「mrcImageUnexpectedMassFromPDB」の版間の差分

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行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-p</td>  
 
<td>-p</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行50: 行50:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>半径</td>  
+
<td>半径(M=2, 3で使用)</td>  
 
<td>3.4</td>  
 
<td>3.4</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行72: 行72:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-m の詳細===
 
===-m の詳細===
行100: 行101:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-M の詳細===
 
===-M の詳細===
行128: 行130:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
+
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<div>[[Media:Input-1B7T.mrc | -iのファイル]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-1B7T.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-1B7T.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
213.171<br>
 +
1416<br>
 +
2.67599<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |-pのファイル]]の詳細</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-PDB.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.727136e+01    3.631518e+01  -2.983928e+01<br>
 +
5.314867e+01 <br>
 +
40.92      41.49      48.47<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
====T=3000 ,D=3000で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
320.702<br>
 +
1506.71<br>
 +
2.84741<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、T=3000, D=3000で実行</div>
 +
 +
===オプション　-M===
 +
====M=0で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-M0-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-M0-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
260.067<br>
 +
1457.24<br>
 +
2.75393<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====M=2で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-M2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-M2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
322.335<br>
 +
1508.01<br>
 +
2.84988<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====r=10で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-M2r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-M2r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
461.211<br>
 +
1602.49<br>
 +
3.02843<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====M=3で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-M3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-M3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
213.171<br>
 +
1416<br>
 +
2.67599<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====r=20で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-M3r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-M3r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
275.206<br>
 +
1469.99<br>
 +
2.77802<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-m===
 +
====m=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
313.849<br>
 +
1504.75<br>
 +
2.84371<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=2で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
321.106<br>
 +
1507.05<br>
 +
2.84806<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
320.731<br>
 +
1506.76<br>
 +
2.8475<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=16で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m16-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m16-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
21001.7 (30, 26, 27)<br>
 +
213.141<br>
 +
1415.95<br>
 +
2.67589<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年3月17日 (月) 02:27時点における最新版

mrcImageUnexpectedMassFromPDBとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-p 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-T 必須 閾値 0.0
-D 必須 AssignedData 0.0
-M 選択 AtomMode 1
-r 選択 半径(M=2, 3で使用) 3.4
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


-m の詳細

モード 説明
0 Origin is BottomLeft.
1 Origin is Center.(Helix)
2 Origin is Center.(3D Single)
3 Origin is shown by StartN.
16 MaxIsProtein : Default: MinIsProtein


-M の詳細

モード 説明
0 Nearest Voxel -> Data
1 Nearest and 6-linked voxel -> Data
2 Specified spheres(Outside) -> Data
3 Inside of Specified spheres -> Data
Outside of Specified spheres -> Data


実行例

入力ファイルの画像

Input-1B7T.png
xy平面

Input1-1B7T.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
213.171
1416

2.67599


Input-1VOM-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01

5.314867e+01

40.92 41.49 48.47


オプション必須項目のみの場合

T=3000 ,D=3000で実行

Outdata-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
320.702
1506.71

2.84741


以降、T=3000, D=3000で実行

オプション　-M

M=0で実行

Outdata-M0-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M0-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
260.067
1457.24

2.75393


M=2で実行

その他のオプション設定なし

Outdata-M2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
322.335
1508.01

2.84988


r=10で実行

Outdata-M2r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M2r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
461.211
1602.49

3.02843


M=3で実行

その他のオプション設定なし

Outdata-M3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
213.171
1416

2.67599


r=20で実行

Outdata-M3r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-M3r-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
275.206
1469.99

2.77802


オプション　-m

m=1で実行

Outdata-m1-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-m1-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
313.849
1504.75

2.84371


m=2で実行

Outdata-m2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-m2-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
321.106
1507.05

2.84806


m=3で実行

Outdata-m3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-m3-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
320.731
1506.76

2.8475


m=16で実行

Outdata-m16-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
xy平面

Outdata1-m16-mrcImageUnexpectedMassFromPDB.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

21001.7 (30, 26, 27)
213.141
1415.95

2.67589



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