「mrcImageROIs」の版間の差分

2013年11月22日 (金) 03:54時点における版

mrcImageROIsとはmrcImageファイルから、複数の気になる領域を切り出すためのEosのコマンドである。

アルゴリズム

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル:　画像	NULL
-I	必須	入力ファイル：ROI情報の設定	NULL
-o	選択	出力ファイル：モンタージュファイルの指定	stdout(設定しなければ標準出力）
-S	選択	入力：入力ファイルとROI情報を設定した画像の間で縮小率が異なっていた場合	NULL（縮小が掛かっていないとする）
-w	選択	入力：全てのROIの幅を指定した一定幅にする	0.0（ROI情報ファイルのまま）
-h	選択	入力：全てのROIの高さを指定した一定高さにする	0.0（ROI情報ファイルのまま）
-m	選択	補間方法の指定	0
-M	選択	出力ファイルフォーマットの指定	2

モードの詳細

補間の仕方を指定する。

ROI情報ファイルのフォーマット

出力ファイル名　形　パラメータ

長方形（４隅を指定）

OutFileName Rect   blx bly brx bry trx try tlx tly

長方形（中心と大きさの指定）

OutFileName Rect2  centerx centery width height

中心と半径の指定

OutFileName Circle centerx centery radius

出力ファイルフォーマットの指定

0: Char
1: Short
2: Float

実行例

------入力ファイルの画像------

ファイル:input-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.357
119.241

1.49051

ノイズを加えたものを使用
　　－－－－－－＞

ファイル:inputnoise.r1-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
95.3804
123.024

1.51882

------Infomationファイルの内容------

ファイル形式１: OutFileName Rect blx bly brx bry trx try tlx tly

※長方形の座標を指定

inputnoise-0000.roi Rect 6 6 26 6 26 26 6 26
inputnoise-0001.roi Rect 20 6 40 6 40 26 20 26
inputnoise-0002.roi Rect 40 6 60 6 60 26 40 26
inputnoise-0003.roi Rect 54 6 74 6 74 26 54 26
inputnoise-0004.roi Rect 6 20 26 20 26 40 6 40
inputnoise-0005.roi Rect 20 20 40 20 40 40 20 40
inputnoise-0006.roi Rect 40 20 60 20 60 40 40 40
inputnoise-0007.roi Rect 54 20 74 20 74 40 54 40
inputnoise-0008.roi Rect 6 40 26 40 26 60 6 60
inputnoise-0009.roi Rect 20 40 40 40 40 60 20 60
inputnoise-0010.roi Rect 40 40 60 40 60 60 40 60
inputnoise-0011.roi Rect 54 40 74 40 74 60 54 60
inputnoise-0008.roi Rect 6 54 26 54 26 74 6 74
inputnoise-0009.roi Rect 20 54 40 54 40 74 20 74
inputnoise-0010.roi Rect 40 54 60 54 60 74 40 74
inputnoise-0011.roi Rect 54 54 74 54 74 74 54 74

ファイル形式２: OutFileName Rect2 centerx centery width height

※画像の中心の座標、幅・高さを指定

------オプション必須項目のみの場合の出力結果画像------

Infomationファイルタイプ：Rect

Infomationファイルの数分、画像が出力される

ファイル:inputnoise-0000.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0001.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0002.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0003.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0004.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0005.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0006.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png
ファイル:inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0010.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0011.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0012.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0013.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0014.roi-mrcImageROIs.png	ファイル:inputnoise-0015.roi-mrcImageROIs.png

Infomationファイルタイプ：Rect2

ファイル:inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png

------オプション　-oを使用------

ファイル:inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-168.927

160.828
-9.74867e-07
111.57

1.18799

------オプション　-Sを使用------

Infomationファイルの15番を表示

-S=3の時

ファイル:inputnoise-0015-S3.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
99.9307
124.111

2.03461

-S=5の時

ファイル:inputnoise-0015-S5.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.7682
119.056

1.17877

------オプション　-width,-heightを使用------

-width=10,-height=10に設定

ファイル:inputnoise-0015-w10h10.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
203.47
101.588

10.1588

-width=50,-height=50に設定

ファイル:inputnoise-0015-w50h50.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
84.2792
119.61

