「mrcImagePCA」の版間の差分

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</table>  
 
</table>  
 
<br>
 
<br>
 +
 +
<div>-o は以下のデータを使用する</div>
 +
<pre>
 +
Outdata0-mrcImagePCA.mrc
 +
Outdata1-mrcImagePCA.mrc
 +
Outdata2-mrcImagePCA.mrc
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>データの先頭が極端に大きいので画像は[[mrcImageWindowing]]で補正している</div>
 +
<br>
 +
 +
<div>Outdata0-mrcImagePCA.mrc</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata0-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.00138839 (2, 0, 0)<br>
 +
107098 (1, 0, 0)<br>
 +
200.692<br>
 +
4325.59<br>
 +
144.186<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Outdata1-mrcImagePCA.mrc</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-105568 (1, 0, 0)<br>
 +
76769.3 (0, 0, 0)<br>
 +
-31.9984<br>
 +
4350.89<br>
 +
145.03<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Outdata2-mrcImagePCA.mrc</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-150295 (0, 0, 0)<br>
 +
0.00131568 (6, 0, 0)<br>
 +
-168.694<br>
 +
5007.24<br>
 +
166.908<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-O===
 +
<div>-O のデータ</div>
 +
<pre>
 +
  0  848  11295979840.68  59.97
 +
  1  933  7538968371.30  100.00
 +
  2  1077  0.00  100.00
 +
  3  231  0.00  100.00
 +
  4  122  0.00  100.00
 +
  5  184  0.00  100.00
 +
  6  1398  0.00  100.00
 +
 +
-中略-
 +
 +
791  1198  0.00  100.00
 +
792  1201  0.00  100.00
 +
793    55  0.00  100.00
 +
794  437  0.00  100.00
 +
795  996  0.00  100.00
 +
796  732  0.00  100.00
 +
797  251  0.00  100.00
 +
798  618  0.00  100.00
 +
799  657  0.00  100.00
 +
800  1325  0.00  100.00
 +
 +
-中略-
 +
 +
1595  450  -0.00  100.00
 +
1596  888  -0.00  100.00
 +
1597  1068  -0.00  100.00
 +
1598  1259  -0.00  100.00
 +
1599  1132  -0.00  100.00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-EPSO===
 +
<div>-EPSO のデータ</div>
 +
<pre>
 +
1000/1279200 = 0.078174 % current 9.66421e+07 EPS 100 2 sec
 +
2000/1279200 = 0.156348 % current 7.96464e+07 EPS 100 4 sec
 +
3000/1279200 = 0.234522 % current 1.3266e+07 EPS 100 6 sec
 +
4000/1279200 = 0.312695 % current 2.07992e+06 EPS 100 9 sec
 +
5000/1279200 = 0.390869 % current 76309.2 EPS 100 11 sec
 +
6000/1279200 = 0.469043 % current 663.412 EPS 100 14 sec
 +
EPSbreak
 +
6080/1279200 = 0.475297 % current 99.6128 EPS 100 14 sec
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-E===
 +
<div>-E のデータ</div>
 +
<div>デフォルト設定でnumE=10であるので10個のファイルができる</div>
 +
<div>eigen.00000</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata10-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.0991027 (17, 12, 0)<br>
 +
0.0947194 (8, 21, 0)<br>
 +
2.23033e-05<br>
 +
0.025<br>
 +
0.000625<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>eigen.00001</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata11-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.0995859 (18, 23, 0)<br>
 +
0.092875 (12, 22, 0)<br>
 +
0.000144147<br>
 +
0.0249996<br>
 +
0.00062499<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>eigen.00002</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata12-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.000641438 (8, 21, 0)<br>
 +
0.999987 (37, 26, 0)<br>
 +
0.000625099<br>
 +
0.0249922<br>
 +
0.000624805<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
-中略-
 +
 +
<div>eigen.00009</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata19-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.00053598 (13, 23, 0)<br>
 +
0.999988 (14, 4, 0)<br>
 +
0.000624184<br>
 +
0.0249922<br>
 +
0.000624805<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-numE===
 +
====numE=2で実行====
 +
<div>-E のデータ</div>
 +
<div>eigen.00000</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata20-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.0991027 (17, 12, 0)<br>
 +
0.0947194 (8, 21, 0)<br>
 +
2.23033e-05<br>
 +
0.025<br>
 +
0.000625<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>eigen.00001</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata21-mrcImagePCA.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.0995859 (18, 23, 0)<br>
 +
0.092875 (12, 22, 0)<br>
 +
0.000144147<br>
 +
0.0249996<br>
 +
0.00062499<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2014年2月12日 (水) 04:58時点における版

mrcImagePCAとは複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイルリスト NULL
-o 必須 出力ファイルリスト NULL
-EPS 選択 EPS: lambda<EPS, stop calculation. 1e2
-NX 選択 ピクセル数: Nx 30
-NY 選択 ピクセル数: Ny 30
-O 選択 出力ファイル: vectorfile NULL
-EPSO 選択 出力ファイル: EPSOutput: caletimefile NULL
-E 選択 出力: eigenImage eigen
-numE 選択 Number of eigenImages 10
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


-i, -oのフォーマット

ファイル1
ファイル2
.
.


