「mrc2Dto3D」の版間の差分
提供: Eospedia
| 行8: | 行8: | ||
<table border=1 align="left"> | <table border=1 align="left"> | ||
| − | + | <tr> | |
| − | + | <th>オプション</th> | |
| − | + | <th>必須項目/選択項目</th> | |
| − | + | <th>説明</th> | |
| − | + | <th>デフォルト</th> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-i</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>入力ファイル設定</td> | |
| − | + | <td>NULL</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-I</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>入力ファイル設定</td> | |
| − | + | <td>NULL</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-o</td> | |
| − | + | <td>必須</td> | |
| − | + | <td>出力ファイル設定</td> | |
| − | + | <td>NULL</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-O</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>出力ファイル設定</td> | |
| − | + | <td>NULL</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-single</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>傾斜軸を一つに設定</td> | |
| − | + | <td>1</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-InterpolationMode</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>展開モード</td> | |
| − | + | <td>1</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-Double</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>傾斜軸を２つに設定</td> | |
| − | + | <td> </td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-DoubleCounter</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | |
| − | + | ２つの傾斜軸を選択し、設定する</td> | |
| − | + | <td>NULL</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-CounterThreshold</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | |
| − | + | 波形の谷の閾値</td> | |
| − | + | <td>1e-6</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-CounterThresholdMode</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | |
| − | + | 波形の谷の閾値のモード</td> | |
| − | + | <td>0</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-WeightMode</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | |
| − | + | 重心のモード</td> | |
| − | + | <td>0</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-thicknessWeight</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | |
| − | + | 重心の深さ</td> | |
| − | + | <td> </td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-Sub</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | |
| − | + | 下位サンプリング</td> | |
| − | + | <td>1</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-PlusXrot</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>rasmolのためにｘ軸を180°回転</td> | |
| − | + | <td> </td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-SIRT</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>同時反復再構成法</td> | |
| − | + | <td> </td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-max</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>-SIRTを宣言した上で使用<br> | |
| − | + | 同時反復再構成法の最大値設定</td> | |
| − | + | <td>30</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-rms</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>-SIRTを宣言した上で使用<br> | |
| − | + | 同時反復再構成法の平方２乗平均を設定</td> | |
| − | + | <td>1.0</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-CTF</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>-SIRTを宣言した上で使用<br> | |
| − | + | CTFInfoファイルを設定</td> | |
| − | + | <td>NULL</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-m</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>モード</td> | |
| − | + | <td>0</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>-h</td> | |
| − | + | <td>選択</td> | |
| − | + | <td>ヘルプを表示</td> | |
| − | + | <td> </td> | |
| − | + | </tr> | |
</table> | </table> | ||
| 行150: | 行150: | ||
<table border="1" align="left"> | <table border="1" align="left"> | ||
| − | + | <tr> | |
| − | + | <th>モード</th> | |
| − | + | <th>説明</th> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>0</td> | |
| − | + | <td>単純な逆投影</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>1</td> | |
| − | + | <td>フィルター逆投影</td> | |
| − | + | </tr> | |
</table> | </table> | ||
| 行169: | 行169: | ||
<table border="1" align="left"> | <table border="1" align="left"> | ||
| − | + | <tr> | |
| − | + | <th>モード</th> | |
| − | + | <th>説明</th> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>0</td> | |
| − | + | <td>傾斜軸をｘ軸と平行にする</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>1</td> | |
| − | + | <td>傾斜軸をｙ軸と平行にする</td> | |
| − | + | </tr> | |
</table> | </table> | ||
| 行188: | 行188: | ||
<table border="1" align="left"> | <table border="1" align="left"> | ||
| − | + | <tr> | |
| − | + | <th>モード</th> | |
| − | + | <th>説明</th> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>1</td> | |
| − | + | <td>実空間：円（同じ密度）</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>2</td> | |
| − | + | <td>実空間：円（加重密度）</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>3</td> | |
| − | + | <td>実空間：正方形（加重密度）</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>4</td> | |
| − | + | <td>フーリエ空間：平面（同じ密度）-CounterThreshold 0.5とする</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>5</td> | |
| − | + | <td>フーリエ空間：線形包配 -CounterThreshold 0.5とする</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>6</td> | |
| − | + | <td>フーリエ空間：cos包配 -CounterThreshold 0.5とする</td> | |
| − | + | </tr> | |
</table> | </table> | ||
| 行223: | 行223: | ||
<table border="1" align="left"> | <table border="1" align="left"> | ||
| − | + | <tr> | |
| − | + | <th>モード</th> | |
| − | + | <th>説明</th> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>0</td> | |
| − | + | <td>最短距離法</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>1</td> | |
| − | + | <td>線形補間法</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>2</td> | |
| − | + | <td>３次補間法</td> | |
| − | + | </tr> | |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <td>3</td> | |
| − | + | <td>多項式法</td> | |
| − | + | </tr> | |
</table> | </table> | ||
2010年11月8日 (月) 09:53時点における版
mrc2Dto3Dは電子顕微鏡画像である2D画像を3D画像にするEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
各パラメータ設定やモード指定を行う。
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -I | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -O | 選択 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -single | 選択 | 傾斜軸を一つに設定 | 1 |
| -InterpolationMode | 選択 | 展開モード | 1 |
| -Double | 選択 | 傾斜軸を２つに設定 | |
| -DoubleCounter | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 ２つの傾斜軸を選択し、設定する |
NULL |
| -CounterThreshold | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値 |
1e-6 |
| -CounterThresholdMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値のモード |
0 |
| -WeightMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心のモード |
0 |
| -thicknessWeight | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心の深さ |
|
| -Sub | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 下位サンプリング |
1 |
| -PlusXrot | 選択 | rasmolのためにｘ軸を180°回転 | |
| -SIRT | 選択 | 同時反復再構成法 | |
| -max | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の最大値設定 |
30 |
| -rms | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の平方２乗平均を設定 |
1.0 |
| -CTF | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 CTFInfoファイルを設定 |
NULL |
| -m | 選択 | モード | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-mの詳細
投影像のモード指定を行う。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 単純な逆投影 |
| 1 | フィルター逆投影 |
-singleの詳細
傾斜軸を指定する。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 傾斜軸をｘ軸と平行にする |
| 1 | 傾斜軸をｙ軸と平行にする |
-WeightModeの詳細
計算時の重みを指定する。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 1 | 実空間：円（同じ密度） |
| 2 | 実空間：円（加重密度） |
| 3 | 実空間：正方形（加重密度） |
| 4 | フーリエ空間：平面（同じ密度）-CounterThreshold 0.5とする |
| 5 | フーリエ空間：線形包配 -CounterThreshold 0.5とする |
| 6 | フーリエ空間：cos包配 -CounterThreshold 0.5とする |
-InterpolationModeの詳細
計算方法を指定する。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 最短距離法 |
| 1 | 線形補間法 |
| 2 | ３次補間法 |
| 3 | 多項式法 |