2.3922

------モード１：０～２での処理------

Infomationファイル：Rectで実行

モード：０

ファイル:inputnoise.r1.M0-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

165
99.2579
54.0903

0.575951

モード：１

ファイル:inputnoise-r1.M1-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

65445
25411.9
31831.5

338.94

モード：２

ファイル:inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-168.927

160.828
-9.74867e-07
111.57

1.18799

------モード２：０～２での処理------

Infomationファイル：Rect2で実行

モード：０

ファイル:inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

255
106.696
125.405
2.92352

196321

モード：１

ファイル:inputnoise1-0000-m1.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

255
106.881
105.188
2.4522

196661

モード：２

ファイル:inputnoise1-0000-m2.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

-65.1789

323.14
106.754
121.757
2.83848

196428

モード：３

ファイル:inputnoise1-0000-m3.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

-13045.1

399922
81934.6
82047.6
1912.75

1.5076e+08

参考文献

@@ 行122: / 行122: @@
 ====ファイル形式１: OutFileName Rect   blx bly brx bry trx try tlx tly====
 		<div>※長方形の座標を指定</div><br>
-		[[画像:infomation-mrcImageROIs.png]]
+<pre>
+inputnoise-0000.roi Rect 6 6 26 6 26 26 6 26
+inputnoise-0001.roi Rect 20 6 40 6 40 26 20 26
+inputnoise-0002.roi Rect 40 6 60 6 60 26 40 26
+inputnoise-0003.roi Rect 54 6 74 6 74 26 54 26
+inputnoise-0004.roi Rect 6 20 26 20 26 40 6 40
+inputnoise-0005.roi Rect 20 20 40 20 40 40 20 40
+inputnoise-0006.roi Rect 40 20 60 20 60 40 40 40
+inputnoise-0007.roi Rect 54 20 74 20 74 40 54 40
+inputnoise-0008.roi Rect 6 40 26 40 26 60 6 60
+inputnoise-0009.roi Rect 20 40 40 40 40 60 20 60
+inputnoise-0010.roi Rect 40 40 60 40 60 60 40 60
+inputnoise-0011.roi Rect 54 40 74 40 74 60 54 60
+inputnoise-0008.roi Rect 6 54 26 54 26 74 6 74
+inputnoise-0009.roi Rect 20 54 40 54 40 74 20 74
+inputnoise-0010.roi Rect 40 54 60 54 60 74 40 74
+inputnoise-0011.roi Rect 54 54 74 54 74 74 54 74
+</pre>
 ====ファイル形式２: OutFileName Rect2  centerx centery width height====
@@ 行142: / 行160: @@
 			<td>[[画像:inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 		</tr>
+		<tr>
 			<td>[[画像:inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td>[[画像:inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
@@ 行152: / 行171: @@
 		</tr>
 	</table>
-	<div>Infomationファイルタイプ：Rect2<br>
-	[[画像:inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png]]<br></div>
+====Infomationファイルタイプ：Rect2====
+	[[画像:inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png]]<br>
 ===------オプション　-oを使用------===
@@ 行173: / 行193: @@
 		</tr>
 	</table>
 ===------オプション　-Sを使用------===
 ====Infomationファイルの15番を表示====
+=====-S=3の時=====
 	<table>
 		<tr>
-			<tr><td>-S=3の時</td></tr>
 			<td>[[画像:inputnoise-0015-S3.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td><p align="left">最小<br>
@@ 行193: / 行213: @@
 			</td>
 		</tr>
+	</table>
+=====-S=5の時=====
+	<table>
 		<tr>
-			<tr><td>-S=5の時</td></tr>
 			<td>[[画像:inputnoise-0015-S5.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td><p align="left">最小<br>
@@ 行210: / 行233: @@
 		</tr>
 	</table>
 ===------オプション　-width,-heightを使用------===
 ====-width=10,-height=10に設定====
@@ 行252: / 行275: @@
 ===------モード１：０～２での処理------===
 ====Infomationファイル：Rectで実行====
+=====モード：０=====
 	<table>
 		<tr>
-			<tr><td>モード：０</td></tr>
 			<td>[[画像:inputnoise.r1.M0-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td><p align="left">最小<br>
@@ 行269: / 行292: @@
 			</td>
 		</tr>
+	</table>
+=====モード：１=====
+	<table>
 		<tr>
-			<tr><td>モード：１</td></tr>
 			<td>[[画像:inputnoise-r1.M1-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td><p align="left">最小<br>
@@ 行285: / 行311: @@
 			</td>
 		</tr>
+	</table>
+=====モード：２=====
+	<table>
 		<tr>
-			<tr><td>モード：２</td></tr>
 			<td>[[画像:inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td><p align="left">最小<br>
@@ 行304: / 行333: @@
 ===------モード２：０～２での処理------===
-	<div>Infomationファイル：Rect2で実行</div>
+====Infomationファイル：Rect2で実行====
+=====モード：０=====
 	<table>
 		<tr>
-			<tr><td>モード：０</td></tr>
 			<td>[[画像:inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td><p align="left">最小<br>
@@ 行324: / 行353: @@
 			</td>
 		</tr>
+	</table>
+=====モード：１=====
+	<table>
 		<tr>
-			<tr><td>モード：１</td></tr>
 			<td>[[画像:inputnoise1-0000-m1.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td><p align="left">最小<br>
@@ 行342: / 行374: @@
 			</td>
 		</tr>
+	</table>
+=====モード：２=====
+	<table>
 		<tr>
-			<tr><td>モード：２</td></tr>
 			<td>[[画像:inputnoise1-0000-m2.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td><p align="left">最小<br>
@@ 行360: / 行395: @@
 			</td>
 		</tr>
+	</table>
+=====モード：３=====
+	<table>
 		<tr>
-			<tr><td>モード：３</td></tr>
 			<td>[[画像:inputnoise1-0000-m3.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 			<td><p align="left">最小<br>

「mrcImageROIs」の版間の差分

2013年11月22日 (金) 03:54時点における版

目次

アルゴリズム

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

ROI情報ファイルのフォーマット

出力ファイルフォーマットの指定

実行例

------入力ファイルの画像------

------Infomationファイルの内容------

ファイル形式１: OutFileName Rect blx bly brx bry trx try tlx tly

ファイル形式２: OutFileName Rect2 centerx centery width height

------オプション必須項目のみの場合の出力結果画像------

Infomationファイルタイプ：Rect

Infomationファイルタイプ：Rect2

------オプション -oを使用------

------オプション -Sを使用------

Infomationファイルの15番を表示

-S=3の時

-S=5の時

------オプション -width,-heightを使用------

-width=10,-height=10に設定

-width=50,-height=50に設定

------モード１：０～２での処理------

Infomationファイル：Rectで実行

モード：０

モード：１

モード：２

------モード２：０～２での処理------

Infomationファイル：Rect2で実行

モード：０

モード：１

モード：２

モード：３

参考文献

案内メニュー

検索

------オプション　-oを使用------

------オプション　-Sを使用------

------オプション　-width,-heightを使用------