「mrcImageSuperResolution」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
行54: 行54:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-from2</td>  
+
<td>-fromp2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel])</td>  
 
<td>First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel])</td>  
行128: 行128:
 
<td>-dDensity</td>  
 
<td>-dDensity</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Delta (収束)</td>  
+
<td>Delta (Convergence)</td>  
 
<td>100.0</td>  
 
<td>100.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行134: 行134:
 
<td>-dArea</td>  
 
<td>-dArea</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Area(収束)</td>  
+
<td>Area(Convergence)</td>  
 
<td>100.0</td>  
 
<td>100.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行140: 行140:
 
<td>-sub</td>  
 
<td>-sub</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>減算(収束)</td>  
+
<td>減算(Convergence)</td>  
 
<td>0.2</td>  
 
<td>0.2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行146: 行146:
 
<td>-ratio</td>  
 
<td>-ratio</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>比率(収束)</td>  
+
<td>比率(Convergence)</td>  
 
<td>0.3</td>  
 
<td>0.3</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行152: 行152:
 
<td>-tmax</td>  
 
<td>-tmax</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>最大時間(収束)</td>  
+
<td>最大時間(Convergence)</td>  
 
<td>1000</td>  
 
<td>1000</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行445: 行445:
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 
===入力ファイルの画像===
 
===入力ファイルの画像===
−
 
 
<div>[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|-Iのファイル]]の画像</div>
 
<div>[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|-Iのファイル]]の画像</div>
 
<table>
 
<table>
行483: 行482:
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-2D.fft|-icのファイル]]の画像(m=+512にて使用する)</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-1VOM-2D-FFT.png]]<br>
 +
[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">18.4637 (75, 36, 0)<br>
 +
577032 (0, 0, 0)<br>
 +
3573.53<br>
 +
13475.7<br>
 +
168.446<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 
</table>
 
</table>
 
<br>
 
<br>
行528: 行549:
  
 
====m=259, hvp=0.6で実行====  
 
====m=259, hvp=0.6で実行====  
 +
=====その他のオプションなし=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行542: 行564:
 
9093.6<br>  
 
9093.6<br>  
 
113.67<br></p>  
 
113.67<br></p>  
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====t=100で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-t-mrcImageSuperResolution.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-7536.4 (62, 67, 0)<br>
 +
45966.4 (18, 41, 0)<br>
 +
7214.87<br>
 +
9105.49<br>
 +
113.819<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====top1=(20, 20, 0), tpo2=(60, 60, 0)で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-top1top2-mrcImageSuperResolution.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-15758.5 (56, 22, 0)<br>
 +
52052.5 (24, 39, 0)<br>
 +
7214.87<br>
 +
9421.67<br>
 +
117.771<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行548: 行610:
  
 
====m=513で実行====  
 
====m=513で実行====  
 +
=====他のオプション設定なし=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行557: 行620:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">-19348.5 (10, 1, 0)<br>  
−
<br>  
+
53392.6 (24, 39, 0)<br>  
−
<br>  
+
7214.87<br>  
−
<br>  
+
10054.2<br>  
−
<br></p>  
+
125.678<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
=====counter=3000で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-counter-mrcImageSuperResolution.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-22031.6 (0, 0, 0)<br>
 +
48805.4 (24, 39, 0)<br>
 +
7214.87<br>
 +
9538.88<br>
 +
119.236<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>以降、counter=3000で実行</div>
 +
====m=514で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m514-mrcImageSuperResolution.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-15917 (10, 1, 0)<br>
 +
52659.8 (24, 39, 0)<br>
 +
7214.87<br>
 +
9915.95<br>
 +
123.949<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
====m=515で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m515-mrcImageSuperResolution.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-20273.1 (0, 0, 0)<br>
 +
48844.2 (24, 39, 0)<br>
 +
7214.87<br>
 +
9539.42<br>
 +
119.243<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  

