mrcImageSmoothing

mrcImageSmoothingとはmrcImage形式の画像を非線形平滑化するためのEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル名: mrcImage	NULL
-o	選択	出力ファイル名: mrcImage	stdout(設定しなければ標準出力）
-sx	選択	xのカーネルサイズ	3
-sy	選択	yのカーネルサイズ	3
-sz	選択	zのカーネルサイズ	3
-r	選択	半径のカーネルサイズ	1
-sigma	選択	Sigma (m=4で使用)	2.0
-times	選択	Repeat time	1
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-M	選択	モード2を設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-m の詳細

モード	説明
1	Median filter
2	Mean filter
3	Surface Fit filter
4	Lee-Sigma filter

-M の詳細

モード	説明
0	Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
1	Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r

実行例

-h によるヘルプの例

$ mrcImageSmoothing  -h
Usage: /home/people/tacyas/Eos/bin/X86LINUX64/mrcImageSmoothing
Options:
    [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
    [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
    [-sx                 sx                  (3         )] :Optional  :x of Kernel Size
    [-sy                 sy                  (3         )] :Optional  :y of Kernel Size
    [-sz                 sz                  (3         )] :Optional  :z of Kernel Size
    [-r                  r                   (1         )] :Optional  :Radius of Kernel Size
    [-sigma              sigma               (2.0       )] :Optional  :Sigma for Lee-Sigma
    [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
    [-M[ode2]            mode2               (0         )] :Optional  :Mode
    [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
>>> Mode <<<< 
    1: Median filter
    2: Mean filter 
    3: Surface Fit filter
    4: Lee-Sigma filter
>>> Mode2 <<<< 
    0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
    1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r

------入力ファイルの画像------

ファイル:b120.center-mrcImageSmoothing.png

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-65.0178 94.4699 4.85274 20.4635 0.255794

------モード１の1～3での処理画像------

モード１：1
ファイル:smo.m1.center-mrcImageSmoothing.png	最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-41.8721 65.9659 4.7617 14.3083 0.178854	モード２：0を選択 -sx=9,-sy=9に変更 　　－－－－－－＞	ファイル:smo.m1M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png	最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-54.6403 54.0815 4.773 13.5848 0.16981
			モード２：1を選択 -r=5に変更 　　－－－－－－＞	ファイル:smo.m1M1r5.center-mrcImageSmoothing.png	最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-54.6403 55.7056 4.73966 13.9823 0.174779
モード１：2
ファイル:smo.m2.center-mrcImageSmoothing.png	最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-41.8721 67.5276 4.82079 13.8056 0.17257	モード２：0を選択 -sx=9,-sy=9に変更 　　－－－－－－＞	ファイル:smo.m2M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png	最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-54.6403 54.0644 4.89358 13.5214 0.169018
モード１：3
ファイル:smo.m3.center-mrcImageSmoothing.png	最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-41.8721 83.4967 4.85411 17.5032 0.21879	モード２：0を選択 -sx=9,-sy=9に変更 　　－－－－－－＞	ファイル:smo.m3M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png	最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-54.6403 56.99 4.87303 14.4517 0.180646

※モード１はデフォルト＝０になっているが、モード１の選択肢に
０は無いので、指定しなければエラーとなる。