mrcImageCTFCompensation
mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル名: mrcImage(FFT) | stdin |
| -o | 必須 | 出力ファイル名: mrcImage | stdout |
| -info | 選択 | CTF情報: ASCII | NULL |
| -info2 | 選択 | CTF情報2: ASCII | NULL |
| -kV | 選択 | 加速電圧[kV] | 200 |
| -Cs | 選択 | 球面収差係数[mm] | 2.1 |
| -df | 選択 | デフォーカス量(+がアンダーフォーカス): [A] | 27000 |
| -white | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 0.1 |
| -SinWin | 選択 | サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax) | 補正なし |
| -A | 選択 | 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) | 0.1 |
| -Astig | 選択 | 非点収差補正 (difMin, dfMax, asAxis)) | (0, 0 , 0) |
| -NoAstig | 選択 | 非点収差補正なし | |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 補正無し |
| 1 | x ctf/|ctf| (逆位相) |
| 2 | x ctf (逆位相 x CTF補正) |
| 3 | x 1/ctf (0.1<|ctf| ) (CTF補正 / 逆位相) |
| 4 | x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering |
| 5 | x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted |
| 6 | x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided |
| 7 | x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering |
| 8 | x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising |
| 9 | x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising |
-info のファイルのフォーマット
defocus Cs kV AmplitudeContrast
-info2 のファイルのフォーマット
実行例
入力ファイルの画像
 |
最小 最大 |
0.000514398 (78, 51, 0) 1684.3 (0, 0, 0) |
-info のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
-info2 のデータ
-前略- ElaRShift: 0.25 flagAliasing: 1 9,NyquistFrequency: 0.2 ThonRingCanvas: 1 0,graph: .graph.graph0.graph InElaShift: 0.0108 defocus2D0: 27000 defocus2D1: 27000 -後略-
オプション必須項目のみの場合
 |
最小 最大 |
-298.592 (37, 36, 0) 46.4642 (56, 19, 0) |
オプション -m
m=1, kV=200で実行
その他のオプションなし
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 0 (0, 0, 0) |
info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-38.9125 (41, 61, 0) 268.151 (39, 35, 0) |
info2=CTF情報2で実行
 |
最小 最大 |
-38.9125 (41, 61, 0) 268.151 (39, 35, 0) |
Cs=2.1で実行
 |
最小 最大 |
-277.543 (37, 36, 0) 67.5181 (56, 19, 0) |
df=27000で実行
 |
最小 最大 |
-59.6211 (51, 54, 0) 244.573 (39, 35, 0) |
A=0.1で実行
 |
最小 最大 |
-46.4642 (56, 19, 0) 298.592 (37, 36, 0) |
Astig=(2000, 3000, 30)で実行
 |
最小 最大 |
-63.7102 (56, 19, 0) 278.233 (37, 35, 0) |
m=2, info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-62.4959 (28, 30, 0) 115.688 (39, 34, 0) |
m=3, info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-49.5112 (2, 15, 0) 1120.94 (39, 39, 0) |
m=4, info=CTF情報で実行
その他のオプションなし
 |
最小 最大 |
-76.6069 (1, 16, 0) 835.557 (40, 39, 0) |
white=0.5で実行
 |
最小 最大 |
-59.6252 (50, 54, 0) 195.105 (39, 35, 0) |
m=5, info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-63.7521 (29, 30, 0) 81.6286 (39, 34, 0) |
m=6, info=CTF情報で実行
 |
最小 最大 |
-1338.09 (37, 36, 0) 212.611 (2, 70, 0) |
m=7, info=CTF情報で実行
その他のオプションなし
 |
最小 最大 |
-885.311 (37, 36, 0) 43.1237 (2, 0, 0) |
white=0.5
 |
最小 最大 |
-221.279 (37, 36, 0) 60.2085 (29, 27, 0) |
