Display2

Display2とは、Eosにおける画像表示のためのコマンドです。mrcImage画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、３Ｄのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。

Display2 -i Input.mrc

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	選択	入力ファイル設定: mrcImage	NULL
-t	選択	入力ファイルのテンプレート	85.roi
-o	選択	ログファイル	.EosLog
-L	選択	LowThreshold	0.0(設定しないと使われない)
-H	選択	HighThreshold	0.0(設定しないと使われない)
-Zoom	選択	倍率	1　（整数倍か、整数分の１を選んで下さい。）
-Inverse	選択	設定すると、白黒が反転する
-def	選択	Display2が使う色や大きさ、変数のデフォールト値などを変更する。引数で設定したものが優先される。	~/.Eos/Display2
-display	選択		:0.0
-geometry	選択	ウィンドウの初期サイズと位置を設定	1024x1024+0+0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-Lと-Hは設定されない場合には、中心の64x64の画像からコントラストの推定を行う

モードの詳細

モード	説明
0

-geometry の引数のフォーマット

-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)

サイズ、座標はどちらかでも可

実行例

コマンド動画: (.mov) (.mp4)

入力ファイルの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845

オプション必須項目のみの場合

File

File(Seq)
Edit
Window
ROI
Operation
Information

Help

ファイル操作

Seqファイル操作
編集
ウィンドウ処理
ROIファイルの作成
画像処理
情報の表示

ヘルプ

オプション -L, -H

L=0, H=30000で実行

-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示ができる。-Lを画像値の最小値、-Hを最大値に設定すると、それらが極端な値でなければ、全体が見えるようになる。起動後は#Display2 Infoでも設定できる。

デフォルト	設定後

オプション　-Zoom

Zoom=2で実行

デフォルト	設定後

オプション　-Inverse

デフォルト	設定後

オプション　-def

デフォールトで設定されているファイルがないときは自動的につくります。下記に設定ファイルの例を示します。設定されていないときは、~/.Eos/Display2が存在しなければ、~/.Eos/Display2の初期ファイルをつくります。その後、~/.Eos/Display2を読み込みます。

例：


#
# Default
#

# Precision
set tcl_precision 17 

# Canvas Area Create
set Desktop(mainCanvasX) 1999
set Desktop(mainCanvasY) 1999
set Desktop(overviewCanvasX) 256
set Desktop(overviewCanvasY) 256
set Desktop(sizeX) 128
set Desktop(sizeY) 128
set Desktop(Cursor) "crosshair blue"

# Image 
set mainImage(thresHigh) No
set mainImage(thresLow)  No
set mainImage(Inverse)   No
set mainImage(Contrast)   2
set mainImage(flagLog)    0 
set mainImage(flagPow)    0 
set mainImage(HistNum)  256 

# Roi
set Roi(OKColor)        #118866
set Roi(SelectColor)    #0000ff
set Roi(LineWidth)      3
set Roi(CurrentColor)   $Roi(OKColor) 
set Roi(Shape)          Rectangle
set Roi(Shrink)         1
set Roi(MultiShape)     Off 
set Roi(MultiNumber)    Off 
set Roi(SizeLock)       Off 
set Roi(Analysis)       Off 
set Roi(View)           off 
set Roi(Extract)        foreground 
set Roi(withScale)      Off
set Roi(absTicks)       54.6
set Roi(numFormat)      "-%04d.roi"

# Zooming
set Roi(Zoom)         2 
set Roi(ZoomX)        1
set Roi(ZoomY)        1

# Point 
set Point(x) 0
set Point(y) 0 
set Point(dat) 0
set Point(cx) 0
set Point(cy) 0 
set Point(cdat) 0

# Roi Rectangle
set rectanglePoints(width)  32.0
set rectanglePoints(height) 32.0
set rectanglePoints(angle)    0.0 

# spline
set splinePoints(Width)       80

# LayerLine
set LayerLine(flag) OFF
set LayerLine(pointRadius) 3 

# Projection Line
set Projection(flag)  OFF
set Projection(which) Y
set Projection(scale) 1 

# Unit Cell
set UnitCell(n) 0
set UnitCell(dimension) 2
set UnitCell(axis1,n) 5 
set UnitCell(axis2,n) 5 
set UnitCell(axis3,n) 0 
set UnitCell(axis1,x) 1 
set UnitCell(axis1,y) 0 
set UnitCell(axis1,z) 0 
set UnitCell(axis2,x) 0 
set UnitCell(axis2,y) 1 
set UnitCell(axis2,z) 0 
set UnitCell(axis3,x) 0 
set UnitCell(axis3,y) 0 
set UnitCell(axis3,z) 1 

