Display2

Display2とは、Eosにおける画像表示のためのコマンドです。画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、３Ｄのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	選択	入力ファイル設定: mrcImage	NULL
-t	選択	入力ファイルのテンプレート	85.roi
-o	選択	ログファイル	.EosLog
-L	選択	LowThreshold	0.0(設定しないと使われない)
-H	選択	HighThreshold	0.0(設定しないと使われない)
-Zoom	選択	倍率	1.0
-Inverse	選択	設定すると、白黒が反転する
-display	選択		:0.0
-geometry	選択	ウィンドウの初期サイズと位置を設定	1024x1024+0+0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-Lと-Hは設定されない場合には、中心の64x64の画像からコントラストの推定を行う

モードの詳細

モード	説明
0

-geometry の引数のフォーマット

-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)

サイズ、座標はどちらかでも可

実行例

コマンド動画: (.mov) (.mp4)

入力ファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) 7214.87 10067.6 125.845

オプション必須項目のみの場合

File File(Seq) Edit Window ROI Operation Information Help

ファイル操作 Seqファイル操作 編集 ウィンドウ処理 ROIファイルの作成 画像処理 情報の表示 ヘルプ

オプション　-L, -H

L=0, H=30000で実行

-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示ができる

オプション　-Zoom

Zoom=2で実行

オプション　-Inverse

オプション　-geometry

geometry=250x350+100+100で実行

以下のウィンドウがデフォルトのときよりも画面の右下に表示される

Fileメニュー

Open New Save Image(PS) As Save Image(BYTE) As Extract ROI(REAL) As Save Canvas(PS) As Exit

同じウィンドウでファイルを開く 新規ウィンドウでファイルを開く PSファイルで保存 バイナリファイルで保存(未実装) ROIファイルに展開 画像をPSファイルで保存 終了

Open

操作動画: (.mov) (.mp4)

New

操作動画: (.mov) (.mp4)

Extract ROI(REAL) As

設定した範囲やサイズでROIファイルを出力する

Save Canvas(PS) As

操作動画: (.mov) (.mp4)

保存したPSファイル

File(Seq)メニュー

Open New

同じウィンドウでファイルを開く 新規ウィンドウでファイルを開く

Editメニュー

Cancel OK Move Resize Rotate All Delete Delete ZoomIn ZoomOut ROIInfo

切り出し範囲の取り消し 切り出し範囲の決定(MultiShape時のみ) 切り出し範囲の移動 切り出し範囲のサイズ変更 切り出し範囲の回転 全ての切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ) 切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ) ズームイン ズームアウト ROI Informationウィンドウを開く

Cancle

切り出し範囲を取り消す

操作動画: (.mov) (.m4v)

->

OK

切り出し範囲を決定する(決定前: 青色, 決定後: 緑色)

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

Move

ドラッグにより移動ができる

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

Resize

ドラッグによりサイズ変更ができる

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

Rotate

ドラッグにより回転ができる

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

All Delete

全ての切り出し範囲を削除する

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

Delete

Currentの切り出し範囲を削除する

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

->

ZoomIn

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で拡大表示する

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

ZoomOut

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で縮小表示する

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

ROIInfo

ROIファイル設定および出力ができる

操作動画: (.mov) (.mp4)

Rectrangleの場合

Lineの場合

Splineの場合

Extract

設定した範囲やサイズでROIファイルを出力する

AfterExtract

Viewにチェックを入れてExtractすると、出力したROIファイルを新しいウィンドウで開く(foregroundのみ対応)

->

MultiShape

複数のROIファイルが出力可能になり、MultiShapeの設定項目が表示される

Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される

Windowメニュー

New Wondow

新規のウィンドウを開く

New Window

ROIメニュー

Rectangle Line Spline Create Select ZoomIn ZoomOut MultiROI SizeLock ROIInfo

切り出し範囲を矩形サイズにする 切り出し範囲を直線にする 切り出し範囲をスプライン曲線にする 切り出し範囲の新規作成 切り出し範囲の選択(MultiShape時のみ) ズームイン ズームアウト ROIファイルの複数切り出し ROI情報を表示

Rectangle

切り出し範囲を矩形サイズにする

切り出した画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-10973.5 (23, 0, 0) 52942.7 (19, 34, 0) 12818.1 10974.8 304.857

-o のログ

mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0

Line

切り出し範囲を直線にする

Spline

切り出し範囲をスプライン曲線にする

切り出した画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-18651.7 (51, 1, 0) 52942.7 (12, 7, 0) 8339.4 10634.9 73.3183br>

-o のログ

mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0  74.0 12.0  37.0 26.0  62.0 39.0  41.0 73.0  23.0 72.0  10.0 65.0  19.0 53.0  6.0 34.0  8.0 14.0 

Create

切り出し範囲を新規作成する

->

ZoomIn

Editメニューと同様

ZoomOut

Editメニューと同様

MultiROI

複数のROIファイルが出力可能になる

ROIInfo

Editメニューと同様

Operationメニュー

fft2d

FFT処理を行う

Informationメニュー

画像上にて右クリックすることでも同様のメニューを開くことができる

Display2 Info mrcImage Info Image Info Roi Info LayerLine Info Projection Info Section Info CTF Info UnitCell Info Scale Info

密度と周波数のグラフを表示する

Display2 Info

右上のボタン(line1)を押すと、グラフのピークが表示される

->

グラフ上をドラッグすることでズームができる(連続操作可能)

->

グラフ上を右クリックすると、ズームを1段階戻す

->

mrcImage Info

mrcImageの画像情報が表示される

Display2 Infoと同様にグラフのピークの表示やズームができる

Image Info

クリックした箇所のデータが得られる

Roi Info

Editメニューと同様

UnitCell Info

Helpメニュー

Help

ヘルプ