実行例

入力ファイルのデータ

Input-121P-2D-P.mrc
Input-121P-2D1-P.mrc
Input-121P-2D2-P.mrc
Input-121P-2D-P.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0)

29741.8 (13, 23, 0)
5686.81
5820.04

145.501


Input-121P-2D1-P.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0)

30528.7 (8, 21, 0)
5656.23
6199.33

154.983


Input-121P-2D2-P.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0)

29425.9 (17, 12, 0)
5666.16
6154.34

153.858


-o は以下のデータを使用する
Outdata0-mrcImagePCA.mrc
Outdata1-mrcImagePCA.mrc
Outdata2-mrcImagePCA.mrc


オプション必須項目のみの場合

データの先頭が極端に大きいので画像はmrcImageWindowingで補正している


Outdata0-mrcImagePCA.mrc
Outdata0-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.00138839 (2, 0, 0)

107098 (1, 0, 0)
200.692
4325.59

144.186
Outdata1-mrcImagePCA.mrc
Outdata1-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-105568 (1, 0, 0)

76769.3 (0, 0, 0)
-31.9984
4350.89

145.03
Outdata2-mrcImagePCA.mrc
Outdata2-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-150295 (0, 0, 0)

0.00131568 (6, 0, 0)
-168.694
5007.24

166.908


オプション　-O

-O のデータ
   0   848  11295979840.68  59.97
   1   933  7538968371.30  100.00
   2  1077   0.00  100.00
   3   231   0.00  100.00
   4   122   0.00  100.00
   5   184   0.00  100.00
   6  1398   0.00  100.00

-中略-

 791  1198   0.00  100.00
 792  1201   0.00  100.00
 793    55   0.00  100.00
 794   437   0.00  100.00
 795   996   0.00  100.00
 796   732   0.00  100.00
 797   251   0.00  100.00
 798   618   0.00  100.00
 799   657   0.00  100.00
 800  1325   0.00  100.00

-中略-

1595   450  -0.00  100.00
1596   888  -0.00  100.00
1597  1068  -0.00  100.00
1598  1259  -0.00  100.00
1599  1132  -0.00  100.00


オプション　-EPSO

-EPSO のデータ
1000/1279200 = 0.078174 % current 9.66421e+07 EPS 100 2 sec
2000/1279200 = 0.156348 % current 7.96464e+07 EPS 100 4 sec
3000/1279200 = 0.234522 % current 1.3266e+07 EPS 100 6 sec
4000/1279200 = 0.312695 % current 2.07992e+06 EPS 100 9 sec
5000/1279200 = 0.390869 % current 76309.2 EPS 100 11 sec
6000/1279200 = 0.469043 % current 663.412 EPS 100 14 sec
EPSbreak
6080/1279200 = 0.475297 % current 99.6128 EPS 100 14 sec


オプション　-E

-E のデータ
デフォルト設定でnumE=10であるので10個のファイルができる
eigen.00000
Outdata10-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0991027 (17, 12, 0)

0.0947194 (8, 21, 0)
2.23033e-05
0.025

0.000625
eigen.00001
Outdata11-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0995859 (18, 23, 0)

0.092875 (12, 22, 0)
0.000144147
0.0249996

0.00062499
eigen.00002
Outdata12-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.000641438 (8, 21, 0)

0.999987 (37, 26, 0)
0.000625099
0.0249922

0.000624805

-中略-

eigen.00009
Outdata19-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.00053598 (13, 23, 0)

0.999988 (14, 4, 0)
0.000624184
0.0249922

0.000624805


オプション　-numE

numE=2で実行

-E のデータ
eigen.00000
Outdata20-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0991027 (17, 12, 0)

0.0947194 (8, 21, 0)
2.23033e-05
0.025

0.000625
eigen.00001
Outdata21-mrcImagePCA.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0995859 (18, 23, 0)

0.092875 (12, 22, 0)
0.000144147
0.0249996

0.00062499

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