mrc2Dto3D
提供: Eospedia
mrc2Dto3Dは電子顕微鏡画像である2D画像を3D画像にするEosのコマンドである。 切り出した粒子の角度情報から、逆投影法を用いて3次元構造を再構築する。 出力はdsn6と3dファイルとなっており、密度マップを分子ビュアー(VMDやchimeraなど)で表示することが可能である。
オプション一覧
メインオプション
各パラメータ設定やモード指定を行う。
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -I | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -O | 選択 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -single | 選択 | 傾斜軸を一つに設定 | 1 |
| -InterpolationMode | 選択 | 展開モード | 1 |
| -Double | 選択 | 傾斜軸を２つに設定 | |
| -DoubleCounter | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 ２つの傾斜軸を選択し、設定する |
NULL |
| -CounterThreshold | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値 |
1e-6 |
| -CounterThresholdMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値のモード |
0 |
| -WeightMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心のモード |
0 |
| -thicknessWeight | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心の深さ |
|
| -Sub | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 下位サンプリング |
1 |
| -PlusXrot | 選択 | rasmolのためにｘ軸を180°回転 | |
| -SIRT | 選択 | 同時反復再構成法 | |
| -max | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の最大値設定 |
30 |
| -rms | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の平方２乗平均を設定 |
1.0 |
| -CTF | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 CTFInfoファイルを設定 |
NULL |
| -m | 選択 | モード | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-mの詳細
投影像のモード指定を行う。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 単純な逆投影 |
| 1 | フィルター逆投影 |
-singleの詳細
傾斜軸を指定する。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 傾斜軸をｘ軸と平行にする |
| 1 | 傾斜軸をｙ軸と平行にする |
-WeightModeの詳細
計算時の重みを指定する。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 1 | 実空間：円（同じ密度） |
| 2 | 実空間：円（加重密度） |
| 3 | 実空間：正方形（加重密度） |
| 4 | フーリエ空間：平面（同じ密度）-CounterThreshold 0.5とする |
| 5 | フーリエ空間：線形包配 -CounterThreshold 0.5とする |
| 6 | フーリエ空間：cos包配 -CounterThreshold 0.5とする |
-InterpolationModeの詳細
計算方法を指定する。
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 最短距離法 |
| 1 | 線形補間法 |
| 2 | ３次補間法 |
| 3 | 多項式法 |