2014年3月19日 (水) 02:29時点における版

mrcImageSuperResolutionとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-I 必須 入力ファイル: Original NULL
-i 必須 入力ファイル: Previous NULL
-ic 選択 入力ファイル: CounterforWeight FourierSpace NULL
-o 必須 出力ファイル: Next NULL
-t 選択 Number of time: Iteration(実空間) 1
-fromp1 選択 First value near origin of coordinates (x00[pixel], y00[pixel], z00[pixel]) (0, 0, 0)
-top1 選択 target value ( x01[pixel], y01[pixel], z01[pixel]) (2, 2, 2)
-fromp2 選択 First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel]) (0, 0, 0)
-top2 選択 target value (x11[pixel], y11[pixel], z11[pixel]) (0, 0, 0)
-LabelingMode 選択 LabelingMode 0
-max 選択 密度の最大値: Support Constraint() 800
-min 選択 密度の最小値: Support Constraint() 200
-sh 選択 形状 0
-hvp 選択 Half value point(/[A]) 0.0
-Inverse 選択 Inverse
-nM 選択 Number of Molecule 1
-M 選択 MolecularWeight 80000
-D 選択 密度: (g/cm3) 1.35
-counter 選択 Counter(フーリエ空間) 3.0
-dDensity 選択 Delta (Convergence) 100.0
-dArea 選択 Area(Convergence) 100.0
-sub 選択 減算(Convergence) 0.2
-ratio 選択 比率(Convergence) 0.3
-tmax 選択 最大時間(Convergence) 1000
-wd 選択 WeightDelta(フーリエ空間) 0.1
-wm 選択 WeightMax(フーリエ空間) 2
-Subtraction 選択 減算(実空間)
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 必須 RealSpaceCalculating 0
-h 選択 ヘルプを表示 　 
-Inverse
If high density means the location of protein, -Inverse is required for volume calculation.
-wm and -wd
weight = counter / (weightmax + counter)
weightmax -> 0 (weightdelt by weightdelta) 
-Subtraction
Real Space Constraint for desolving edge problem


モードの詳細

モード 説明 513 514 515 673 672 675 736 737 742 517 518 519 534 257 258 259
+1 AreaAndLocation ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+2 Density ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+4 Convergence(Option) ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+16 NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint) ◯
+32 Binarization(before RealSpaceConstraint) ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+64 Labeling ◯ ◯ ◯
+128 SixOrientation ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
+256 LowpassfilterMode(-hvp is required) ◯ ◯ ◯
+512 CounterMode(-ic is required) ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯ ◯
上記のモードの組み合わせで使用する


-LabelinMode の詳細

モード 説明
0 TheLargestLabelingSearch
1 SomeVolumeLabelingSearch


-sh の詳細

モード 説明
0 矩形
1 球体


実行例

入力ファイルの画像

Input-1VOM-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

49749.7 (27, 28, 0)
7212.9
8827.15

110.339


Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845


-icのファイルの画像(m=+512にて使用する)

Input-1VOM-2D-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

18.4637 (75, 36, 0)

577032 (0, 0, 0)
3573.53
13475.7

168.446


オプション　-m

m=257, hvp=0.6で実行

Outdata-m257-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-8991.5 (62, 67, 0)

45836.1 (18, 41, 0)
7214.87
9093.88

113.673


m=258, hvp=0.6で実行

Outdata-m258-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-8601.65 (53, 3, 0)

53186.7 (24, 39, 0)
7214.87
9760.69

122.009


m=259, hvp=0.6で実行

その他のオプションなし
Outdata-m259-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-8999.82 (62, 67, 0)

45839 (18, 41, 0)
7214.87
9093.6

113.67


t=100で実行
Outdata-t-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-7536.4 (62, 67, 0)

45966.4 (18, 41, 0)
7214.87
9105.49

113.819


top1=(20, 20, 0), tpo2=(60, 60, 0)で実行
Outdata-top1top2-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-15758.5 (56, 22, 0)

52052.5 (24, 39, 0)
7214.87
9421.67

117.771


m=513で実行

他のオプション設定なし
Outdata-m513-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-19348.5 (10, 1, 0)

53392.6 (24, 39, 0)
7214.87
10054.2

125.678


counter=3000で実行
Outdata-counter-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-22031.6 (0, 0, 0)

48805.4 (24, 39, 0)
7214.87
9538.88

119.236


以降、counter=3000で実行

m=514で実行

Outdata-m514-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-15917 (10, 1, 0)

52659.8 (24, 39, 0)
7214.87
9915.95

123.949


m=515で実行

Outdata-m515-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-20273.1 (0, 0, 0)

48844.2 (24, 39, 0)
7214.87
9539.42

119.243


m=で実行

ファイル:Outdata-m-mrcImageSuperResolution.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差








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