「mrcImageSymmetryFind」の版間の差分
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| 行190: | 行190: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
| + | ===-In のフォーマット=== | ||
| + | <div>Image, Backのフォーマット</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | mrcファイル1 | ||
| + | mrcファイル2 | ||
| + | . | ||
| + | . | ||
| + | |||
| + | </pre> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===[[Media:Input-2D-Data1-s.mrc | 入力ファイル]]の画像=== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-2D-Data1-s.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 65535 (14, 1, 0)<br> | ||
| + | 24950.9<br> | ||
| + | 31821.5<br> | ||
| + | 776.135<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| + | <div>-o を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | 0 0 1 | ||
| + | 1 0 0.748045 | ||
| + | 2 0 0.757302 | ||
| + | 3 0 0.777038 | ||
| + | 4 0 0.751623 | ||
| + | 5 0 0.751097 | ||
| + | 6 0 0.751701 | ||
| + | 7 0 0.750209 | ||
| + | 8 0 0.744015 | ||
| + | 9 0 0.775344 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | 350 0 0.745883 | ||
| + | 351 0 0.775344 | ||
| + | 352 0 0.744015 | ||
| + | 353 0 0.750209 | ||
| + | 354 0 0.751701 | ||
| + | 355 0 0.751097 | ||
| + | 356 0 0.751623 | ||
| + | 357 0 0.777038 | ||
| + | 358 0 0.757302 | ||
| + | 359 0 0.748045 | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | <div>-A の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-mrcImageSymmetryFind.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 65535 (14, 1, 0)<br> | ||
| + | 42883.4<br> | ||
| + | 31166<br> | ||
| + | 760.147<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
2014年2月3日 (月) 03:09時点における版
mrcImageSymmetryFindとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -O | 選択 | 出力: [Symmetry Infomation] | stdout |
| -A | 選択 | 出力: [Average] | NULL |
| -centreMode | 選択 | centreMode | 1 |
| -t1 | 選択 | Threshold of CheckByAdd | 1.8 |
| -t2 | 選択 | Threshold in deciding the symmetry number | 0.9 |
| -m1 | 選択 | Mode of Check | 3 |
| -m2 | 選択 | Mode of Substruction | 2 |
| -dr | 選択 | Delta r of outputfile. | 1 |
| -dtheta | 選択 | Delta theta of outputfile. [degree] | 1 |
| -n | 選択 | Check to the number | 10 |
| -nRange | 選択 | Checkto the number: (nmin, nmax) | (2, 10) |
| -In | 選択 | 入力ファイル: (Image, Back) | (NULL, NULL) |
| -rangex | 選択 | 入力: (minx, maxx, delx) | (-3, 3, 1) |
| -rangey | 選択 | 入力: (miny, maxy, dely) | (-3, 3, 1) |
| -rangez | 選択 | 入力: (minz, maxz, delz) | (0, 0, 1) |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-centreMode の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Centre is GC (gravity of centre) |
| 1 | Centre is Rotational Symmetry |
-m1 の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 1 | Check by Add |
| 2 | Check by Correlation |
| 4 | Check by Fourier |
| 8 | Check by TTest |
| 16 | Check by SRP |
-m2 の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | No Subtraction |
| 1 | Mean Subtraction |
| 2 | Min Subtraction |
-In のフォーマット
Image, Backのフォーマット
mrcファイル1 mrcファイル2 . .
実行例
入力ファイルの画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 65535 (14, 1, 0) |
オプション必須項目のみの場合
-o をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 1 1 0 0.748045 2 0 0.757302 3 0 0.777038 4 0 0.751623 5 0 0.751097 6 0 0.751701 7 0 0.750209 8 0 0.744015 9 0 0.775344 -中略- 350 0 0.745883 351 0 0.775344 352 0 0.744015 353 0 0.750209 354 0 0.751701 355 0 0.751097 356 0 0.751623 357 0 0.777038 358 0 0.757302 359 0 0.748045
-A の画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 65535 (14, 1, 0) |
