ctfDetermine
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オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定(mrcImage) | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル設定(Parameters) | NULL |
| -D | 選択 | InitialDefocus[A] | 0.0 |
| -Cs | 選択 | InitialCs[mm] | 1.7 |
| -Cc | 選択 | InitialCs[mm] | 1.2 |
| -dE | 選択 | InitialCs[mm] | 0.2 |
| -Ac | 選択 | Ac[kV] | 200 |
| -CutLow | 選択 | CutOffLowFrequncy[/A] | 0.05 |
| -CutHigh | 選択 | CutOffHighFrequncy[/A] | 0.5 |
| -I0 | 選択 | I0 | 1.0 |
| -ratio | 選択 | ratioOfAmpToPhase | 0.1 |
| -Ai | 選択 | IlluminationAngle[mrad] | 0.03 |
| -BofMTF | 選択 | B of MTF [A] | 15.0 |
| -BofV | 選択 | B of Vibration [A] | 3.0 |
| -Mag | 選択 | Magnification | 1.0 |
| -Noise | 選択 | Signal/Noise Ratio | 0.0 |
| -Noise2 | 選択 | Signal/Noise Ratio | 0.0 |
| -MolcEnv | 選択 | Gaussian: Molcular Envelop [A] | 0.0 |
| -MolcEnv2 | 選択 | Table: Molcular Envelop | NULL |
| -min | 選択 | min of coefficient area | -10 |
| -max | 選択 | max of coefficient area | 10 |
| -s | 選択 | step of coefficient | 0.01 |
| -d | 選択 | agree of function | 6 |
| -S | 選択 | section number of fft | 4 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | MinMax Methods (Henderson-like CTF determination) |
| 16 | Fitting Methods |
| 32 | Differential Methods |
| 64 | Covariance Methods |
| 96 | Differential & covariance Methods |
| 128 | MinSquare Methods |
| 160 | Differential+MinSquare Methods by Imamura |
| 161 | Differential+MinSquare Methods+NoiseRemoval(+1) |
| 163 | Differential+MinSquare Methods+NoiseRemoval(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2) |
