llExtractCtrlFileCreate
提供: Eospedia
llExtractCtrlFileCreateとはmrcImage(FFT)をLLに変換する際に必要なコンフィグファイルを作成するEosのコマンドである。出力ファイルはllExtract(-c)にて使用することが出来る。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(FFT) | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: ASCII | stdout |
| -t | 選択 | Turn | -6 |
| -u | 選択 | Unit | 13 |
| -N | 選択 | N-strand | 1 |
| -Y1 | 選択 | Y1 [pixel]: l = |t| となる層線の位置 (初めて |n|=1&&m=0 となる位置) |
36 |
| -Y0 | 選択 | Y0 [pixel]: n = 0 となる層線の位置 (初めて l != 0 となる位置) |
78 |
| -rmax | 選択 | rmax[A] | 250 |
| -Rmax | 選択 | Rmax[/A] | 0.1 |
| -lx | 選択 | ピクセルサイズ x | 5.0 |
| -ly | 選択 | ピクセルサイズ y | 5.0 |
| -nx | 選択 | Image Size x [Pixel] | 1000.0 |
| -ny | 選択 | Image Size y [Pixel] | 1000.0 |
| -center | 選択 | nxの中心(フィラメントの中心)[Pixel] | 500.0 |
| -layerline | 選択 | Number of Layer Line | 21.0 |
| -Ax | 選択 | nxの長さ(lx * nx): [A] | 5000.0 |
| -dY | 選択 | Range of Layer Line[pixel] | 12.0 |
| -truePitch | 選択 | True Pitch | 430 |
| -PixelSize | 選択 | ピクセルサイズ: [A] | 5 |
| -deltadY | 選択 | A range of deltadY to determine dY.[pixel] | 0.5 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 1 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | ミオシン: t=1, u=9 |
| 1 | それ以外 |
実行例
入力ファイルの画像
|
サイズ モード |
( 512, 1146, 1) mrcComplexFloatFT |
オプション必須項目のみの場合
出力結果
nlMax: 43 nnMax: 159
出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
1055
1024
0
0 0 0 0 255 0 255 0.5
13 0 0 0 255 0 255 0.5
-13 0 0 0 255 0 255 0.5
26 0 0 0 255 0 255 0.5
-26 0 0 0 255 0 255 0.5
-中略-
156 0 0 0 255 0 255 0.5
-156 0 0 0 255 0 255 0.5
2 1 6 0 255 0 255 1.0
-11 1 6 0 255 0 255 1.0
15 1 6 0 255 0 255 1.0
-24 1 6 0 255 0 255 1.0
28 1 6 0 255 0 255 1.0
-37 1 6 0 255 0 255 1.0
41 1 6 0 255 0 255 1.0
-50 1 6 0 255 0 255 1.0
-中略-
97 42 252 0 255 0 255 1.0
-98 42 252 0 255 0 255 1.0
110 42 252 0 255 0 255 1.0
-111 42 252 0 255 0 255 1.0
123 42 252 0 255 0 255 1.0
-124 42 252 0 255 0 255 1.0
136 42 252 0 255 0 255 1.0
-137 42 252 0 255 0 255 1.0
149 42 252 0 255 0 255 1.0
-150 42 252 0 255 0 255 1.0
オプション -t, -u
t=-13, u=28で実行
出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
490
1024
0
0 0 0 0 255 0 255 0.5
28 0 6 0 255 0 255 1.0
-28 0 -6 0 255 0 255 1.0
56 0 12 0 255 0 255 1.0
-56 0 -12 0 255 0 255 1.0
84 0 18 0 255 0 255 1.0
-84 0 -18 0 255 0 255 1.0
112 0 24 0 255 0 255 1.0
-112 0 -24 0 255 0 255 1.0
140 0 30 0 255 0 255 1.0
-140 0 -30 0 255 0 255 1.0
-13 1 0 0 255 0 255 0.5
15 1 6 0 255 0 255 1.0
-41 1 -6 0 255 0 255 1.0
43 1 12 0 255 0 255 1.0
-69 1 -12 0 255 0 255 1.0
71 1 18 0 255 0 255 1.0
