="left"> | |
<tr> | <tr> | ||
<th>モード</th> | <th>モード</th> | ||
| 行162: | 行162: | ||
<td>フィルター逆投影</td> | <td>フィルター逆投影</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| − | + | </table> | |
===-singleの詳細=== | ===-singleの詳細=== | ||
| 行168: | 行168: | ||
傾斜軸を指定する。 | 傾斜軸を指定する。 | ||
| − | + | <table border="1" align="left"> | |
<tr> | <tr> | ||
<th>モード</th> | <th>モード</th> | ||
| 行181: | 行181: | ||
<td>傾斜軸をｙ軸と平行にする</td> | <td>傾斜軸をｙ軸と平行にする</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| − | + | </table> | |
===-WeightModeの詳細=== | ===-WeightModeの詳細=== | ||
| 行187: | 行187: | ||
計算時の重みを指定する。 | 計算時の重みを指定する。 | ||
| − | + | <table border="1" align="left"> | |
<tr> | <tr> | ||
<th>モード</th> | <th>モード</th> | ||
| 行216: | 行216: | ||
<td>フーリエ空間：cos包配 -CounterThreshold 0.5とする</td> | <td>フーリエ空間：cos包配 -CounterThreshold 0.5とする</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| − | + | </table> | |
===-InterpolationModeの詳細=== | ===-InterpolationModeの詳細=== | ||
| 行222: | 行222: | ||
計算方法を指定する。 | 計算方法を指定する。 | ||
| − | + | <table border="1" align="left"> | |
<tr> | <tr> | ||
<th>モード</th> | <th>モード</th> | ||
| 行243: | 行243: | ||
<td>多項式法</td> | <td>多項式法</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| − | + | </table> | |
2010年11月8日 (月) 09:44時点における版
mrc2Dto3Dは電子顕微鏡画像である2D画像を3D画像にするEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
各パラメータ設定やモード指定を行う。
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -I | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -O | 選択 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -single | 選択 | 傾斜軸を一つに設定 | 1 |
| -InterpolationMode | 選択 | 展開モード | 1 |
| -Double | 選択 | 傾斜軸を２つに設定 | |
| -DoubleCounter | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 ２つの傾斜軸を選択し、設定する |
NULL |
| -CounterThreshold | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値 |
1e-6 |
| -CounterThresholdMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値のモード |
0 |
| -WeightMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心のモード |
0 |
| -thicknessWeight | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心の深さ |
|
| -Sub | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 下位サンプリング |
1 |
| -PlusXrot | 選択 | rasmolのためにｘ軸を180°回転 | |
| -SIRT | 選択 | 同時反復再構成法 | |
| -max | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の最大値設定 |
30 |
| -rms | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の平方２乗平均を設定 |
1.0 |
| -CTF | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 CTFInfoファイルを設定 |
NULL |
| -m | 選択 | モード | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-mの詳細
投影像のモード指定を行う。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 単純な逆投影 |
| 1 | フィルター逆投影 |
-singleの詳細
傾斜軸を指定する。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 傾斜軸をｘ軸と平行にする |
| 1 | 傾斜軸をｙ軸と平行にする |
-WeightModeの詳細
計算時の重みを指定する。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 1 | 実空間：円（同じ密度） |
| 2 | 実空間：円（加重密度） |
| 3 | 実空間：正方形（加重密度） |
| 4 | フーリエ空間：平面（同じ密度）-CounterThreshold 0.5とする |
| 5 | フーリエ空間：線形包配 -CounterThreshold 0.5とする |
| 6 | フーリエ空間：cos包配 -CounterThreshold 0.5とする |
-InterpolationModeの詳細
計算方法を指定する。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 最短距離法 |
| 1 | 線形補間法 |
| 2 | ３次補間法 |
| 3 | 多項式法 |