set UnitCell(box,x) 5  
set UnitCell(box,y) 5 
set UnitCell(box,z) 0 

set UnitCell(alpha) 90 
set UnitCell(beta)  90 
set UnitCell(gamma) 90 

# Section
set Section(flag)       OFF 
set Section(which)        Y
set Section(scale)        1 
set Section(scaleDelta) 0.1 
set Section(at)           0   
set Section(atDelta)      1   
set Section(mode)    normal

オプション　-geometry

geometry=250x350+100+100で実行

デフォルト	設定後(デフォルトのときよりも画面の右下に表示される)

Fileメニュー

Open

New
Save Image(PS) As
Save Image(BYTE) As
Extract ROI(REAL) As
Save Canvas(PS) As

Exit

同じウィンドウでファイルを開く

新規ウィンドウでファイルを開く
PSファイルで保存
バイナリファイルで保存(未実装)
ROIファイルに展開
画像をPSファイルで保存

終了

Open

操作動画: (.mov) (.mp4)

New

操作動画: (.mov) (.mp4)

Save Image(PS) As

Save Image(BYTE) As

Extract ROI(REAL) As

設定した範囲やサイズでROIファイルを出力する

Save Canvas(PS) As

操作動画: (.mov) (.mp4)

保存したPSファイル

File(Seq)メニュー

Open
New

同じウィンドウでファイルを開く
新規ウィンドウでファイルを開く

Open

New

Editメニュー

Cancel

OK
Move
Resize
Rotate
All Delete
Delete
ZoomIn
ZoomOut

ROIInfo

切り出し範囲の取り消し

切り出し範囲の決定(MultiShape時のみ)
切り出し範囲の移動
切り出し範囲のサイズ変更
切り出し範囲の回転
全ての切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)
切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)
ズームイン
ズームアウト

ROI Informationウィンドウを開く

Cancle

切り出し範囲を取り消す

操作動画: (.mov) (.m4v)

->

OK

切り出し範囲を決定する(決定前: 青色, 決定後: 緑色)

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

Move

ドラッグにより移動ができる

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

Resize

ドラッグによりサイズ変更ができる

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

Rotate

ドラッグにより回転ができる

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

All Delete

全ての切り出し範囲を削除する

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

Delete

Currentの切り出し範囲を削除する

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

->

ZoomIn

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍の範囲で拡大表示する

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

ZoomOut

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍の範囲で縮小表示する

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

ROIInfo

ROIファイル設定および出力ができる

操作動画: (.mov) (.mp4)

Rectrangleの場合

Lineの場合

Splineの場合

Extract

設定した範囲やサイズでROIファイルを出力する

操作動画: (.mov) (.mp4)

AfterExtract

Viewにチェックを入れてExtractすると、出力したROIファイルを新しいウィンドウで開く(foregroundのみ対応)

操作動画: (.mov) (.mp4)

->

Redraw

MultiShape

複数のROIファイルが出力可能になり、MultiShapeの設定項目が表示される

Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される

Windowメニュー

New Wondow

新規のウィンドウを開く

New Window

ROIメニュー

Rectangle

Line
Spline
Create
Select
ZoomIn
ZoomOut
MultiROI
SizeLock

ROIInfo

切り出し範囲を矩形サイズにする

切り出し範囲を直線にする
切り出し範囲をスプライン曲線にする
切り出し範囲の新規作成
切り出し範囲の選択(MultiShape時のみ)
ズームイン
ズームアウト
ROIファイルの複数切り出し

ROI情報を表示

Rectangle

切り出し範囲を矩形サイズにする

切り出した画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10973.5 (23, 0, 0)

52942.7 (19, 34, 0)
12818.1
10974.8

304.857

-o のログ

mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0

Line

切り出し範囲を直線にする

Spline

切り出し範囲をスプライン曲線にする

切り出した画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (51, 1, 0)

52942.7 (12, 7, 0)
8339.4
10634.9

73.3183br>

-o のログ

mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0  74.0 12.0  37.0 26.0  62.0 39.0  41.0 73.0  23.0 72.0  10.0 65.0  19.0 53.0  6.0 34.0  8.0 14.0