-97 1 -18 0 255 0 255 1.0
99 1 24 0 255 0 255 1.0
-125 1 -24 0 255 0 255 1.0
127 1 30 0 255 0 255 1.0
-153 1 -30 0 255 0 255 1.0
155 1 36 0 255 0 255 1.0
2 2 6 0 255 0 255 1.0
-26 2 0 0 255 0 255 0.5
30 2 12 0 255 0 255 1.0
-54 2 -6 0 255 0 255 1.0
58 2 18 0 255 0 255 1.0
-中略-
42 42 126 0 255 0 255 1.0
-42 42 108 0 255 0 255 1.0
70 42 132 0 255 0 255 1.0
-70 42 102 0 255 0 255 1.0
98 42 138 0 255 0 255 1.0
-98 42 96 0 255 0 255 1.0
126 42 144 0 255 0 255 1.0
-126 42 90 0 255 0 255 1.0
154 42 150 0 255 0 255 1.0
-154 42 84 0 255 0 255 1.0
以降、t=-13, u=28で実行
オプション -N
N=2で実行
出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
488
1024
0
0 0 0 0 255 0 255 0.5
28 0 6 0 255 0 255 1.0
-28 0 -6 0 255 0 255 1.0
56 0 12 0 255 0 255 1.0
-56 0 -12 0 255 0 255 1.0
84 0 18 0 255 0 255 1.0
-84 0 -18 0 255 0 255 1.0
112 0 24 0 255 0 255 1.0
-112 0 -24 0 255 0 255 1.0
140 0 30 0 255 0 255 1.0
-140 0 -30 0 255 0 255 1.0
2 1 6 0 255 0 255 1.0
-26 1 0 0 255 0 255 0.5
30 1 12 0 255 0 255 1.0
-54 1 -6 0 255 0 255 1.0
58 1 18 0 255 0 255 1.0
-中略-
28 42 240 0 255 0 255 1.0
-28 42 228 0 255 0 255 1.0
56 42 246 0 255 0 255 1.0
-56 42 222 0 255 0 255 1.0
84 42 252 0 255 0 255 1.0
-84 42 216 0 255 0 255 1.0
112 42 258 0 255 0 255 1.0
-112 42 210 0 255 0 255 1.0
140 42 264 0 255 0 255 1.0
-140 42 204 0 255 0 255 1.0
オプション -Y1, -Y0
Y1=6, Y0=84で実行
出力ファイル
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
490
1024
0
0 0 0 0 255 0 255 0.5
28 0 924 0 255 0 255 1.0
-28 0 -924 0 255 0 255 1.0
56 0 1848 0 255 0 255 1.0
-56 0 -1848 0 255 0 255 1.0
84 0 2772 0 255 0 255 1.0
-84 0 -2772 0 255 0 255 1.0
112 0 3696 0 255 0 255 1.0
-112 0 -3696 0 255 0 255 1.0
140 0 4620 0 255 0 255 1.0
-140 0 -4620 0 255 0 255 1.0
-13 1 -426 0 255 0 255 1.0
15 1 498 0 255 0 255 1.0
-41 1 -1350 0 255 0 255 1.0
43 1 1422 0 255 0 255 1.0
-69 1 -2274 0 255 0 255 1.0
71 1 2346 0 255 0 255 1.0
-97 1 -3198 0 255 0 255 1.0
99 1 3270 0 255 0 255 1.0
-125 1 -4122 0 255 0 255 1.0
127 1 4194 0 255 0 255 1.0
-153 1 -5046 0 255 0 255 1.0
155 1 5118 0 255 0 255 1.0
2 2 72 0 255 0 255 1.0
-26 2 -852 0 255 0 255 1.0
30 2 996 0 255 0 255 1.0
-54 2 -1776 0 255 0 255 1.0
58 2 1920 0 255 0 255 1.0
-中略-
42 42 1512 0 255 0 255 1.0
-42 42 -1260 0 255 0 255 1.0
70 42 2436 0 255 0 255 1.0
-70 42 -2184 0 255 0 255 1.0
98 42 3360 0 255 0 255 1.0
-98 42 -3108 0 255 0 255 1.0
126 42 4284 0 255 0 255 1.0
-126 42 -4032 0 255 0 255 1.0
154 42 5208 0 255 0 255 1.0
-154 42 -4956 0 255 0 255 1.0
以降、Y1=6, Y0=84で実行
オプション -
で実行
出力結果
出力ファイル
-中略- -中略-
